不過，麵對當時的廷臣爭訟攻訐，他認為嚴君子、小人之別隻會加劇紛爭，使國事坐誤，因而又提出“救競以恬，救囂以靜”。麵對激烈的黨爭，他也提倡“自反”，指出“但得人人自反，勿專尤人，則無不可融異為同、化小為大”。
他反對任用宦官，痛恨宦官幹政。但明神宗、熹宗信用閹人，宦官幹預朝政，他又無可奈何，隻得提出抑製宦官的主張。任職光祿寺時，他以拖延對付宦官矯旨征索。後來，他回憶說：“隻有捱法，每年所省益多，他無計也”。他不讚同楊漣等人過激地追究大閹魏忠賢，認為“天下事盡歸中官”，“惟有外廷諸君子各修職業，內閣諸公居中勸化之，庶可少救少延，他無策也”。
3.提倡講學治國
高攀龍繼承了中國傳統政治思想中以講學治國的主張，並從四個方麵加以闡述：
第一，他宣揚講學的重要性。他說：“政事者存乎其人，人者存乎其心。學術正則心術正，心術正則生於其心、發於政事者豈有不正乎？”
第二，他提倡講明程、朱理學。他認為孔子以《六經》治天下，漢、唐以來孔子之道失，至宋程、朱等人創立理學，“而後知《六經》者‘天理’二字而已”，才得到“聖學”真傳。
因此，隻有程、朱理學才是治國的學術。對明中葉以來的王學盛行，高攀龍等人痛心疾首，於東林書院提倡程、朱，立誌興複“聖學”。在《崇正學辟異說疏》中，他請明詔中外，“非《四書》、《五經》不讀，而不得浸淫於佛、老之說，非濂洛關閩之學不講，而不得淆亂以新奇之談”。
第三，他要求皇帝不輟經筵朝講，士庶互相討論。在《今日第一要務疏》中，他把“舉朝講”等四事列為神宗的最急之務。他認為，士庶也隻有講學，才能明白《六經》義蘊，實現治、平。因此，謫揭陽時，他與當地諸生相互討論；家居時倡複東林書院，與“同誌”者講學其中；任大理少卿時，參與鄒元標等倡辦的首善書院的講論，等。
第四，他呼籲實行“仁政”。他指出，“聖人之學，求仁而已”。因此，講明聖學的目的還是施行“仁政”。
4.力主減輕對民眾的剝削
高攀龍認為，“民”是社會的主體，“天下之事，有益於國而有損於民者，權國為重，則宜從國；有益於民而有損於國者，權民為重，則宜從民；至無損於國而有益於民者，則智者不再計而決，仁者不宿諾而行矣”。他指出，作為官吏，應為百姓謀福利，“隨風土之宜，順人情之公，就往事之有過不及，及時有為，以利益斯民”。“利益斯民”
和前述“仁政”思想，都是要求統治階級減輕對民眾的剝削。對此，他還提出過一些具體主張：
首先，他主張重視民力。他指出，“民力”是封建國家生產和生活的基礎，統治階級應予充分重視，不可無限製地榨取。他舉采木為例，“民出萬死以得之，當事者視之曾不足以當枯槁，執成式而刻於分寸，核定費則嚴於錙銖，視民之命，亦曾不足以當枯槁”，“匪獨木，天下事皆然”。