這些年，北方州郡殘破零散，而漁陽郡還較為完整。這裏有舊時的鑄鐵工場，彭寵轉運鐵器來換取穀物，積蓄珍寶，日益富強。幽州牧朱浮，年紀輕而才華出眾，想要厲行教化，收攏士人之心，就征召州中索有名望的人，以及王莽時二幹石級別的舊官吏，全都安置在幕府，調撥各郡大量糧食贍養他們的妻子兒女。彭寵認為天下沒有完全安定，軍事行動方興未艾，不應多設置官員，消耗軍事物資，困此不服從朱浮的命令。朱浮一向驕矜急躁，自以為高人一等。彭寵也倔強不讓步，兩人之間的嫌隙怨恨越來越深。
朱浮多次向光武帝進讒言，陷害彭寵，密奏彭寵集結大量軍隊和糧草，意圖很難預料。光武帝故意泄露這些話，讓彭寵聽到，以此脅迫和恐嚇他。這時，有詔令征召彭寵，彭寵上疏，請求和朱浮一起去洛陽，但光武帝不準，彭寵因此更加疑心。他的妻子一向剛強，不能忍受這種壓抑和屈辱，堅決勸丈夫不要接受征召，她說：“天下還沒有平定，四方英雄各自稱雄。漁陽是個大郡，兵馬最強，為什麼要放棄這裏的一切離去呢？”彭寵又和自己親信的官員商議，大家都怨恨朱浮，沒有一個勸他去洛陽的。劉秀派彭寵的堂弟子後蘭卿去曉諭導彭寵，彭寵卻乘機留下堂弟，隨後起兵叛變。他任命了將帥，自己率領二萬多人攻打朱浮所在的薊城。彭寵想到耿況和自己一樣，立有大功卻隻得到微薄封賞，就幾次派人引誘耿況，但耿況不肯接受，還斬殺了彭寵派去的人。
延岑再次叛變，包圍南鄭。漢中王劉嘉兵敗逃跑，延岑於是占據漢中，隨後進攻武都，被原更始帝的柱功侯李寶打敗，逃往天水。公孫述派將領侯丹奪取南鄭。劉嘉收容散兵，得到幾萬人，任命李寶為國相，從武都向南襲擊侯丹，戰鬥失利，退回河池、下辨。又和延岑連打了幾仗。延岑領兵向北，進入散關，抵達陳倉。劉嘉追擊，打敗延岑。公孫述又派將軍任滿從閬中南下江州，向東占據扞關，於是占有全部益州地區。
光武帝返回洛陽，
三月，大赦天下。
原更始帝在南方未投降的大將還有很多。光武帝召集將領們商議出兵的事，他用檄書敲打著地麵說：“郾城最強，宛城其次，誰去攻擊這兩個地方？”賈複不加思索地說：“臣請求攻打郾城。”光武帝笑著說：“執金吾攻打郾城，我還有什麼可擔心的！大司馬應去攻打宛城。”於是派賈複攻打郾城。賈複攻克了城池，尹尊投降。賈複又向東攻打原更始帝的淮陽太守暴汜，暴汜也投降了。
四月，虎牙大將軍蓋延統率駙馬都尉馬武等四位將軍進攻，打敗了劉永，將他圍困在睢陽。原更始帝的將領蘇茂叛變，殺死淮陽太守潘蹇，占據廣樂，向劉永稱臣。劉永任命他為大司馬，封淮陽王。
吳漢攻打宛城。宛王劉賜帶著原更始帝的妻子兒女到洛陽投降。光武帝封劉賜為慎侯。劉秀的叔父劉良、族父劉歙、堂兄劉祉都從長安來到洛陽。光武帝封劉良為廣陽王，劉祉為城陽王，又封哥哥劉縯的兒子劉章為太原王、劉興為魯王。原更始帝的三個兒子劉求、劉歆、劉鯉全部被封侯。
鄧王王常歸降。光武帝見到他，非常高興地說：“我看到王廷尉，不擔心南方了。”隨後任命為左曹，封山桑侯。
五月，封劉歙為泗水王。
光武帝因為陰貴人性情溫柔寬厚，想立她為皇後。陰貴人因為郭貴人已有兒子，始終不肯承受這一封號。六月，立郭貴人為皇後，其子劉強為皇太子。大赦天下。
封泗水王的兒子劉終為淄川王。
秋季，賈複南下進攻召陵、新息，占領了兩地。他的部將在潁川殺人，被潁川太守寇恂捕獲，囚禁在獄中。當時新的秩序還在創建，軍人觸犯法律，太多相互包容，而寇恂在街市上將那個部將處死。賈複以此為恥辱，回來時經過潁川．對左右說：“我和寇恂同樣都是將帥，我卻被他欺侮。今天見到寇恂，我一定要親手給他一劍！”寇恂知道賈複的打算，不想和他見麵。寇恂姐姐的兒子穀崇說：“我是一名武將，能夠佩帶寶劍在旁邊侍候。一旦有什麼事變，足以抵擋。”寇恂說：“不能這麼做。從前藺相如不畏懼秦王而受屈於廉頗，那是為了國家。”他下令屬縣預備豐盛的酒菜，執金吾賈複的軍隊進入穎川境內，人人都有雙份酒菜。寇恂出城，在道路上迎接賈複，隨即聲稱有病，返回城內。賈複率軍要追寇恂，但官兵們都喝醉了，隻好過境而去。寇恂派穀崇到洛陽彙報情況，結果自己被征召到洛陽。寇恂晉見光武帝時，賈複早已在座。賈複想起身避開，光武帝說：“天下還未安定，兩虎怎能私下相鬥！今天朕替你們調解。”寇恂和賈複於是坐在一起，都非常高興，隨後同乘一輛車出宮，結為好友而離去。
八月，光武帝親自統率眾將討伐五校義軍。他巡幸內黃，在希陽大敗義軍，有五萬人歸降。
光武帝派遊擊將軍鄧隆協助朱浮討伐彭寵。鄧隆的軍隊在潞縣南部屯駐，朱浮的軍隊在更南麵的雍奴屯駐，然後派官吏向劉秀奏報軍情。劉秀看過文書，非常生氣，對那個官吏說：“軍營相距一百裏，這種形勢下怎幺能夠相互支援！等你回去，駐紮在北麵的軍隊必然已經吃敗仗。”彭寵果然派遣輕裝部隊攻擊，大敗鄧隆的軍隊。朱浮離得遠，無法相救。