2.農村公共產品供給體製不適應保障公共服務的要求。長期實行的城鄉分割二元體製，使農村公共事業發展緩慢，城鄉在基礎設施和社會事業發展等方麵差距擴大。雖然我們已經在農村改革中邁出了關鍵的兩大步：第一步實行以家庭承包經營為核心的農村經營體製改革，第二步以農村稅費改革為核心的國民收入分配關係改革，減輕了農民負擔，調動了農民的生產積極性，但是鞏固改革成果的任務仍然十分繁重。特別是目前雖然取消了農業稅，減輕了農民負擔，但造成農民負擔重的一些深層次問題還沒有根本解決，很多問題凸現出來。如多數地方縣鄉財力緊張，農村基層政府和村級組織運轉困難，農村公益事業發展缺乏資金；基層政府職能轉變滯後，鄉鎮機構多、人員多；農村一些地方亂收費的不良現象有所抬頭等。這些情況表明農民負擔反彈的壓力依然很大，必須不失時機地推進農村綜合改革。
2006年9月溫家寶總理在全國農村綜合改革工作會議上所作的《推進農村綜合改革，為新農村建設提供體製保障》講話中指出：以促進農村上層建築變革為核心的農村綜合改革是農村改革的第三步。農村綜合改革要在試點基礎上全麵推進。有條件的地方要在全省範圍內開展試點，暫不具備條件的省份要進一步擴大市、縣試點範圍，力爭五年或更長一點的時間基本完成鄉鎮機構、農村義務教育和縣鄉財政管理體製這三項改革任務。
一、推進鄉鎮機構改革
1．轉變政府職能。轉變政府職能是鄉鎮機構改革的核心。要重點從農村工作的現實狀況出發，從農民群眾的願望出發，從社會主義市場經濟條件下建立公共行政體製的要求出發強化鄉鎮政府三個職能：①為農村經濟發展創造環境，包括穩定農村基本經營製度，維護農民的市場主體地位和權益，加強對農村市場的監管，組織農村基礎設施建設，完善農業社會化服務體係。②為農民提供更多的公共服務，加快農村教育、衛生、文化、體育、環境保護等社會事業發展。③為農村構建和諧社會創造條件，加強社會管理中的薄弱環節，開展農村扶貧和社會救助，化解農村社會矛盾，保持農村社會穩定。推動農村民主政治建設和村民自治，提高基層自治能力。在履行好政府職能的同時，要把不應該由政府承擔的經濟和社會事務交給市場、中介組織和村民自治組織。
2．創新農村工作機製。①規範鄉鎮政府行政行為，工作程序、工作手段要合法合規，依法維護農村秩序和保護農民利益。②把服務作為聯係群眾的一條重要紐帶，搞好為農服務。為農民提供高質量、高效率、低成本的服務，促進農業發展和農民增收。
3．合理調整鄉鎮政府機構。①改革和整合鄉鎮事業站所，精簡富餘人員。2006年開始五年內鄉鎮機構編製隻減不增。②根據職能定編定崗定員，按照公開公正公平的原則競爭上崗。在人員精簡過程中，妥善安置鄉鎮幹部，不能簡單地將他們推向社會。③上級部門要為基層改革創造好的環境，不得幹預鄉鎮機構設置和人員配備。④縣級黨委、政府要加強具體指導，保證鄉鎮政府正常運轉和基層幹部隊伍思想穩定。
二、推進農村義務教育改革
教育公平是最基本的公平，農村的未來和農村孩子的希望都在於教育，因此義務教育是農村最大的公共事業。
1．全麵推進農村義務教育經費保障機製改革。建立和完善政府投入辦學、各級責任明確、財政分級負擔、經費穩定增長的農村義務教育經費保障機製。這是推進農村義務教育改革的重點。①各級財政都要增加對農村義務教育的投入，不斷提高農村義務教育經費保障水平。②保障農村義務教育經費要約法三章：不準減少本級政府對農村義務教育應承擔的經費投入；不準挪用學校公用經費發放教師津貼；不準再亂收費加重學生的經濟負擔。③教師工資必須列入財政預算，切實予以保證。
2．加快教育部門自身改革。現在全社會對子女教育都非常重視，對學校期望很高。在增加教育投入的同時，更要重視提高辦學水平和教育質量。①深化教育人事製度改革，切實加強農村教師隊伍建設。教師素質和教學水平事關農村義務教育改革的成敗。要嚴格教師準入製度，創新教師補充機製，建立教育教學質量監測考評製度，促進農村教師提高素質。②合理配置城鄉教育資源，逐步縮小城鄉之間義務教育發展差距。各級政府都要調整教育經費支出結構，向農村傾斜。開展城鄉學校對口支援，鼓勵城市教師到農村任教，建設農村中小學現代遠程教育體係，讓農村孩子也能享受到優質教育資源。③合理調整農村中小學布局，提高農村義務教育辦學質量。要從當地實際出發，按照方便學生上學、不增加學生經濟負擔、保證教學質量的原則，調整學校布局，改善辦學條件，加強教學管理，提高教育資源利用效率。