由於縣一級是各種渠道投入的支農資金的彙聚點，因此，要堅持以縣為主整合支農資金。除救災資金、糧食直接補貼資金等特殊用途資金外，財政部門管理分配的支農資金以及農業部門預算中用於項目的支出，都可納入支農資金整合的範圍。支農資金整合並不是將各種渠道的資金簡單歸並，把交叉重複現象比較突出、各方麵反映比較強烈的農田建設投資、生態建設和農村小型基礎設施投資等作為當前資金整合的重點，將相關項目配套實施，將相關投資統籌使用，努力提高支農資金使用效率，逐步形成按規劃統籌項目、按項目安排資金的投資管理新格局，確保新農村建設真正取得成效。
二、建立新型轉移支付體係
我國現行的財政轉移支付是在1994年分稅製改革的基礎上形成的，其目的是為了解決地區間收支不均衡的矛盾。財政轉移支付是中央政府支出的重要部分，是“中央補助地方”的重要手段。近年來，中央在通過財政轉移支付解決“三農”問題上做出了很大的努力。到2006年，納入國家財政整體預算安排的用於支持農村稅費改革的轉移支付資金達到了1030億元，其中中央財政承擔了780億元，但由於其他的配套改革措施沒有跟上，這些資金在使用的過程中暴露出了許多問題。比如，轉移支付資金在層層撥付的過程中，出現了“雁過拔毛”現象，“路損”嚴重。有些政府部門憑借手中的權力，對轉移支付資金或任意截留，或隨意提成。再比如，轉移支付資金到達農村後，並沒有全部用於指定用途，絕大部分被用作了平衡農村基層政府的財政預算。這說明，我國目前所采用的轉移支付製度，不管是在撥付環節上，還是在使用與監管環節上都存在著許多問題。另外以往我國的轉移支付製度，主要是為了支援“三農”和支持農村稅費改革而製定的，是臨時性的。為了搞好社會主義新農村的建設，我們還必須在總結經驗與教訓的基礎上，對以往的轉移支付製度作進一步的變革。要建立城鄉一體化的公共產品供給體係，向城市和農村提供均衡的公共產品。
2006年10月中國共產黨召開的第十六屆六中全會通過了《中共中央關於構建社會主義和諧社會若幹重大問題的決定》。該文件明確了今後財政轉移支付改革的方向：要通過完善中央和地方共享稅分成辦法，進一步提高中央財政集中度，加大轉移支付力度。完善一般性轉移支付辦法，增加一般性轉移支付規模，調整優化專項轉移支付結構，進一步增加對革命老區、民族地區、邊疆地區、貧困地區以及糧食主產區、礦產資源開發地區、生態保護任務較重地區的轉移支付力度，著力推進貧困地區的特色優勢產業發展。要逐步擴大公共財政覆蓋農村的範圍，新增的教育、衛生、文化支出主要用於農村。根據目前我國農村財政轉移支付過程中的問題，建立新型的轉移支付體係應該采取以下措施：
1．要合理確定轉移支付模式，減少資金滲漏。目前在我國鄉級政府財政獨立性日益喪失的情況下，可以考慮取消鄉級政府財政，即把鄉級政府的日常開支納入縣級政府財政支出的項目中，其支出規模也由縣級政府財政加以約束。農村公共品的提供也由縣級政府劃撥資金，資金的下撥不再經過鄉級財政之手，這樣既會堵塞一條財政資金滲漏的渠道，也會在一定程度上避免鄉級政府債務繼續增加的問題。同時，也可考慮改變現行的由縣級財政集中分配轉移支付資金的模式，轉移支付資金可以采取定向劃撥的方式，專款專用，嚴禁對其擠占挪用。
2．以“因素法”取代傳統的“基數法”，統一和規範財政轉移支付標準。轉移支付標準的確定應提高按人口、麵積、耕地等為主要分配依據的“因素法”分配的比重，降低“基數法”分配的比重，從真正意義上促進城鄉公共產品與服務供給的均等化。在實施的過程中，要加強對農村轉移支付方案中“因素法”技術上的可行性研究，以提高轉移支付辦法的科學性。譬如，要搜集和整理實施轉移支付製度所需要的各種信息資料，建立完整和準確的數據庫；正確測定各級政府的標準收入能力和標準支出需求；進行局部支出（如基礎教育、公共衛生、社會保障等）均等化的改革試點探索，以提高標準化收支測算的準確度。
3．建立農村財政轉移支付評價、監督和考核機製。政府有關部門應設計一套科學合理的效益評價與考核指標，以便對轉移支付資金的使用和效益情況進行評價和考核，同時還應該建立一套行之有效的監督製約體係，對財政轉移支付資金的分配程序、使用過程、經濟效益進行跟蹤反饋，確保資金使用效益的最大化。