第三部分“農事”，主要介紹了土地囤墾、農事季節和天氣等方麵的經驗及知識。內容較為詳細和全麵，因此占用了第六至第十一卷共六卷的篇幅，其中包括了《營治》、《開墾》、《授時》以及《占候》。
快第四部分是“水利”，主要敘述了農田水利方麵的問題。徐光啟非常重視水利建設對農業發展的影響，因此在第十二至第二十卷九卷當中，專門敘述了與興修水利有關的許多問題。內容分為《總論》、《西北水利》、《東南水利》（三篇）、《水利策》、《水利疏》、《灌溉圖譜》、《利用圖譜》、《泰西水法》（上、下兩篇）。
第五部分“農器”，記述的是農業生產及加工過程中所使用的器具，主要內容直接來自源於王禎的《農書·農器圖譜》。這一部分包括了四卷（第二十一卷至第二十四卷）。
第六部分“樹藝”，記述了各種農作物以及果樹的栽培和管理技術，分為《穀部》（上、下）、《瓜部》、《蔬部》、《果部》（上、下）四類，在書中一共占有六卷（第二十五卷至第三十卷）。
第七部分為“蠶桑”，集中記述了栽植桑樹和養蠶的經驗和技術，並以圖譜的形式形象地介紹了采桑、抽絲以及紡織所用的工具。分為《養蠶法》、《栽桑法》、《蠶事圖譜》、《桑事圖譜》、《織維圖譜》。這一部分共包括四卷（第三十一卷至第三十四卷）。
第八部分“蠶桑廣類”，主要記述了紡織用的棉、麻、葛等纖維作物的栽培，是與“蠶桑”並列而論的部分，分為《木棉》和《麻》兩類，共為兩卷。
第九部分“種植”，主要介紹了經濟林木、特用作物以及藥用作物的栽培及管理方法。包括了《種法》、《木部》、《雜種》（上、下），這一部分共為四卷。
第十部分“牧養”，顧名思義，記述的是畜牧和水產方麵的技術，內容還涉及到醫學知識。僅有一卷。
第十一部分是“製造”，主要記述的是農產品加工、土木及日常生活知識等方麵的內容。分為《食物》和《營室》兩類，也隻有一卷。
第十二部分“荒政”也是最後一部分，其中輯錄了貯糧備荒的文獻及史料。包括《備荒總論》、《野菜譜》以及附在後麵的《救荒本草》、《野菜譜》。
《農政全書》對農業生產中的許多方麵的問題都考慮得十分周全，影快響和決定收成的因素，如土壤、氣候、耕作方法等在書中幾乎都有論述。
書中將土地按照品質的高低劃分為3種不同的檔次，指出不同的土地適合種植不同的莊稼，所有土地中最好的叫五粟，這種土地，幹濕適度，上麵沒有雜草和沼澤。上土一共六種30類，能種植12種植物。中土一共6種30類，能種12種植物。下土一共6種30類，能種12種植物。又如書中所提到的耕田之道：先從黑土開始，這是因為黑土少沼澤而又易保持水分。早耕的先於時令，晚耕的又後於時令，於是冷熱不調，莊稼容易遭受災害。田地要大而平，水溝要窄而深，這樣才利於生長。播種不要太密集也不要太疏鬆。
農政全書在鼓勵農業的同時，還兼顧到農民的切身利益，提出了許多寶貴的致富方法以及建議。例如作者在書中指出：立梅過後的五天之內，如果天氣晴朗，就多雨水。這一年絲棉價格必定會偏貴。
《農政全書》區別於其他農書的一個顯著的特點是，該書將“農政”擺在了首位。《農政全書》提出的農政方麵的主張，在一定程度上影響了後來的社會政策。
《農政全書》這部著作囊括了古今中外的豐富的科學知識，體現出了二十四孝畫像磚裏的主人公，其服飾及形象是當時農民的典型。
快著者徐光啟作為一個傑出的農業研究者虛心求學、兼收並蓄、繼往開來的博大胸襟。《農政全書》不但選輯了我國曆代的和當時的農業文獻，而且對這些文獻做了選擇、整理、批判和補充。同時記載了當時各地老農的生產經驗和技術，並在此基礎上發表了徐光啟關於農業方麵的專門論述。