其次，表現在他對牾程、朱的言論，堅決采取抨擊的態度。在他拜官之日，時有四川僉事張世則疏詆程、朱，欲改《易傳注》，並要求將所著書頒行天下。高攀龍即上《崇正學辟異說疏》予以抨擊。
他分析了自明世宗嘉靖以來學術思想界的動向，認為嘉靖以前“雖有訓詁詞章之習，而天下多實學”，而自穆宗隆慶以來，王學熾行，“率多玲瓏虛幻之談，而弊不知所終，以頓悟為工，而巧變圓融不可方物”，以致造成“今日高明之士，半以為佛、老之徒”的嚴重局麵。他針對這種弊端，提出“扶植程、朱之學，深嚴(佛、老)二氏之防，而後孔、孟之學明”的建議。這就進一步表明了高攀龍“扶植程、朱之學”和反王學末流之弊的鮮明態度。
第三，高攀龍還從儒家學脈的演變和權衡它們各自的利弊出發，表明自己宗程、朱而反陸、王的立場。
他說：
學問俱有一個脈絡，即宋之朱、陸兩先生這樣大儒，也各有不同，陸子之學是直截從本心入手，未免道理有疏略處；朱子卻守定孔子家法，隻以文、行、忠、信為教，使人人以漸而入。然而朱子大，能包得陸子，陸子便包不得朱子。陸子將周子《太極圖》、《通書》及張子《西銘》俱不信，便是他心粗處。朱子將諸書表章出來，由今觀之，真可續六經，這便是陸子不如朱子處。(《東林書院誌》卷五《東林論學語》上又說：
吾儒學脈有二，孔、孟微見朕兆，朱、陸遂成異同，文清(薛王宣)、文成(王守仁)便分兩歧。我朝學脈惟文清得其宗。百年前，宗文清者多；百年後，宗文成者多。宗文成者，謂文清病實，而不知文成病虛。畢竟實病易消，虛病難補。
今日虛病見矣，吾輩稽弊而返之於實。(《高於遺書》附錄《景逸高先生行狀》
由此可見，高攀龍是比較清醒地看到了儒學中的分歧。他從糾正當時“虛病”出發，提倡朱學學者薛文清的務實之學，反對宗王學的“病虛”之學。高攀龍的這些見解，以及他特別強調的“吾輩稽弊而返之於實”的觀點，是有其現實意義的，所以得到了當時一些儒者以至後學者們的好評和讚同。不過，全盤否定王學，不能從王學中吸收關於理論思維的合理因素，這也是一種偏向。當時有些學者很讚成高攀龍抬高朱學、貶低王學的觀點，如：葉茂才就稱讚他“憂世淑人，砭俗回瀾”(同上)。門人周彥文在《論學語序》中也這樣說道：
自頓悟之教(指王學)熾，而實修之學衰。嘉、隆以來，學者信虛悟而卑實踐視居敬為拘囚，目窮理為學究；惡言工夫，托之本體，更不知操存為何物矣！斯文未喪，東林代興。高景逸先生心程、朱而脈孔、孟，拜官之日，首辟世則張子之邪說，使程、朱之學晦而複明。未幾罷官，歸裏三十年，與涇陽顧先生輩力扶正學、專事實修。
後學葉裕仁在《高子遺書·跋》中，也指出：
明正、嘉之際，王學熾行，洎於隆、萬，至倡為三教合一之說，猖狂恣肆，無所忌憚，學術之裂極矣！公與顧端文公起而拯之，辟陽儒陰釋之害，辯姚江格物致知之談，其言深切明著，由是絕學複明。
他們都比較一致肯定了高攀龍和顧憲成抨擊王學末流的作為和見解，認為顧、高是以糾正王學末流的空談心性、放誕而不務實學之弊病為著眼點的。
故《明史》也稱道高攀龍說：
初，海內學者率宗王守仁。攀龍心非之，與顧憲成同講學東林書院，以靜為主，操履篤實，粹然一出於正，為一時儒者之宗。(《明史》卷二四三《高攀龍傳》
高攀龍的上述見解，以及時人、後學對他的評論，已很清楚地表明他的理學思想是“恪遵程、朱”的。