爭論持續到了十一月二日。在當天舉行的國務院常務會議上，周恩來確定了集中力量、共同負責的主導思想，調湖北省省長劉子厚任三門峽工程局局長，黃河規劃委員會主任王化雲任副局長，再從水利部和電力部分別抽調了許多工作人員。
就在工程局摩拳擦掌準備大幹一場時，一個德國的水利專家來到三門峽壩址。經過勘測，他斷言：“在三門峽築起大壩，無疑是在修建一個禍害關中的死庫！”
無獨有偶，一九五六年五月，黃河規劃委員會收到黃萬裏的意見書，反對修建三門峽水庫。黃萬裏是時任全國政協副主席黃炎培的兒子，畢業於美國伊利諾伊大學的工程學博士，在清華大學任教。
據黃萬裏當年的助教回憶：“黃先生最大的特點就是為人耿直，敢說敢言，不管什麼時候，不管針對誰，他都是照說不誤，有時可以說是口無遮攔。在他對三門峽工程的意見中，這種性格得到了體現。”
黃萬裏的意見書全麵否定了蘇聯專家的《三門峽工程初步設計要點》，並指名道姓地說鄧子恢副總理的人大報告“不正確”。一九五七年上半年，三門峽工程即將開工。黃萬裏孜孜不倦地在清華的課堂上給學生講述他對三門峽工程的看法：一是水庫建成後很快將被泥沙淤積，結果是將下遊可能發生的水災移到上遊，成為人為的必然災害。二是所謂“聖人出，黃河清”
的說法毫無根據，缺乏最起碼的科學精神。因為黃河下遊河床的土質為沙土，即使從水庫放出的是清水，也要將河床中的水土裹挾而下。
六月，由周恩來主持，水利部召集七十名學者和工程師在北京飯店開會，給蘇聯專家的方案提意見。蘇聯專家的方案描繪了一幅三門峽水庫建成後的美好圖景。
然而，由於黃土高原生態惡化，黃河上遊的水土持續流失，泥沙隻會越積越多。而下泄的清水衝量過大，會造成黃河下遊改道的危險。這些都是蘇聯專家浪漫的方案裏不曾提及的。並且，根據蘇方的設想，三門峽的水庫回水末端到達西安附近，關中平原需要大量移民。
黃萬裏給與會人員算了筆賬：三百六十米的庫區水位，意味著要淹沒農田三百三十三萬畝，移民九十萬人，代價相當高昂。
因此，他從根本上反對修建三門峽水利工程。
而時任電力部水電局高級工程師的溫善章則提出了一個“低壩、小庫、滯洪、排沙”的折中方案。低壩小庫是為了減少受損耕地，滯洪排沙更是客觀冷靜的結論，因為黃河含水量之巨世人皆知，攔沙完全是螳臂當車，飲鴆止渴。待上遊因泥沙淤積而河床升高，整個關中平原都有被淹之虞。
遺憾的是，正如梁思成擋不住北京城牆被拆的厄運一樣，黃萬裏也攔不下三門峽工程的上馬，那是一個用“陽謀”“引蛇出洞”的年代，誰也不敢在政治上落伍。於是，寧左勿有的學者們一邊倒地選擇支持蘇聯專家“高壩、大庫、蓄水、攔沙”的方案。
當夜，黃萬裏寫了篇小說《花叢小語》，憤然道：“文人多無骨，原不足為奇，主要還是因為我國學者的政治性特別強。
章某（張光鬥）原來有他自己的一套治理黃河的意見，等到三門峽計劃一出來，他立刻敏捷地放棄己見，大大歌德一番，並且附和著說‘聖人出而黃河清’，從此下遊河治。他競肯放棄了水流必然趨向挾帶一定泥沙的原理，而靦顏地說黃水真會清的，下遊真會一下就治好，以討好領導的黨和政府。試想，這樣做，對於人民和政府究竟是有利還是有害？他的動機是愛護政府還是愛護他自己的飯碗？這些人也就是我們的黨和政府最喜愛的人才。”
一九五七年六月十九日，《花叢小語》
在清華大學校刊上發表，毛澤東看過後，一次，遇見黃萬裏的父親黃炎培，很不高興地對他說：“你們家裏也分左、中、右啊。
《花叢小語》裏把實行百花齊放政策和國內形勢描繪成春寒料峭，雨聲淒切，靜悄悄，微言絕，這是什麼話？”旋即，《人民日報》以“什麼話”為標題展開了對黃萬裏的批判，黃萬裏的右派命運已經注定。“什麼話”也被《人民日報》作為日後刊登口誅筆伐右派文章的專欄題目。
黃萬裏被打成了“反黨反社會主義的右派分子”，一九六一年被下放到密雲，同農民同食同勞。雖然三門峽工程的問題接踵而至，事實證明了真理站在黃萬裏一邊，但那些顛倒黑白的人並沒有給他翻身的機會。“文革”中，黃萬裏被貶到了三門峽挖廁所。
直到一九八O年，在渡過了漫長的二十三年的右派生涯後，黃萬裏終於獲得了平反。平反決定隻有短短兩行：黃萬裏同誌原劃右派問題屬於錯劃。經中共北京市委批準予以改正，恢複政治名譽，恢複高教二級教授的工資待遇。