有機廢棄物主要有如下幾種類型：畜產廢棄物，以生產自給飼料，首要的是將畜產廢棄物施入耕地以維持其肥力，如價格適宜，也可考慮將這種處理推向市場。特別要注意的是飼料中的重金屬添加及抗生粉的使用要適度。
汙泥、生活廢水、屎尿、村落排水中的汙泥根據性狀和條件盡可能地進行適宜的耕地還原處理，但要符合一定的質地基準，與重金屬等有關的肥料取締法、土壤環境基準等對汙泥的處理也有所限製。目前耕地還原量隻占汙泥量的三分之一，預計以後隨著生活質量的改善、住宅建設和水道設計的發展，汙泥利用率會大大提高。
食品產業，工、礦業副產物和廢棄物。食品產業副產物一般都用做有機質肥料，預計隨著環保農業的強化，耕地還原量也會越來越高。工、礦業副產物和廢棄物，如硫銨、氯銨、矽酸石灰等通過在農業上直接施用或經土壤循環而得以處理。
（4）作物生產過程。建立地域內物質循環處理體係的基礎是地域內作物的生產過程。這種基礎決定了環境容量，成為地域環境計劃的根本所在。日本把有機物、輪作、施肥視為環保農業的核心，有機物是維持地力之本，輪作可以避免連作障礙，施肥可以調節作物的生長狀況。
（5）農藥對使用者的危害及環境的影響不容忽視，日本地下水屢次查出超標有害物質。因此，日本限製在飲用水源附近進行空中撒播農藥，以此減少天敵；提倡進行病蟲害的綜合防治，以此降低環境負荷。日本專家認為，由於不施用土壤消毒劑而使用輪作等措施來增加產量，也應算作環保農業。
日本的環保農業計劃把“有機農業”作為其中一方麵加以促進。典型的有機農業是無農藥、無化肥的作物栽培。環保農業吸收了有機農業成果的同時，欲探索一條把糧食供給和環保分離開來的途徑。
日本農業改良普及所正在推廣的環保型農業技術，總數達1275項（1993年）。其中土壤施肥技術734項，病蟲防治技術346項，畜牧業技術83項，除草技術53項，其他57項。正在推廣的居前10位的環保型農業技術有：①有機物的利用（249項）。②緩效性氮肥和包覆肥料的利用（198項）。③根據土壤和生長發育的診斷進行施肥（110項）。④行側施肥（107項）。⑤根據病蟲害發生的預測預報進行適期防治（61項）。⑥利用性外激素防治害蟲（54項）。⑦家畜排泄物的處理和利用（48項）。⑧減少藥劑使用量（26項）。⑨利用天敵昆蟲和微生物（33項）。⑩利用覆蓋材料防治病蟲害（31項）。此外，利用花粉、媒介、昆蟲和利用動物除草等技術也很有前途。
根據農林水產省普及教育課的調查表明，目前，日本在推廣環保型農業技術上麵臨的最主要的問題是技術方麵的課題，如具體的技術或技術體係不夠明確，引進環保型農業技術需要增加經費和勞動時間與降低成本和節省勞力相矛盾等。
今後在推廣環保型農業技術上，為加強綜合性的技術指導，必須做好以下工作：
1.把環保型農業技術加以體係化。日本提出在環保型農業技術國家級水平的基礎上，各地區根據當地的實際情況，確立能夠實踐的地區級水平的技術體係。
2.加強有關人員對環保型持續農業的認識。今後，不僅要求從事農業工作人員，還應該包括消費者在內，對環保型持續農業的基本思想、重要性及必要性達成共識。
3.提高推廣部門的綜合性指導水平。目前，日本環保型農業推進體製，是通過補助事業在地方政府一級（都道府縣）建立了協議會，但是，普及所一級的推進體製還很不完善。普及所通過補助事業開展的工作主要是推廣單項技術（如行側施肥、緩效性肥料的利用、利用生物農藥和性外激素防治病蟲害等技術），還未建立起係統的推動環保型農業的體製。為了提高推廣人員的指導水平，由國家和地方（縣級）組織研修活動，每個縣平均已組織了3次左右，多者達6次以上。此外，還建立了指導改良普及員的專門技術員（縣一級派的）的指導體製（目前已一半以上的縣建立），目前專門技術員的指導專業窗口大多數屬於土壤學專業，其他的專業還較少。
4.充實、健全製度和加強扶持措施。資助實踐環保型農業所需的器械、設施和風險，充實利用堆廄肥的設施和建立其廣域供求體製，製定廢物處理和再生利用的法律措施，國家要加強對地方一級研究工作的財政支持。
為了把環保型農業作為日本農業的基本形式，推廣部決定：
（1）根據各地域在農業生產活動中給環境帶來負作用的實際調查及其評價，研究出綜合、具體的環保型農業對策。通過對先進典型事例的調查，統一產地有關人員對環保型農業的認識。
（2）各專業領域的科研人員、專門技術員和推廣人員要融為一體，進行調查研究和推廣符合地域氣候、地形、農業結構等條件的環保型農業技術體係。發展環保型農業，必須逐步減少化肥和農藥的使用，並將其與提高生產率和保持或提高品質之間協調一致，同時得到消費者的好評和社會的承認，這也是今後發展環保型農業的條件之一。