高攀龍的本體論繼承了程、朱的理氣觀。他認為“理”是宇宙萬物的本原，“太極”則是天地萬物之理的總和，事物之萬善至好的標準。“太極者，理之極至處也”。(《高子遺書》卷十二《書悟易篇》
他又認為，天地萬物的形成，既要有“理”為生成之本，又要有“氣”為生成之材料。故說：
欲明理，先明氣。氣苟不明，理亦不透。無論人物同此氣，即金石瓦礫亦同此氣也。知氣之不同，則知理之不同，萬物統體一太極也。(《東林書院誌》卷五《東林論學語》上他強調萬物是由理與氣二者綜合形成的，認為天地萬物雖然都統一於理，但又是千差萬別，其差異的原因就在於“氣”。他說：
若到成形便不同，無論瓦礫金石人物之不同，即人之同類者，亦有不同。物物一太極也，同一氣也，而有春、夏、秋、冬之異宜。觀物有溫、涼、寒、熱之異性，則知人有剛、柔、陰、陽之異稟。同者不妨其為異，異者不害其為同，所謂敦化川流。因氣觀理，更明白也。(同上在理和氣關係上，高攀龍堅持程、朱以理為主的觀點，認為理與氣具有“形上形下之分”(同上)。他反對羅欽順的“氣之聚便是理之聚，氣之散便是理之散”(《困知記》)的以“氣”為本的理氣觀。他說：
有友言羅整庵(欽順)先生言理氣最分明，雲氣聚有氣聚之理，氣散有氣散之理，氣散氣聚而理在其中。先生(高攀龍)曰：如此說也好，若以本原論之，理無聚散，氣亦無聚散。何也？以人身言之，身為一物，物便有壞，隻在萬殊上論。本原上如何有聚散？氣與理，隻有形上形下之分，更無聚散可言。(《東林書院誌》卷五《東林論學語》上這就說明高攀龍所堅持的是程、朱以“理”為本體的理氣觀。
高攀龍與程朱理學正宗不同在於：他有時又推崇張載的“太虛”
(氣)為萬物之本的自然觀，與他的以“理”為本的理氣觀相矛盾。
如說：
虛空都是氣，不知道者不知耳。人之在氣，猶魚之在水。
張子(張載)所謂太和謂道，太虛謂天，指點人極醒。
(同上卷六《東林論學語》下張載所謂的“太和”，是指陰陽未分之氣。所謂“太和謂道”，則是指太和之氣變化流行的秩序、法則。所謂“太虛”，就是通常所說的天空，雖然無形無狀，卻是氣散而未聚的原始狀態，一切有形和無形之物都是隨著氣之聚散而變化的。高攀龍承認“虛空都是氣”，推崇張載的“太和謂道，太虛謂天”的元氣本體論，並且把天地間都看成是“惟氣而已”，進而又把“心”與“氣”看成為“不是二物”，都說成是氣的性質。如說：
天地間充塞無間者，惟氣而已。在天則為氣，在人則為心。氣之精靈為心，心之充塞為氣，非有二也。心正則氣清，氣清則心正，亦非有二也。(《高子遺書》卷四又說：
心與氣不是兩物，充塞者氣，主宰者是心。主宰(心是氣之精靈，充塞是氣之全體。清則為神，濁者為氣。
(《東林書院誌》卷六《東林論學語》下這種觀點和張載關於氣的兩種性質的論點是一致的(見本書上卷張載章)，而且和朱熹的觀點也並無不同。