但是，他的政治思想以維護君主集權政治為宗旨，所以他的“惠商”、“體恤鋪行”之呼以及君子、小人之辨等，無不貫串著挽救明王朝大廈於將傾之良苦用心，因而這些具有積極理論意義的主張顯得微弱無力，反對暴政、追求民主的小溪最終彙入鞏固君主專製統治的大海中，這是其時代和階級局限決定的。
第二，高攀龍的政治思想主張，無一不是針對明末政治和社會的弊端，因此具有較強的實踐意義。他以曆史上的興亡為鑒戒，警告現實中的君、臣要守“道”；主張登用正人、抑製宦官勢力和“自反”，冀以緩和統治階級內部的矛盾；提倡講學，企圖以封建經典來約束腐朽胡為的封建統治集團；呼籲減輕剝削，緩和激化的階級矛盾；強調加強控製，維護明王朝在全國的統治。總之，他主張通過政治改良來挽救明朝行將滅亡的命運，確有一定的可行性。他在《申嚴憲約責成州縣疏》中即說，隻要約成，則人人守法，“如農之有畔而無越思，則天下治矣”。他的一些政治思想主張，如保護工商業者、提倡講學等，被他付諸實踐，確實也取得了一些成效。
當然，高攀龍的政治思想主張也存在很大的局限性。其一，他不讚成王安石、張居正那樣的嚴厲觸及地主階級利益的改革，害怕冒“專擅”之名，而主張通過講明封建倫常來挽救淪喪，這無異於與虎謀皮，收不到實際效果。其二，他認識不到明中葉以來社會矛盾激化的根本經濟原因是土地兼並的劇烈，也認識不到明末的加派是廣大農民破產的催化劑，因此沒有限製土地兼並的主張，且容忍加派，仍是把經濟重負轉嫁在廣大人民身上，顯然不可能緩和尖銳激化的社會矛盾。其三，他的用人主張也是矛盾的。一方麵他主張登用正人，認為用人行政的關鍵是進君子、退小人，另一方麵他又提倡“勸化”
和“自反”，對賢、不肖都予以容忍，反映出他的軟弱和妥協，這在實踐中也不能取得成效。另外，作為專製集權統治下的一名普通官吏，他的這些政治思想主張也不可能在明末社會中得到貫徹執行。
高攀龍政治思想在實踐上的局限性，表明他挽救不了明朝的滅亡。實際上，縱觀其一生，我們發現高攀龍對挽救危亡也經曆了由希望到絕望的思想變化。他初登仕途，認為隻要講明理學，“如是而人才不出、政治不隆者，從古以來，未之有也”。萬曆二十年(1592年)，他疏奏形勢緊張，然“誠得其要而圖之”，“而天下可措處泰山之安”。
天啟初再用，他已感到敗亡之象，稱“今世運日下矣，如物之蠱壞者，骨理皆離，而外麵尚合聯”。麵對將傾之大廈，他無可奈何，表示“作一日和尚撞一日鍾，不知其他矣”。
第三，高攀龍的政治思想主張雖然在當時的政治實際中作用有限，但在後世卻產生了不小的影響。首先，高攀龍的政治思想給人以啟發。他把民眾看作社會的主體，提倡“惠商”、“體恤鋪行”，強調“實學”等，都對明末清初的顧炎武、黃宗羲、唐甄等人的思想產生一定影響，從而在中國政治思想史上占有一定地位。其次，他主張用程、朱理學治國，提倡“實學”，並在東林書院等地進行實踐，培養出大批憂國憂民的封建士大夫，對明清之際學風的轉變和政治、社會的發展都產生了很大影響。