在1994年6月的全國教育工作會議上，中央明確提出，必須充分發揮各級政府、社會各方麵和人民群眾的辦學積極性，堅持以財政撥款為主、多渠道籌措教育經費，並充分肯定這是我國教育經費籌措的基本經驗之一。為了進一步規範農村教育費附加的征管工作，國務院在一係列重要文件中，對農村教育費附加的征收和管理提出了不斷改進和完善的政策措施。
陝西省旬邑縣從1991年開始按農民人均純收入的2％計征教育費附加，實行鄉征縣管，分鄉使用。為了保證足額征收，鄉鎮主要領導親自負責，與夏糧收購和農業稅征收一並進行，按期完成；該縣教育局堅持每月審計，縣財政、糧食、審計等部門定期檢查，鄉鎮政府堅持每年向人民代表大會報告征收使用情況，自覺接受監督。
在山西，凡教育經費實施縣級統一管理的，采用鄉征縣管的辦法；教育經費實行鄉級管理的，采用鄉征、鄉管的辦法。征收實行分級負責製，以鄉（鎮）為基本單位；縣（市、區）政府負責本行政區域農村教育費附加征收工作的宏觀管理和指導，編製年度征收計劃，將征收任務分解到鄉，定期督促檢查，並做好有關部門的協調工作；鄉鎮政府負責具體組織實施征收管理工作，根據縣級政府下達的計劃，將征收任務落實到村，村落實到戶。征收的時間一般以夏、秋兩季一次或兩次征清，具體時間由鄉鎮政府確定。征收比例統一確定為一年農民人均純收入的1．5％；對不交納增值稅、營業稅、消費稅的鄉鎮企業、私營企業、個體工商戶，按其銷售收入的4％計征。征管主體是鄉鎮稅務所或縣級地稅部門。稅務部門將征收的農村教育費附加交同級教育部門專戶儲存。縣、鄉教育行政部門設立農村教育費附加專戶，單獨進行管理和核算。對減免農村教育費附加的規定是對農村中革命烈士家屬、五保戶、特困戶，經戶主申請，村委會同意，鄉鎮政府批準，予以減征或免征。
江西省對農村教育費附加的征收對象、征收範圍、計征辦法和實施程序，在《江西省義務教育經費籌措和使用管理辦法》中，以地方法規的形式做了規定：縣級人民政府按鄉鎮上一年農民人均純收入1．5％～2％的比例（包括在農民負擔的5％之內）和農業人口數下達征收任務，由地方稅務部門負責征收，鄉鎮人民政府予以協助。在減免對象方麵，規定農村的五保戶、特困戶、重災戶以及殘疾人免交農村教育事業費附加。
1995年頒布實施的《中華人民共和國教育法》以教育的最高權威規定：“稅務機關依法足額征收教育費附加，由教育行政部門統籌管理，主要用於實施義務教育……農村鄉統籌中的教育費附加，由鄉人民政府組織收取，由縣級人民政府教育行政部門代為管理或者由鄉人民政府管理，用於本鄉範圍內鄉、村兩級教育事業。農村教育費附加在鄉統籌中所占的比例和具體管理力、法，由省、自治區、直轄市人民政府規定”。
（二）“三稅”教育費附加征收管理