產權登記程序是指辦理產權登記的各個具體步驟及由管理關係所決定的工作程序。參照國有企業產權登記的規定和教育部的要求，並結合學校國有資產管理的實際情況，校辦企業的產權登記一般應包括申請受理、填報審查、審核認定和核發證書四個階段。
1.申請受理占有、使用國有資產，並已取得企業法人資格的校辦企業應參照《試行辦法》和《實施細則》的有關規定，向國有資產管理部門申請產權登記。在申請產權登記時，應按要求附送有關文件、證件和財務報表。國有資產管理部門在校辦企業申請登記後，應及時對企業所提交的文件資料及申請報告進行確認，並受理登記工作。受理後應做好產權登記及登記表填寫方法、有關指標計算口徑等解釋說明工作，以幫助校辦企業正確填報產權登記表。
2.填報審查校辦企業在國有資產管理部門接受辦理產權登記後，應填寫《國有資產產權登記表》。
《國有資產產權登記表》登記的主要內容包括：企業名稱、地址、負責入、組織形式、主管單位、資產總額、國有資本金和國有資產總額等。校辦企業在填寫（國有資產產權登記表）前，應認真核對有關會計資料，並按照《國有資產所有權界定暫行條例》及其他有關規定，如實填報規定的登記項目。
屬於注銷產權登記的，校辦企業除了應填報產權登記表外，還必須提交有關部門或單位的有效批準文件、終止財務決算報告及編製說明、財產清理報告書、資產評估及評估結果確認書、資產處置請示、原《國有資產產權登記表》及《國有資產占用授權書》等。
3.審核認定國有資產管理部門應按照規定，就校辦企業提交的各種文件、證件、資料及經主管單位審查後的產權登記表的真實性、有效性和完整性等進行認真的審查、核對，並簽署審核意見。
4.核發證書國有資產管理部門對校辦企業的產權登記審核認定後，應發給國有資產授權占用證書》。若屬於變更名稱、地址和法定代表人的變動產權登記的，應更換《國有資產授權占用證書》。
四、資產評估
資產評估是一種依據特定的目的，遵循法定或公認的標準和程序，運用科學的評估方法，對被評估資產的價值進行評判、估算和報告，為資產業務提供價值尺度的行為。資產評估是市場經濟發展到一定階段的必然產物，它是應產權市場的建立和進行產權交易的需要而產生的，它對於界定資產產權，優化經濟資源配置，促進資產的科學管理等都具有重要的意義。
資產評估在我國產生的曆史並不長，但由於經濟體製改革的客觀需要，得到了迅猛的發展。
目前有近千家的資產評估機構和數萬名的專業評估人員，為我國的各類資產業務提供中介的谘詢服務。
企事業單位擁有或占用的各種資產、債權及其他權利都可以通過具備專業知識評估人員的資產評估進行價值確認。根據1991年國務院發布的91號令《國有資產評估管理辦法》及國家國有資產管理局頒布的《國有資產評估管理辦法施行細則》的規定，國有資產占用單位涉及資產拍賣、轉讓，企業兼並、出售、聯營、股份製改造，與外國公司、企業和其他經濟組織或個人開辦中外合資經營企業或中外合作經營企業，企業清算等經濟行為的，必須進行資產評估。對於涉及資產抵押及其他擔保、企業租賃等經濟行為的，可根據需要進行資產評估。
資產評估具有綜合性、政策性、專業性、市場性、預測性等特點，為了使被評估資產的價值具有較高的準確性，較正確地界定資產的所有權，在進行資產評估時必須取得各方麵的客觀依據。資產評估的依據主要有：
（1）財務會計資料，包括被評估資產或單位的財務資料、會計憑證、賬簿及會計報表等。
（2）國家的法律規章，包括資產評估、國有資產管理、產權界定的法規，以及財務會計製度、會計準則等。
（3）經濟合同資料，包括工程建設合同、投資融資合同、產品及原材料購銷合同，合資、合作、聯營、租賃、承包合同協議等。
（4）現行物價資料，包括國家的有關部門價格政策和價格資料，特別是評估基準日的有關部門價格資料（如各種存貨、機器設備的現行價格、股票債券的現行市價、外彙市場價格、房地產交易價格等）。
（5）函證資料，包括各種債權債務及其他權利的發函詢證資料等。