王國維借助西方學術思維將人類的一切學術成果歸為科學、史學、文學三大門類。在他眼裏，學術不分中西新舊有用無用，都從屬於這三大門類。而且，不同門類的學術研究，有著自身獨特的規律，不可以簡單地混為一談。
王國維是這樣總結三者的差異的：“凡事物必盡其真，而道理必求其是，此科學之所有事也；而欲求知識之真與道理之是者，不可不知事物道理之所以存在之由，與其變遷之故，此史學之所有事也；若夫知識道理之不能表以議論，而但可表以情感者，與夫不能求諸實地，而但可求諸想像者，此則文學之所有事……古今東西之為學，均不能出此三者。”
科學的主要功用是滿足人們對世界萬物“盡真”“求是”的求知欲。
史學產生於人們對萬物演變發展與因果道理關係的思考。
文學的出現是為了滿足人們表達情感與抒發想象的需要。
這三大類學術體係貫穿了整個人類文明發展的曆程。無論古今中外的人，都存在這三種需求，故而也需要這三類學術。因此說，否定任何一方的現實意義，都是輕率的蠢行。
按照這種學術分類，一種思想理論的關鍵就在於是否能揭示事物的“真”與“是”，而不在於中西新舊之別。
此外，王國維還注意到了事物的相對性。他站在學術演變史的高度上分析道：“不獨事理之真與是者足資研究而已，即今日所視為不真之學說，不是之製度風俗，必有所以成立之由，與其所以適於一時之故……故物理學之曆史，謬說居其半焉，哲學之曆史，空想居其半焉；製度風俗之曆史，弁髦居其半焉；而史學家弗棄也。”
世界在不斷變化，事物的“真”與“是”都是相對的。當今學者認為違背“真理”的學說或者不合“時代潮流”的製度風俗，都有其產生的社會根源，都是適應某個時期環境的產物。因此，從物理學、哲學、製度風俗的角度來觀察曆史，荒誕不經的東西往往占一半。但是史學家不會因此無視這些“舊”事物的存在，因為它們都是曆史發展與學術進步的必然一環。
從這個意義上說，以時間先後劃分舊學、新學，其實就是把當代的價值觀看成學術取舍的唯一標準。在王國維看來，這種脫離時代背景的治學方法不符合學術研究的宗旨。故而，他呼籲人們用發展的眼光看待不同時期的學術。
比起新學舊學的矛盾，中西文化衝突更為尖銳。國粹派與西化派各執一端，不能公正地評價中西學術各自的優缺點。王國維沒有直接參與這場大論戰，但對這種厚此薄彼的治學態度不以為然。他根據“世界學問，不出科學、史學、文學”的理論，推演出兼通世界學術才是治學正道的主張。
王國維認為：“中西二學，盛則俱盛，衰則俱衰，風氣既開，互相推助。且居今日之世，講今日之學，未有西學不興，而中學能興者；亦未有中學不興，而西學能興者。”
其他學者大多隻看到中西學術之間的差異與對立。而王國維站在人類文明的高度，將中國學術與西方學術都視為全球文明共同體不可分割的一部分。當時西學強勢進入中國，大有全麵取代中國傳統學術之勢。故而，引發了國粹派與西化派的尖銳衝突。
王國維當然明白中西文化的巨大差異。但他反對世界文化一元論，而主張尊重學術文化的多元性。因了此故，王國維體現出極富包容性的治學風格，他試圖營造一個中西文化平等交流的氛圍，以消除兩派各自的偏見；在中西學術相互參驗、融會貫通的基礎上，實現“兼通世界學術”的境界，最終將“我國之學術”發揚光大。