1.在農業上采用工廠化生產。采用工廠化生產意在通過工業的連續生產工藝提高勞動生產率。但是，農業生產過程是一種生物學過程，采用工業連續生產工藝要符合不同的生產過程的生物學規律。舉例來說，牛羊等草食動物是反芻動物，人類需通過在草地放牧、或在牧草缺乏時，或在某一生長階段補充幹草、精料等飼料來生產動物蛋白食品，而不可以采用違反反芻動物生長規律的方法，即用反芻動物蛋白（肉骨粉等）作為飼料再提供給反芻動物來生產動物蛋白。采用這方法雖然效益提高了，但是，食物生產的安全性受到了破壞。例如瘋牛病是一種病毒，是牛吃了被綿羊癢病病原因子汙染的牛羊等反芻動物蛋白做的肉骨粉所致。雖然第一批反芻動物肉骨粉怎樣被感染瘋牛病病原因子還不得而知，但越來越多的專家趨於這樣的看法，即這種蛋白毒是因為同類吃同類產生的變異而產生的，並逐步積累使其擴大。歐洲的農民在實行肉類工廠化生產時，用牛羊肉骨粉來代替植物蛋白作飼料，一代又一代周而複始，使瘋牛病病毒潛伏越來越多，才釀成了今天的瘋牛病災難。
2.食品供給的鏈條越來越長、環節越來越多。一種食品從農場到餐桌，要經過生產、加工、流通等諸多環節，食品的供給體係趨於複雜化和國際化。在如此長的產業鏈條中，每一個環節都有食品被汙染的可能性。1999年，比利時的二惡英事件就是最明顯的例子。經調查，比利時的這次二惡英事件，是由生產動物飼料原料的廠家向生產動物飼料的工廠提供含二惡英的原料造成的。這家工廠叫福格拉公司，該公司的某些員工在原本是裝廢植物油的一些油罐裏注入了大量的廢機油，在動物油和廢植物油混合加熱時產生了二惡英。該公司將含有二惡英的原料提供給油脂加工廠比利時維克斯特公司。該公司在油脂加工後，將8萬多公斤混有二惡英的動物油脂賣給了10家比利時飼料公司、1家法國公司和1家荷蘭公司。這些公司把添加了維克斯特公司油脂的飼料賣給了比利時500家雞場、500家豬場、70家牛場，從而引起了這次汙染事件。
3.轉基因食物出現。2000年，世界在轉基因研究上取得了較大進展。轉基因技術不僅可以提高動植物的產量，而且可以改變其品質，提高產品質量。但是，2000年，反轉基因作物勢力也有所發展，一些國家的有關人士認為轉基因作物製造了“基因汙染”。現在，讚成者無法證明生物技術對環境和人類健康無害，反對者也難以證明農業生物技術不安全。
因此，生態環境保護呼喚生態農業和生態食品的出現。進入20世紀70年代，全球用於對付害蟲的農藥達12000多種。到20世紀90年代以後，我國每年生產的農藥品種約200多種，加工製劑500多種，原藥生產40萬噸，位居世界第2位，每年使用農藥達3億公頃次。農藥的大量使用破壞了自然界原來的生態平衡，生物多樣性遭受嚴重威脅。尤其是那些高毒、高殘留農藥的使用，使糧食、蔬菜、水果和其他農副產品中有毒的成分增多，影響食品安全，並危害人體健康。加上農業生產大量施用化肥，引起湖泊、水庫的富營養化和地下水汙染，使生態環境受到嚴重摧殘。
生態農業建設的內涵是什麼
生態農業建設的內涵是極其豐富的，第一，生態農業是協調我國人口、資源和環境關係，解決需求與經濟發展之間矛盾的有效途徑，是我國發展農業、發展農村經濟的指導原則；第二，生態農業是對農業和農村發展做整體和長遠考慮的一項係統工程；第三，生態農業是一套按照生態農業工程原理組裝起來的，促進生態與經濟良性循環的實用技術體係。
我國政府是怎樣關注生態農業建設的
我國政府曆來十分重視生態農業建設，先後製定了一係列促進生態農業發展的方針、政策。20世紀80年代初，針對農業生態環境和自然條件出現惡化趨勢，農業部提出了建設生態農業的發展思路，並組織和開展了一係列的試點示範。1993年，在總結全國生態農業建設經驗的基礎上，農業部、國家計委、科技部、財政部、林業部、水利部和國家環保總局等7個部委，聯合在全國組織開展了51個生態農業示範縣建設。針對農業生態環境惡化加劇問題，力爭通過改造坡耕地，推廣壟溝栽培等技術，把坡耕地逐步建成高產穩產農田。同時，大力推廣“糧農－林果－草牧”型生態農業模式，發展了一大批農牧型、農果型生態戶；推廣農膜回收和生物防治、合理利用農藥化肥等技術。通過實施“沃土計劃”，推廣秸稈綜合利用，實現秸稈直接還田和過腹還田，提高土壤有機質含量。對於25度以上的陡坡地實行有計劃的退耕還林還草，推廣草灌喬結合，提高植被覆蓋率。1997年，國家計委會同有關部門組織並實施了全國生態環境建設，生態農業建設作為重要內容之一。1998年，農業部在三峽庫區啟動了“三峽庫區高效生態農業示範區建設項目”，把生態農業建設與三峽移民工作有機結合起來，使生態農業成為三峽庫區移民搬得出、穩得住和能致富的有效途徑。