3.基層民主政治建設滯後，農民權益難以得到保障。改革開放以來，伴隨社會經濟的快速發展，我國農村基層民主政治建設也取得了巨大成就，各種民主形式和實現途徑被創新性地探索出來，廣大農村居民參與基層民主建設的積極性不斷增強，自身的權益也得到了更有效的保障。但是，在新時期新情況下，我國目前農村基層民主政治建設仍存在許多突出的問題，麵臨很多挑戰，主要表現為：
（1）農村基層組織缺乏戰鬥力、凝聚力和創造性。我國目前一些農村黨員幹部思想觀念陳舊、能力不足，基層組織軟弱渙散，缺乏凝聚力、號召力、戰鬥力，思想僵化、誌氣退化、組織弱化“三化”傾向比較嚴重，致使黨組織在農村的戰鬥堡壘作用得不到正常發揮。
（2）村民自治發展存在諸多問題，如村委會直選中的賄選問題，村委會與村黨支部的“兩張皮”的問題、村民自治中鄉政村治異化的問題、村民自治中村規民約的違法問題等等，這些問題的存在極大地阻礙了農村基層民主建設的推進，導致農民民主權利得不到保障。
（3）鄉村宗族勢力挑戰村民自治。農村宗族勢力的存在和發展在很大程度上與強製性的國家權力退出農村有關，是農村在適應現代政治的組織資源缺失狀態下傳統勢力的恢複。宗族組織在一定程度上彌補了村落中集體組織的不足。合理利用宗族組織可以大大降低農村社會運行成本，對發展農村生產和村民自治有重要的作用。但是，宗族文化與民主政治畢竟是兩種性質截然不同的文化，宗族勢力對鄉村民主政治的發展具有許多消極影響。宗族勢力通過各種方式和手段入侵到農村基層政權，成為農村治理體製的組成部分，從而利用基層政權的力量牟取私利或擾亂農村經濟發展和社會秩序。更重要的是，宗族勢力很容易被黑惡勢力所利用，從而形成以宗派宗族為基礎的、對社會具有嚴重危害的邪惡勢力。因此，農村基層民主要發展，必須逐步清除宗族勢力。
（4）人口流動使村民自治發展麵臨新的挑戰。一定數量素質較高的村民的存在是村民自治的組織基礎，但我國目前農村農民的大量外流，嚴重地削弱了村民自治的組織基礎。大量高素質農民的外流，一方麵使村莊中可供民主選舉的高素質的村委會成員候選人減少，由此直接導致村委會工作能力的下降；另一方麵，留在村裏的農民大多是老人、婦女和兒童，他們有很多對行使民主的程序和意義不太懂，從而容易導致民主的程序流於形式，民主決策也很容易異化為少數村幹部決策。
4.農村社會事業發展緩慢，城鄉發展差距不斷拉大。近幾年來，黨中央、國務院采取一係列政策措施，大力推進農村社會事業發展，使我國農村社會麵貌得到了很大改觀。但是，農村社會事業發展還麵臨許多困難和問題，難以滿足廣大農村居民日益增長的公共服務需要。農村教育基礎依然薄弱，中小學師資隊伍數量不足、辦學條件差、留守學生多等問題十分普遍，普及和鞏固義務教育任務相當繁重；農村公共衛生體係建設不健全，基層醫療衛生基礎薄弱，農民看病難、看病貴的問題十分突出；農村公共文化資源十分短缺，不少地方文化活動場所和設施破舊殘損、年久失修，沒有文化活動場所、沒有文化活動設施、沒有文化活動內容的現象還普遍存在；農村社會福利嚴重滯後於社會和經濟發展水平，存在社會福利機構匱乏、社會福利覆蓋麵狹窄、地區發展不平衡、各福利項目發展不平衡、缺乏統一的組織管理等諸多問題；農民生育觀念與國家政策有很大差距，控製人口過快增長的任務十分艱巨。農村社會事業發展滯後，致使農村居民公平享有經濟社會發展成果的權利難以保證，極大地抑製了農民消費水平和發展能力的提高，已成為製約經濟社會協調發展的重大障礙。