吳派經學依然停留在傳統的訓詁學層次，注重考據詞語在相關文本裏的特點含義。而皖派經學超越前人，開創了文字、聲韻等新學。對於主張創新的王國維而言，自然是皖派經學更得己心。他曾評價道：“餘嚐數古今最大著述，不過五六種。漢則司馬遷之《史記》，許慎之《說文解字》，六朝酈道元之《水經注》，唐則杜佑之《通典》，宋則沈括之《夢溪筆談》，皆一空倚傍，自創新體。後人著書，不過賡續之，摹擬之，注釋之，改正之而已。”
在王國維的眼裏，司馬遷、許慎、酈道元、杜佑、沈括都是敢於自創新學的大家，而後世學者不過是注釋和考訂前人經典罷了，少有自己的獨創成果。如此一來，他更加不會對“求古”的吳派經學抱有好感。
除此之外，王國維還特別推崇經學大師程瑤田。
他說：“戴君《考工記圖》，未為精確，歙縣程氏以懸解之才，兼據實物以考古籍，其《磬折古義》《考工創物小記》等書，精密遠出戴氏之上，而《釋蟲小記》《釋草小記》《九穀考》等，又於戴氏之外，自辟蹊徑。程氏於東原雖稱老友，然亦同東原之風而起者也……戴氏之學，其段王孔金一派，猶有繼者；程氏一派，則竟絕焉。”
戴震在治學方法上開創乾嘉之學的先河。但王國維認為，其考據成果還不算精確，而真正將其治學之法發揚光大的是程瑤田。
程瑤田與戴震都師從於經學大師江永。他治學範圍極廣，不僅僅局限於經史研究，也熟悉各種經世致用之實學，堪稱一代通儒。程瑤田的治學方法與戴震相類，但他進一步提出了“用實物以整理史料”的新方法。這對王國維革新經史研究方法的活動產生了巨大的影響。
王國維認為，自從漢代之後，清朝的學術最為鼎盛，其中經學與實學足以淩駕前代，古韻之學更是空前絕後。盡管如此，他依然覺得清代學術存在提高的餘地。具體而言就是，程瑤田一派“據實物以考古籍”的研究方法未能充分展開，需要發掘與發揚。
從某種意義上說，王國維後來的學術研究課題直接繼承和發揚了清代學者的成果。他對程瑤田的看法，也在很大程度上受到了羅振玉的影響。王國維並非出身於經學世家，不屬於任何一個學派的傳人。這點與程瑤田不入當時各大經學流派傳承係譜的情況相似。但羅振玉認為，清代三百年來的學術已經衰退，王國維是有望繼往開來振興經學的潛力股。
在羅振玉看來，王國維與自己一樣可以超越傳統經學的門戶之見，放棄前人成果的包袱，將經學研究推至一個新的境界。而那些各派經學的嫡傳弟子往往囿於成見，拘泥教條，視野狹窄，缺乏推陳出新的精神。
由此可見，王國維既不排斥也不盲從傳統的經學。他重視對前人成果的繼承，但並非像吳派經學家那樣對前代大儒頂禮膜拜、亦步亦趨，而是采取更加客觀的態度來看待名家經文。
但是，王國維並不是真正意義上的傳統經學家。恰恰相反，他的治學方法革新徹底改變了固有的經學。與其他經學家不同的是，王國維並不把聖賢經典當成萬世不易的教條，而是將其視為一種曆史資料。他十分讚賞經學家俞樾的為人與學問，稱其是“今日學者之好模範”，卻又認為這種宿儒不適合教授革新後的經學。