1986年國務院規定，凡繳納產品稅、增值稅、營業稅的單位和個人，都應當繳納教育費附加，但交納了農村教育費附加的單位不在此列。在計征比例方麵，“三稅”教育費附加以各單位和個人實際繳納的“三稅”的稅額為計征依據，附加率為1％。對從事生產卷煙和經營煙葉產品的單位，減半征收教育費附加。
1991年，國務院將“三稅”教育費附加的附加率調整為2％；1994年國家再度調整“三稅”教育費附加的附加率，由2％上調為3％。附加率的兩度調整，使有的省市教育經費分別新增預算外教育資金6000萬元、1億元。在上海市，“三稅”教育費附加的征收比例從296提高到3％（農村教育費附加征收工作也作了調整）後，使教育經費增長了30％。
在“三稅”教育費附加的征收主體和征管程序上，國家規定：
（1）教育費附加由稅務機關負責征收：除鐵道、人民銀行、專業銀行和保險總公司等彙總繳納營業稅的單位，集中向指定的銀行繳款外，其他單位和個人向其所在地銀行繳款。
（2）各級銀行為同級教育部門設立教育費附加專戶：教育費附加的征收管理，按照“三稅”的有關規定辦理。企業繳納的教育費附加，一律在銷售收入或營業收入中支付。
適應1994年我國分稅製改革實踐（與附加征收有關的主要是取消“產品稅”，新增“消費稅”），中共中央和國務院在《國務院關於〈中國教育改革和發展綱要〉的實施意見）中，提出了改革教育費附加征收措施：第一，將“三稅”從原規定的“產品稅、增值稅、營業稅”
調整為“消費稅、增值稅、營業稅”；第二，稅率按增值稅、營業稅、消費稅的3％征收；第三，對原規定“從事生產卷煙和經營煙葉產品”的單位減半征收教育費附加的操作辦法，調整為隻對“從事生產卷煙”的單位減半征收，分別與“三稅”同時繳納。
按照中央精神，江西省規定：繳納增值稅、營業稅、消費稅的單位和個人，按照應納稅額3％交納教育費附加，由稅務部門隨同正稅同票征收；農村中不繳納增值稅、營業稅、消費稅的鄉鎮企業和個體農林牧副漁企業的教育費附加征收，由地方稅務部門按銷售收入的1．5％～2％征收。
二、國家教育稅費的使用方向
國家教育法律法規對國家教育稅費的用途有明確規定：全國統一征收的兩項教育費附加的所征款項主要用於普及九年義務教育．但其管理方式各有特點。
（一）農村教育事業費附加的使用方向
國家規定，農村教育事業費附加收入要取之於鄉，用之於鄉。征收的教育費附加要納入預算外管理，在鄉財政中設立“教育事業費附加收入”核算科目。在20世紀80年代，農村教育費附加的開支範圍，主要是用於民辦教師補助、福利費、改善基礎教育的教學設施和中小學公用經費，以及當地教育事業發展經費。在國務院《關於〈中國教育改革和發展綱要〉的實施意見》中提出，教育費附加主要用於農村民辦教師補貼和補充學校公用經費，不能扣減，更不得挪用。
有的省規定，鄉鎮征收的農村教育事業費附加存入縣級人民政府教育主管部門為財政開設的預算外資金專戶，主要用於支付本鄉鎮範圍內民辦教師工資的民助部分，補充學校公用經費。在一些政府的配套文件上，在強調“鄉征縣管鄉用”體製的基礎上，一些地方還規定，屬於一次性的學校基本建設投資，仍由鄉、村分級負責，不列入農村教育事業費附加的開支範圍。
山西省政府在《農村教育事業費附加征收管理使用實施辦法》中規定：教育經費實行鄉級財政管理的，鄉鎮教育行政部門在年初提出預算分配方案，經鄉鎮政府批準，教育行政部門安排使用，並上報縣級教育行政部門備案；教育經費實施縣級財政管理的，縣（市、區）教育行政部門在年初提出分配方案，經縣級政府批準，縣（市、區）教育行政部門安排使用。農村教育費附加的使用範圍是：民辦教師工資的發放和彌補中小學公用經費的不足，以及師資培訓、農村教育費附加征收先進單位獎勵、因自然災害所必需的統籌經費。