蓋延包圍睢陽幾個月後，終於攻克該城。劉永逃到虞縣，虞縣人反叛，殺死劉永的母親和妻子。劉永和幾十個部下逃往譙縣。蘇茂、佼強、周建集合大軍三萬餘人來救劉永，在沛縣西部和蓋延交戰，結果大敗。劉永、佼強、周建逃跑，據守湖陵，蘇茂逃到廣樂。蓋延於是平定了沛、楚、臨淮三個郡。
光武帝派太中大夫伏隆持符節出使青州、徐州，招降劉水統治下的各郡國。青州、徐州的義軍聽說劉永失敗，全都惶恐不安，請求投降。張步派他的屬官孫昱跟隨伏隆到洛陽，奉上奏章，並獻上鰒魚。伏隆是伏湛的兒子。
堵鄉人董碟在宛城反叛，捉住南陽太守劉鱗。揚化將軍堅鐔進克宛城，董碟逃回堵鄉。
吳漢奪取南陽符縣，在經過的地方，多有侵暴行為。破虜將軍鄧奉回新野省親，他對吳漢搶劫他的鄉裏十分憤怒，於是叛變，擊潰吳漢的軍隊，盤踞淯陽，同各路義軍聯合起來。
九月，光武帝從內黃返回洛陽。
陝縣義軍蘇況攻破弘農，光武帝派景丹征討，不巧景丹去世。征虜將軍祭遵攻打弘農、柏華、蠻中等地義軍，把他們全部蕩平。
赤眉軍打算向西去隴地，隗囂派將軍楊廣迎擊，打敗赤眉軍。又乘勝追擊，在烏氏、澤陽一帶再次擊敗對方。赤眉軍抵達陽城、番須地區，天降大雪，把坑坑備備（坑穀）都填滿了，很多士兵凍死。赤眉軍隻好東返，挖挖掘前漢的皇陵，掠取其中的財寶。凡是用玉匣（衣）裝殮的屍體，大都栩栩如生，呂後的屍體竟然被侮辱。鄧禹派兵在鬱夷攻打赤眉軍，結果失利，鄧禹隻好撤到雲陽。赤眉再次進入長安。延岑駐紮在杜陵，被赤眉軍將領逢安攻擊。鄧禹乘逢安的精兵離開長安，便率軍襲擊長安。恰巧謝祿的救兵趕到，鄧禹戰敗逃跑。逢安和延岑交戰，結果大敗，死十多萬人。
廖湛率領十八萬赤眉軍進攻漢中王劉嘉。雙方在穀口交戰，劉嘉大勝，他親手殺死廖湛，隨後到雲陽籌集軍糧（就穀）。劉嘉妻子的哥哥新野人來歙，是光武帝姑姑的兒子。光武帝派鄧禹招降劉嘉，劉嘉依靠來歙的關係到鄧禹的營寨歸降。劉嘉的國相李寶態度傲慢，被鄧禹斬殺。
十一月，光武帝任命廷尉岑彭為征南大將軍。光武帝在大會群臣時，指著王常對大家說：“此人率領下江將領輔佐保衛漢朝，心像金石一般堅硬，真是忠臣呀！”當天，任命王常為漢忠將軍，派他和岑彭率領建義大將軍朱祜等七位將軍征討鄧奉、董碟。岑彭等先攻打堵鄉的董碟，鄧奉出兵援救。朱祜戰敗，被鄧奉俘獲。
銅馬、青犢、尤來等義軍殘部共同擁立孫登為皇帝。孫登的部將樂玄殺死孫登，率領部眾五萬多人投降。
鄧禹自從馮愔叛變後，聲望逐漸降低，再加上缺乏軍稂，和赤眉軍交戰屢次不利，歸附他的人逐漸離散。赤眉軍和延岑軍同時在三輔地區橫行，當地的大家族各自集結兵眾自保，鄧禹無能為力。光武帝派偏將軍馮異接替鄧禹討伐赤眉等義軍。光武帝送馮異到河南，告誡他說：“三輔地區遭受王莽和更始帝帶來的混亂，又加上赤眉和延岑的暴行，生靈塗炭，百姓沒有地方依靠和傾訴。將軍現在奉命討伐叛逆，對那些投降的營寨，將其首領送到京城洛陽，遣散一般百姓，讓他們回家耕田種桑。摧毀營寨堡壘，使他們不能再聚集起來。征伐並不是一定要攻城掠地，關鍵在於平息叛亂、安撫百姓而已。將領們不是不善於戰鬥，但喜好擄掠。您要駕馭部眾，常常注意自己的行為，不要給郡縣的百姓造成痛苦！”馮異叩頭接受命令，率軍向西進發。一路上傳播威信，很多義軍投降。
光武帝又詔令鄧禹返回，詔書說：“要慎重，不要同窮途末路的敵人爭高低！赤眉軍斷糧，自然會來東方。我們以飽食等待饑餓，以安逸等待疲勞，折斷策馬用的杖便可抽打他們，大家不用擔心。不許再輕率進攻！”
光武帝任命伏隆為光祿大夫，派他再次出使張步，任命張步為東萊太守，並同新任命的青州的州牧、太守、都尉一起向東。劉秀授權伏隆可以自行任命縣令、縣長及以下的各級官員。
十二月，光武帝發布詔令：凡被王莽廢除的宗室和列侯，全都恢複原來的封國。
三輔地區發生了嚴重的饑荒，出現人吃人的慘況。城鎮空無一人，白骨遍野。幸存下來的人往往聚在一起，修建營寨自保，各自堅壁清野。赤眉軍擄掠不到東西，隻好東歸，部眾還有二十多萬，但一路上紛紛逃散。光武帝派破奸將軍侯進等駐守新安，又派建威大將軍耿弇等駐守宜陽，以截斷赤眉軍的歸路。光武帝命令將領們說：“賊寇如果向東逃跑，可率宜陽兵馬去與新安部隊會師；賊寇如果向南逃跑，可率新安兵馬去與宜陽兵馬會師。”馮異和赤眉軍在華陰遭遇，對峙了六十多天，交鋒幾十次，赤眉軍有五千多名官兵投降。