2．標準執行力度不夠。
農業標準化工程的實施是整個農業標準化工作的一個關鍵環節，隻有在實踐中實施才能發揮其應有的作用和效果；隻有在貫徹實施中才能對標準的質量作出正確的評價，才能發現標準中存在的問題，從而進行修改和完善，再好的標準，如果不付諸實施，猶如一紙空文，不會有任何效果，不會產生任何效益。
一般來說，一個農業標準的貫徹實施包括計劃、準備、示範、實施、檢查、總結和反饋7個過程。首先是政府對標準的貫徹實施進行計劃，做好思想、物質、技術、宣傳等方麵的準備，其次是根據實際需要，選擇有代表性的地區或單位進行貫徹標準試點，為全麵貫徹實施創造條件，再次是把標準直接用於農業生產實踐，指導農業生產者按標準執行，最後是根據具體執行過程中發現的問題進行整理、分析、總結和反饋。
在我國，自1991年召開第一次全國農業標準化工作會議以來，雖然製定了一係列的標準，但由於政府投入資金有限、標準宣傳、示範推廣力度不夠、生產者素質較低等原因，已製定的農業標準一直都沒有能夠得到很好的貫徹實施，很多政府部門並沒有真正意識到貫徹實施標準的重要性，沒有認識到貫徹實施標準是一個長期的、漸進的過程，需要幾年甚至更長時間不斷地去完善和發展。根據國內規則、標準與國際規則、標準的比較，我國的國內貿易技術壁壘總體上要稍大於國際貿易技術壁壘，但由於標準貫徹實施的不到位，實際上，根據標準生產出來的農產品並沒有能夠真正達到標準的要求，很多的農產品甚至不能達到國際標準。
3．檢測體係有待完善。
農業檢測體係是指提高農產品、農用生產資料和農業生態環境的質量，由各類具備農業專業技術和檢測（監測）能力的檢測、測試機構組成的檢測網絡。它不僅要對農產品質量進行檢測，也要對農業生產資料進行檢測，還需要對農業生態環境進行監測。目前，中國農產品的安全問題比較嚴重，為了提高產量，農民在生產過程中，往往大量使用或不正確使用農藥、化肥、生長調節劑等物質，導致了農產品農藥殘留檢測指標嚴重超標。
2000年5月，農業部組織北京、上海、重慶、山東、浙江5省市的質檢單位，對50多個蔬菜品種、1293個樣品的農藥殘留進行抽樣檢測，發現其蔬菜農藥殘留檢測合格率不足80%；對5種主要蔬菜使用農藥情況調查發現，葉菜類蔬菜上使用高毒農藥的種植戶占328%。2001年10月29日，國家質量監督檢驗檢疫總局公布了2001年第三季度產品質量抽查結果，其中蔬菜農藥殘留量的抽查結果最為引人關注，質檢總局這次共抽查了23個大中城市的大型蔬菜批發市場的菜豆、番茄、黃瓜、茄子等10類蔬菜181種蔬菜中，有86種蔬菜農藥殘留量超出國家標準限量值，超標率高達475%。
4．合格評定程序存有明顯不足。
合格評定源於認證，是認證概念的發展與擴大，認證是第三方的行為，合格評定以第三方的認證活動為基礎，輔以第一方的自我聲稱和對認證、檢驗、檢查機構的認可活動。國際標準化組織合格評定發展委員會ISO/ASCO在總結了各成員國實施認證的經驗後，將所有的關於質量的評價活動，包括新出現的認證機構認可活動通稱為合格評定活動。