對高攀龍而言，性體才是“善之定體”，並非善惡不定之體，因為心體會被動靜、氣稟、情欲等所幹擾。提倡性善的最終目的，除可使儒釋有所判別，也使心的格物不會偏向氣機。高攀龍不強調心的明覺作用而說窮理，指說“仁義禮智”以區別王龍溪所倡的“一點靈明”，自然是為避免再掉入虛見光明的陷阱，因而強調“學問在知性而已，知性者，明善也。”然而，高攀龍如何看待心與理之間的關係，似是理解他想法的最關鍵處。
3.理心一體《劄記》曰：心與理一而已。善學者一之，不善學者二之。識義理而心體未徹者入於見解，見心體而義理未徹者入於氣機。
高攀龍的“理心一體”論的特殊在於，他不是根據“心即理”的立場，而是根據所謂“理即心”立場而立論。前者注重的是心的包含性，指心具一切之理，而後者則重心的涵攝性，指理收攝於一心。陸王把宇宙萬物看作是包容於主體之“心”，“心”之廣大包涵了天地萬物之理，而朱子倡“性即理”，是以為每事必含一“理”，格得一物，必得一物之理。高攀龍說理心一體，即是要把兩者打通為一，關鍵在於“窮理”，即心上格物的工夫，《複念台二》曰：
格物者，窮理之謂也。窮理者，知本之謂也。仁丈雲：一窮理焉，盡之矣。誠然哉。理者心也。窮之者亦心也。但未窮之心，不可謂理，未窮之理，不可謂心。此處非窮參妙悟不可。悟則物物有天然之則，日用之間，物還其則而已。
很明顯的，以上這些話，還是衝著陽明後學而來的。陽明後學懸空想象本體，以為現成良知易得，就不必事上磨練，進而取消“致”的工夫。高攀龍以善學來說明理與心的關係，即是要“以本體為工夫，以工夫為本體”。如果理心一體的話，就能克製“以物為外”的病根。
朱子曰“致知格物，隻是一事。格物從理言也，致知從心言也。”
由此觀之，可見物之格即知之至，而心與理一。今人說著物物，便以為外物，不知不窮其理，物是外物，物窮其理，理即是心。
從格物與致知來說明理與心的關係，仍與前麵所說的並無二致。
高攀龍基本上仍沿著朱子的思路，隻不過他轉換了語言，延著王學的思想話語，試圖融合朱王之學，說明陽明的“致良知”即是“格物”，“致良知”的目的在止至善，而格物的關鍵在於“真”。於是高攀龍提出除妄想以獲“真心”，《書關憎淨六卷》曰：
關中靜坐，是第一功夫。靜中除妄想，是第一功夫。除得妄想，方是功夫。妄想如何除得？要知人生以來，真心悉變成妄想，除卻妄想，別無真心。回光一照，妄想何在，妄不可得，即是真心，急自認而已。日認日真必有日，一聲雷震萬戶洞開，方知如上所言，字字是真，字字是假。何者？不認不真，當其認時，還是認者，故曰是假當其真時，即此認者，故曰是真。此是儒者格物一訣。
同時也要行“一念之破”：人自有生以來，一念妄相織相續，至死不已。惟仗學力深透此念忽破，則真心豁然顯現。方知前者之為妄。
迷悟一關，聖凡千裏，其要在一念之破不破耳。先生過此關久矣。然悟前妄為，見真體固難，悟後真為主，消妄想更不易。
提出用明知之光，使妄想變成“真心”，也即是把對真心的認知，限定為超越人為安排的自然本體之力的“格物一訣”。日本學者岡田武彥曾指出，高攀龍這一個觀點，與陽明的照妄論、本體工夫論是一脈相承的；而高攀龍對現成良知派“不犯手”的做法，似存有神往之意，所謂的“一念之破”與參悟的方法，也與禪的工夫相近，《四庫全書總目提要》說高攀龍“不免湔染於風尚”，大概是這個原因。