1990年2月國務院下發的《關於切實減輕農民負擔的通知》中指出：一些部門和地區紛紛向農民攤派、收費和集資，使農民負擔日益加重。明確規定農民負擔的比例：人均集體提留和統籌費一般應控製在上一年人均純收入的5%以內。為使政策徹底執行，1991年12月國務院發布了《農民承擔費用和勞務管理條例》，規定了村提留、鄉統籌費、勞務的標準和使用範圍，村提留、鄉統籌費、勞務的提取和管理方法，要求各級農民負擔監督管理部門負責檢查有關農民負擔管理的法律、法規和政策的執行情況。1992年和1996年，國務院兩次頒布文件，規定“三提五統”費不準超過農民每年人均純收入的5%。但是各地工作進度很不平衡，農民負擔方麵仍存在著不少亟待解決的問題。一些地方加在農民身上名目繁多的社會負擔問題仍然十分突出。1996年，中共中央、國務院《關於切實做好減輕農民負擔工作的決定》中明確指出：“全黨務必從政治、全局的高度看待這個問題，采取有力措施，切實做好減輕農民負擔工作。”規定村提留鄉統籌費不超過上年農民人均純收入5%的政策穩定不變；嚴禁一切要農民出錢出物出工的達標升級活動；嚴禁在農村搞法律規定外的任何形式的集資活動；嚴禁對農民的一切亂收費、亂漲價、亂罰款；嚴禁各種攤派行為；嚴禁動用專政工具和手段向農民收取錢物等。
2000年6月《中共中央、國務院關於進行農村稅費改革試點工作的通知》（中發〔2000〕7號）發布，以此為起點，農村稅費改革由基層的自發實驗，逐漸演變為由中央推動的全局性改革。安徽在全省範圍進行了改革試點，還有一些省、自治區、直轄市選擇了部分縣（市）進行試點。總體看，各地的試點工作進展順利，取得了初步成效。
2002年4月，國務院辦公廳發布了《關於做好2002年擴大農村稅費改革試點工作的通知》，根據通知精神，新增試點省份分為兩類：一類由中央財政向其分配農村稅費改革的專項轉移支付資金，這些地區包括河北、內蒙古、四川、陝西、甘肅等16個省、自治區；另一類是沿海經濟發達地區，如上海市和浙江省，這些地區不享受中央轉移支付資金，可以自費進行擴大改革試點。在擴大試點的同時，中央確立了農村稅費改革要堅持“減輕、規範、穩定”的基本原則。要求做到“三個確保”，即確保農民負擔得到明顯減輕且不反彈；確保鄉鎮機構和村級組織正常運轉；確保農村義務教育經費正常需要。並指出“三個確保”是衡量農村稅費改革是否成功的重要標誌。此次試點工作還強調了要紮實推進各項配套改革。試點地區在落實農村稅費改革政策的同時，必須相應推進相關鄉鎮機構改革、農村教育改革和政府公共支出改革等相關配套改革，精簡機構，控製人員編製，壓縮鄉村幹部，優化教師隊伍等。至此，農村稅費改革進入一個全麵、深入的新階段。
2004年1月中央下發了1號文件——《中共中央國務院關於促進農民增加收入若幹政策的意見》，提出要繼續推進農村稅費改革，進一步減輕農民的稅費負擔，為最終實現城鄉稅製的統一創造條件。2004年農業稅稅率總體上降低1個百分點，同時取消除煙葉外的農業特產稅。2004年6月國務院《關於做好2004年深化農村稅費改革試點工作的通知》：在黑龍江、吉林兩省進行免征農業稅改革試點，河北、內蒙古、遼寧、江蘇、安徽、江西、山東、河南、湖北、湖南、四川等11個糧食主產省（區）的農業稅稅率降低3個百分點，其餘省份農業稅稅率降低1個百分點。農業稅附加隨征稅同步降低或取消。
自2004年以來，中國已有28個省份免征農業稅。據統計，免征農業稅、取消除煙葉稅外的農業特產稅可減輕農民負擔500億元左右。另一方麵，我國經濟持續快速發展，國家財力不斷壯大。從新中國成立初期的1950年，農業稅占全國財政收入的41%，到2004年，農業稅下降到占全國財政收入34%。全麵取消農業稅，對中國財政收入不再構成重大影響。2005年3月，國務院總理溫家寶在十屆全國人大三次會議上宣布“比預定計劃提前兩年，於2006年全麵免除農業稅”。2005年12月29日十屆全國人大常委會第十九次會議通過決定，自2006年1月1日起廢止《農業稅條例》。