（2）農民的受益麵和受益水平偏低，保障能力差。
在農村合作醫療資金非常有限或不足的情況下，容易造成報銷門檻高，報銷比例低的現象，降低了農民的收益麵和受益水平。據統計，到2003年底補償人數為22957萬人次數，平均受益率為2210%，2004年參合農民患病花費的總醫藥費用是48633億元，補償15368億元，平均補償率為3160%，農民的自費負擔接近70%。農民做決策時是理性的，他們在參與合作醫療時會考慮到預期收益和預期成本的大小。於是在自願參與的原則下，新型合作醫療不可避免地陷入參保率低、保障能力差的困境。一般情況下，老、弱、病、殘等健康風險越高者，由於收益率更高，參與合作醫療的意願越強；而年輕健康者則會因受益率偏低，參與意願受到抑製。因此，這種“逆向選擇”出現的可能性很大，在很大程度上也降低了合作醫療的受益麵及受益水平。而傳統合作醫療製度借助於輿論攻勢和政治運動形式，達到了強製參加的效果，參保率達到90%，由此實現全麵繁榮。
為解決以上出現的問題，可以在資金籌集方麵采取一些措施，如實行適度強製參加原則，由於奉行強製性，既提高了參保率、保證了資金來源、擴大了覆蓋麵，又避免了逆向選擇。但是，強製要把握一個“度”，靈活製定強製參加標準。例如對於經濟發展較快，人均收入達到一定數額的地區必須強製參加，如山東的一些地區現在就實行強製參加政策。在資金充足的情況下，可以製定適宜的補償比例，確保農民的受益水平和保障能力。
（3）農村醫療機構服務能力弱，醫療服務不規範。農村鄉鎮衛生醫院普遍基礎醫療設施差、服務能力低下且收費居高不下，難以滿足農民多層次、多類型的醫療服務需求，致使農民小病不看，大病到縣以上醫療機構就診。這樣不但使農民有病不能及時就診，錯過最佳的治療時間，而且增加了合作醫療基金和農民的費用支出。因此，衛生部門要加大投入，改善醫院的基礎醫療設施；采取措施，努力提高鄉村衛生技術人員的業務技術素質，規範行醫行為，提高衛生服務水平。醫院要對藥品等合理定價，降低農民就醫的門檻；另外，可定期開展慢性病調查，為農民提供綜合、經濟、連續的社區衛生服務，使農村居民由病後治療變為病前預防，有效地控製疾病的發生，使農村居民切實感受到新型農村合作醫療的實惠，提高農村合作醫療的吸引力，同時也為新型農村居民基本醫療保障製度提供有力的服務保障。
四、進一步推進新型農村合作醫療的基本原則
1.政府引導，自願參加。
新型農村合作醫療製度是由政府推動、農民互助、社會參與的製度，在具體實施過程中，各級政府要加強組織和引導；農民以家庭為單位自願參加新型農村合作醫療。
2.多方籌資，費用分擔。
新型農村合作醫療基金主要包括農民個人繳費、集體補助和政府資助，有條件的地區可鼓勵社會團體和個人捐助。費用的分擔要合理，不能盲目向集體或者農民分攤。