堅持體製機製創新，要與時俱進，增強創新意識。當前，我國的改革開放和現代化建設已進入一個新的曆史時期，出現了許多新情況、新問題。農村發展中還存在著許多體製和機製障礙的製約。因此，要解放思想，破除教條，在實踐中不斷推動新農村建設的理論和製度創新。
四、堅持科學規劃與因地製宜原則
2006年中央一號文件明確要求，新農村建設“必須堅持科學規劃，實行因地製宜，分類指導”。
規劃既是新農村建設的龍頭，也是新農村建設的關鍵開篇。搞好新農村建設要尊重自然規律、經濟規律和社會發展規律；要講究實施方案的可行性。因而製定規劃時要深入調查研究、反複論證並廣泛聽取群眾意見和建議，這是規劃科學性的要求。
因地製宜、分類指導就是新農村建設一定要符合村情來發展創新。脫離村情的農村建設是不可取的。由於各地農村經濟發展水平和財政實力有差別，自然條件、生活習俗等也各不相同，因而新農村建設不可能搞一個模式，定一個標準，必須從實際出發，因地製宜、分類指導。這是新農村建設的科學方法。要反對上級整齊劃一的要求，如在高山、低山、資源富集地區與資源相對貧乏等不同地區，新農村建設的規劃及發展思路應該不同。過去“農業學大寨”中平原上“人造虎頭山”，20世紀80年代新村建設中的“農民新村”照搬平原村莊建設等做法都違背了因地製宜的要求，教訓是深刻的。因地製宜一定要注重立足鄉村特點，突出地方特色，尊重各地的傳統、習慣和風格，不能把鮮明的民族特色改沒了，不能把突出的地域特征搞沒了，不能把優秀的文化傳統弄沒了。新農村建設需要各地發揮主動性和創造性，根據當地經濟社會發展水平和農民群眾的現實需要，合理確定目標和任務。
五、堅持以人為本、政府引導與農民自願原則
2006年中央一號文件指出：“必須堅持以人為本，著力解決農民生產生活中最迫切的實際問題，切實讓農民得到實惠。”同時強調“尊重農民的主體地位”，“依靠農民的辛勤勞動”建設新農村。《全國農業和農村經濟發展第十一個五年規劃（2006~2010年）》中也提出，“充分尊重農民的市場主體地位，尊重廣大農民群眾的首創精神”，充分反映民聲、民願、民誌，引導、保護並發揮好農民的建設積極性。因此，新農村建設中必須尊重農民意願，使農民自覺自願地發展生產，改變鄉容村貌，提高自身素質。因為建設新農村為的是使農民共享改革發展和現代文明的成果，靠的是農民的自己做主、自我組織和自主管理。也就是說“農民是新農村的受益者，也是新農村建設的主體”。江西贛州等地在新農村建設中，采取村民理事會等形式，把村莊整治的決策權交給群眾，並采取“以物代補”、“以獎代補”等形式，動員農民用自己的力量，改變農村落後麵貌。這是推進新農村建設的一條重要經驗。
政府在新農村建設中的引導作用主要體現在提供更多的公共服務，提供發揮農民主體性的體製、製度和政策，提供教育、衛生、交通、通訊等更多的公共產品方麵。所以，要在加強政府引導支持和社會扶助的同時，鼓勵農民自力更生、艱苦奮鬥，建設美好家園。要把農民願意或不願意、高興或不高興作為衡量新農村建設成效的重要標準，確保讓農民真正受益。
六、堅持量力而行與逐步推進原則
量力而行，就是在新農村建設中要考慮農村發展的階段性特征，在確定發展目標後，分步分階段地推進。因為整體上我國目前的生產力發展水平還不高，公共財力仍有限，須充分認識新農村建設的長期性、艱巨性和複雜性。因而要首先從群眾迫切希望解決而目前又能夠解決的問題入手，量力而行，循序漸進，不能急於求成和浮躁冒進；其次要做到“三個符合”，即符合當地經濟社會發展水平，不搞超前消費和過度建設，不增加鄉村債務和農民負擔；符合群眾願望，不搞強迫命令和形象工程；符合市場經濟規律，不搞無效益的產業。要注重正確處理“三個關係”，即急與緩的關係、遠與近的關係、點與麵的關係。要既著眼長遠又立足當前，精心組織、有序推進；鼓勵基礎好的村落先行一步，建成示範點，以點帶麵。要堅決防止把新農村建設等同於村鎮建設和規模過大、標準過高等不良傾向。