2.保障水平低。
由於農村的經濟發展水平低，農民可支配的收入更低，所以在大多數地方現行的農村社會養老保險中，農民投保的保費很低，這樣，農民老年時得到的保險金就少，少到無法滿足農民老年的基本生活需要。比如山東省平陰縣（山東省平陰縣1992年開辦農村社會養老保險，農村社會保障工作在全國是做得最好的地區之一，在山東省是樣板縣，曾受到省政府和民政部的表揚）調查時就發現，農民多數都選擇了保費最低的2元/月的投保檔次，按民政部《農村社會養老保險交費領取計算表》計算，農民繳費10年後，每月可以領取養老金47元，15年後每月可以領取99元，若再考慮管理費增加和銀行利率下調或通貨膨脹等因素，農民領取的錢可能會更少。這點錢對農民養老來說是杯水車薪也不為過。平陰縣的情況在全國開展農村社會養老保險的地方具有普遍性，按1997年全國曆年累計的8200萬農民投保的120億養老金計算，人均是146元，而這是十幾年的累計結果。由此，農村社會養老保險能起多大的作用也就比較明晰了。
3.管理水平不高。按照《農村社會養老保險基本方案》的有關規定：“基金以縣為單位統一管理，主要以購買國家財政發行的高利率債券和存入銀行實現保值增值。”但是由於缺乏專業的人才，很多部門一般都采取存入銀行的方式，少部分用來購買國債，這種單一的投資組合，在相當程度上降低了基金的增值能力，也增加了保值的風險，不利於基金的健康運轉和可持續發展。
與此同時，養老保險基金缺乏有效的監管和約束機製。1998年以前各地養老保險基金的收集、保管、運營和發放全是由民政部門一家負責，而民政部門又直接歸當地政府部門主管，當地民政部門或政府擠占、挪用甚至貪汙、揮霍農村養老保險基金的情況便時有發生，使農民的養老錢失去了保障。有些地方政府財政部門以幫助農保基金增值為名，將資金用於風險投資，由於管理不善導致投資失敗，不僅沒有實現增值，反而將本金都賠進去了，從而形成基金的虧空，這部分隻能通過國家的財政撥出專項資金來填補。
4.製度的可持續性差。製度上的不穩定性是現行農村社會養老保險製度的一個致命傷。農村社會養老保險製度的建立、撤銷，費用的籌集、運用以及保險金的發放，不是按照嚴格的法律程序，而是按照地方政府部門製定的一些規章製度執行的，不是農民與政府的一種規範性、持久性契約。養老保險繳費是一個持續十幾年甚至幾十年的過程，當農民身強力壯收入高的時候，他們繳納保費，而當農民年老收入低又需要照顧時，他們再用養老保險機構支付的養老金來安度晚年。這一過程的順利完成起碼需要三個條件：第一，農民的收入水平較高且穩定，能夠保證他們可以按時足額繳費；第二，他們對保險基金的管理者充滿信心，知道自己繳納的錢能夠在自己年老需要時得到更多的回報；第三，養老保險製度能夠持續到農民老年獲得回報之後，而不是中途解體。但是就這三個條件來看，目前農村各地區的社會養老保險幾乎都無法滿足，這是因為：其一，農民的收入與自然氣候和農產品市場行情的相關性很大，收入時高時低，無法按時足額繳費應該是一種常態；其二，農民對現在交錢若幹年後才能獲得的回報並沒有足夠的信心，而養老保險說不定哪一天就被某位領導或哪一級政府下令停辦了也未可知，因而農村社會養老保險的穩定性特別令人懷疑。不用說繳納養老錢的農民心存疑懼，就是問一下一些管理農村社會養老保險的地方政府官員，他們也是說，“那得看事情的發展情況”。