我三十九歲(前七年)，又離愛國女學，嗣後由徐紫虯、吳書箴、蔣竹莊諸君相繼主持，愛國女學始漸成普通中學，而脫去從前革命性的特殊教育了。
四十歲(前六年)，我到北京，在譯學館任教習，講授國文及西洋史，僅一學期，所編講義未完，即離館。
四十一歲至四十五歲(前五年至一年)又為我受教育時期。第一年在柏林，習德語。後三年，在來比錫，進大學。
四十六歲(民國元年)，我任教育總長，發表《對於教育方針之意見》，據清季學部忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實的五項宗旨而加以修正，改為軍國民教育、實利主義、公民道德、世界觀、美育五項。前三項，與尚武、尚實、尚公相等；而第四第五兩項，卻完全不同。以忠君與共和政體不合，尊孔與信仰自由相違，所以刪去。至提出世界觀教育，就是哲學的課程，意在兼采周秦諸子、印度哲學及歐洲哲學，以打破二千年來墨守孔學的舊習。提出美育，因為美感是普遍性，可以破人我彼此的偏見；美感是超越性，可以破生死利害的顧忌，在教育上應特別注重。對於公民道德的綱領，揭法國革命時代所標舉的自由、平等、友愛三項，用古義證明說“自由者，‘富貴不能淫，貧賤不能移，威武不能屈’是也；古者蓋謂之義。平等者，‘己所不欲，勿施於人’是也；古者蓋謂之恕。
友愛者，‘己欲立而立人，己欲達而達人’是也；古者蓋謂之仁。”
學部舊設普通教育、專門教育兩司；改教育部後，我為提倡成人教育、補習教育起見，主張增設社會教育司。
我與次長範靜生君常持相對的循環論，範君說：“小學沒有辦好，怎麼能有好中學？中學沒有辦好，怎麼能有好大學？所以我們第一步，當先把小學整頓。”我說：“沒有好大學，中學師資那裏來？沒有好中學，小學師資那裏來？所以我們第一步，當先把大學整頓。”把兩人的意見合起來，就是自小學以至大學，沒有一方麵不整頓。不過他的興趣，偏於普通教育，就在普通教育上多參加一點意見，我的興趣，偏於高等教育，就在高等教育上多參加一點意見罷了。
我那時候，鑒於各省所辦的高等學堂，程度不齊，畢業生進大學時，甚感困難，改為大學預科，附屬於大學。又鑒於高等師範學校的科學程度太低，規定逐漸停辦；而中學師資，以大學畢業生再修教育學的充之。又以國立大學太少，規定於北京外，再在南京、漢口、成都、廣州各設大學一所。
後來我的朋友胡君適之等，對於停辦各省高等學堂，發見一種缺點，就是每一省會，沒有一種吸集學者的機關，使各省文化進步較緩。這個缺點，直到後來各省竟設大學時，才算補救過來。
清季的學製，於大學上，有一通儒院，為大學畢業生研究之所。我於大學令中改名為大學院，即在大學中，分設各種研究所。並規定大學高級生必須入所研究，俟所研究的問題解決後，始能畢業(此仿德國大學製)。但是各大學未能實行。
清季學製，大學中仿各國神學科的例，於文科外又設經科。我以為十四經中，如易、論語、孟子等，已入哲學係；詩、爾雅，已入文學係；尚書、三禮、大戴記、春秋三傳，已入史學係；無再設經科的必要，廢止之。
我認大學為研究學理的機關，要偏重文理兩科，所以於大學令中規定：設法商等科而不設文科者不得為大學；設醫工農等科而不設理科者，亦不得為大學；但此製迄未實行。
而我於任北大校長時，又覺得文理二科之劃分，甚為勉強；一則科學中如地理，心理等等，兼涉文理；二則習文科者不可不兼習理科，習理科者不可不兼習文科。所以北大的編製，但分十四係，廢止文理法等科別。
我五十一歲至五十八歲(民國六年至十二年)，任國立北京大學校長。民國五年，我在法國，接教育部電，要我回國，任北大校長。我遂於冬間回來。到上海後，多數友人均勸不可就職，說北大腐敗，恐整頓不了。也有少數勸駕的，說：腐敗的總要有人去整頓，不妨試一試。我從少數友人的勸，往北京。
北京大學所以著名腐敗的緣故，因初辦時(稱京師大學堂)設仕學、師範等館，所收的學生，都是京官。後來雖逐漸演變，而官僚的習氣，不能洗盡。學生對於專任教員，不甚歡迎，較為認真的，且被反對。獨於行政司法界官吏兼任的，特別歡迎；雖時時請假，年年發舊講義，也不討厭，因有此師生關係，畢業後可為奧援。所以學生於講堂上領受講義。及當學期學年考試時要求題目範圍特別預備外，對於學術，並沒有何等興會。講堂以外，又沒有高尚的娛樂與自動的組織，遂不得不於學校以外，競為不正當的消遣。這就是著名腐敗的總因。我於第一次對學生演說時，即揭破“大學學生，當以研究學術為天職，不當以大學為升官發財之階梯”雲雲。於是廣延積學與熱心的教員，認真教授，以提起學生研究學問的興會。並提倡進德會(此會為民國元年吳稚暉、李石曾、張溥泉、汪精衛諸君發起，有不賭、不嫖、不娶妾的三條基本戒，又有不作官吏、不作議員、不飲酒、不食肉、不吸煙的五條選認戒)，以挽奔競及遊蕩的舊習；助成體育會、音樂會、畫法研究會、書法研究會，以供正當的消遣；助成消費公社、學生銀行、校役夜班，平民學校、平民講演團與《新潮》等雜誌，以發揚學生自動的精神，養成服務社會的能力。