5.自然災難的侵害。大水釀成大災，大災造成大害：318億畝受災麵積，196億畝成災麵積，223億受災人口，497萬間倒塌房屋，這是繼1954年長江全流域洪水以來，1998年長江流域發生的一次最嚴重的洪災。
滔滔江水衝走了巨額存量資產，也衝毀了災區幾十年建設形成的生產能力：農作物受災麵積2135萬公頃，成災1034萬公頃，絕收478萬公頃，全國5%的耕地受損，夏糧減產已成定局；長江流域眾多的河湖不少是天然的理想養殖場，然而一場洪水毀掉了66019萬畝養殖水麵，湖北、湖南、江西等省養殖業損失嚴重；京九、京廣、成昆、濱洲鐵路的部分路段，受洪水侵襲中斷交通，長江水運的黃金航道也一度封航；洪水肆虐兩個多月，東北、南方油田的幾千口油井被迫關井，湖北、湖南、江西、安徽的20多萬家鄉鎮企業停產、半停產，損失100億元以上，長江流域和東北地區的工業生產節奏嚴重減慢。
這些問題嚴重製約了中國農業生產的持續和穩定發展，已引起政府、學術界的高度重視和全社會的廣泛關注，尋求新的農業發展戰略迫在眉睫。20世紀80年代中國開始了具有中國特色生態農業的理論探討和實踐，90年代初期，國際上可持續發展思想和持續農業發展戰略引入我國，在經過一段時間的並行發展後，確立了生態農業作為中國農業持續發展的有效途徑和實踐模式，得到了政府、學術界的普遍認同，並正式作為國家的政策方針得以確立和貫徹實施。
中國持續農業的發展和實踐
1991年，原農業部部長何康參加了荷蘭“農業與環境”國際會議，1992年，國務院前總理李鵬參加了巴西“環境與發展”國際會議後，我國陸續開始實施可持續發展戰略。
一、持續農業是中國可持續發展戰略的優先領域
1992年，國務院提出了我國環境與發展十大對策，第一條就是實行可持續發展戰略。1994年，經國務院第十六次常務會議批準的《中國21世紀議程》，其中第十一章“農業與農村的可持續發展”指出“農業與農村可持續發展，是中國可持續發展的根本保證和優先領域。其目標是：保持農業生產穩定增產，提高食物生產和保障食物安全，發展農村經濟，增加農民收入，改變農村貧困落後狀況，保護和改善農業生態環境，合理、永續利用自然資源，特別是生物資源和可再生資源，以滿足不斷增長的國民經濟發展和人民生活的需要。”《中國21世紀議程》的編製和推進，標誌著中國農業可持續發展的研究和實踐進入新的階段。
二、中國持續農業理論研究與實踐探索
為組織《中國21世紀議程》的有效實施，國家發改委（原國家計委）、科技部（原國家科委）編製了《中國21世紀議程優先項目計劃》，設9個優先領域、62個項目，其中“持續農業”被列為第2項優先領域，確定發展10個集約持續農業示範縣，在中國不同類型區域進行高產、多熟、優質、高效和生態環境良好型集約持續農業示範縣建設。
為探索一條符合中國國情的農業可持續發展道路，在國家科技部的支持下，國家農業部區劃司、中國農業科學院農業區劃研究所等有關單位，從1992年開始組織實施了中國可持續農業和農村發展研究項目，並按照有代表性的農業和農村經濟區域類型，在全國選擇了29個地區、縣作為試驗示範區，進行可持續農業和農村發展的研究和探索，形成了東北地區、黃淮海平原、長江中下遊地區、西南地區、西北黃土高原與風沙幹旱區、沿海經濟發達區6大類型區26種發展模式，這些試驗示範區和發展模式有：
①鬆遼平原（農安縣）商品糧基地農牧結合發展模式。②低窪墾區洪河農場高度機械化和商品化發展模式。③漫崗丘陵區拜泉縣水土資源保護與開發並重發展模式。④東部淺山林農區龍井市資源立體開發發展模式。⑤曲周縣鹽堿地綜合治理發展模式。⑥缺水低平原區黑龍港流域節水農業發展模式。⑦恒台縣高產高效可持續發展模式。⑧黃泛區扶溝縣集約農業可持續發展模式。⑨產糧區蒙城縣節糧型養牛農牧結合發展模式。⑩糧豬主產區雙峰縣種養加銷生態可持續發展模式。臨安縣山區資源開發與保護結合發展模式。南方丘陵吉水縣紅黃壤治理與資源開發發展模式。樂至縣人多地少丘陵旱地發展模式。西南高原宜威縣紅壤丘陵可持續發展模式。平壩縣岩溶山地綜合治理發展模式。馬山縣岩溶叢窪地弄拉村綜合發展模式。定西縣黃土丘陵溝壑幹旱區小流域綜合治理發展模式。白銀市幹旱荒漠區人工生態高揚程高產高效發展模式。河曲縣黃土丘陵半濕潤易旱區水土流失綜合治理模式。沙漠化邊緣地區新疆阜康綜合治沙節水興農發展模式。幹旱灌區治理土地次生鹽漬化發展模式。蘇南地區以農村工業支持農業發展模式。上海國營農場農村工業與農業協調發展模式。壽光以市場建設推動農業農村可持續發展模式。諸城市貿工農結合型發展模式。沿海灘塗地區灘塗分區開發和種養加發展模式。