太平軍進入南京後，太平天國作為一個農民政權，不可避免地同時具有封建的屬性，而且這種封建性隨著形勢的發展，而愈益濃厚。這時進入天王府的洪秀全，每天沉溺於聲色犬馬之中，與皇後及一百多位妃子廝混，從不出宮，能見到他的僅幾位王爺，這正如他一入天王府寫的告示：大小眾臣工，到此至行蹤，有詔方可進，否則雲雪中。這告示就是失敗的預兆。
本來，天王洪秀全是太平天國的最高領袖，洪秀全深居簡出，指揮大權就落在了楊秀清肩上，結義六兄弟，進入南京前犧牲了馮雲山、蕭朝貴。進入南京後，石達開和韋昌輝又率兵征戰，太平天國的大權已落到楊秀清手中。進入南京後，他製訂了等級森嚴的禮製，修建了東王府，被稱為九千歲。他的權力到底有多大？供他使用的官員多達兩萬餘人，他的助手的權力都超過北王韋昌輝、翼王石達開。每想到這些他心裏好不得意，這是一人之下，萬人之上。而實際上又是他坐鎮南京指揮各路軍馬，不由得又想起金田村起義前，洪秀全、馮雲祥外出時，教徒信心不穩，是他假托天父附身，教訓了教徒，穩定了局勢，才有了今天這個局麵。而進入南京時，他又曾假托天父附身，教訓過洪秀全。這使楊秀清很是得意，然而卻激起洪秀全的不滿，結義兄弟由此產生了矛盾。
太平軍西征勝利，楊秀清在東王府舉行慶祝，張燈結彩，十分隆重，突然，楊秀清麵色發紫，說天父附在身上，要和二兄講話。洪秀全得信後，趕緊過府，跪在楊秀清麵前聽訓。“天父”說：“你和東王都是我的兒子，你稱萬歲，為什麼東王隻能稱九千歲？其實，東王的智慧和功勞都比你天王高，你必須封東王為萬歲。這是天意，不得違抗！”
這更使洪秀全氣憤，楊秀清想要和我爭位，若不除掉他，後患無窮。什麼手足情，同患難共富貴，在二人間早已無影無蹤了。
不久，洪秀全寫詔書，秘密派人分別送給武昌的石達開、江西的韋昌輝和丹陽的秦日綱。
北王韋昌輝雖是結義弟兄，但為人十分奸詐，他對楊秀清早已不滿，但表麵裝得十分親熱。論功勞，講功獻，他都不比楊秀清差。他也想專權。因此，得到天王旨意，日夜兼程趕回天京，正好秦日綱也到。二人商量於八月三日（公元1856年9月1日）午夜動手。
韋昌輝和秦日綱派親信秘密封鎖了通往東王府的街道。半夜派3000名戰士將東王府團團圍住。初四淩晨，韋昌輝以迅雷不及掩耳之勢，衝進東王府，將睡夢中的楊秀清殺死。禍及家屬、侍從、文武官員、雜役上千人。次日又用計誘殺楊秀清親屬、部下5000餘人。亂殺無辜不僅激起了太平軍的不滿，也使洪秀全大為吃驚。
石達開趕回北京，聞訊大驚，他目睹天京的慘象，好不可悲，指責韋昌輝殺了楊秀清也就算了，怎能亂殺無辜呢！對此，韋昌輝懷恨在心，同時也覺得將來與他爭權的，也就是石達開，遂產生殺害石達開之心。石達開也有所察覺，趁夜悄悄溜走，而韋昌輝竟將石達開全家殺死，並派人追殺石達開。
石達開逃到安慶，集合自己部下4萬人，聲討韋昌輝。韋昌輝在天京徹底暴露了自己的真麵目，率軍圍攻天王府，使其成為孤家寡人，最後被捉，天王將其斬首，並將韋昌輝人頭送給石達開，同時將秦日綱也處以死刑。
天國異姓六兄弟，戰死兩人，內訌自相殘殺兩人，隻剩下洪秀全、石達開二人。
處死韋昌輝，一場風波平息了，石達開返回北京，洪秀全加封石達開的官職，讓他，處理朝政。然而洪秀全對這唯一的異性兄弟也不放心，竟封文不能治國、武不能安邦、愛財如命的二個哥哥為王，洪仁發為安王，洪仁達為福王，並暗中命這兩個成事不足敗事有餘的小人監視石達開。這就引起了石達開的戒心，懷疑洪秀全有殺害自己之心。為此，竟率兵26萬出走。石達開沿途張貼布告，表白自己一片忠心卻遭受迫害，不得不飄然遠行的苦衷。
石達開出走後，洪秀全因京內無人主持軍政，後悔不迭，百般派人迎回石達開，其情詞慘迫，仍未能招回石達開。