二月，劉永封董憲為海西王。劉永聽說伏隆到達劇縣，也派使者封張步為齊王。張步貪圖王爵，猶豫不決。伏隆解釋說：“高祖曾向天下規定，除劉姓皇族外不能封王爵。現在您最多可封為十萬戶侯！”張步想留下伏隆，與他共同據守青、徐兩州。伏隆不同意，要求返回洛陽報告情況，張步就拘捕伏隆，並接受劉永的封爵。
伏隆派密使上書說：“臣奉命出使，不能完成使命，反而被叛逆拘捕。臣雖然身處艱難窘迫之中，但為完成陛下賦予的使命，即使犧牲生命，也在所不惜。再有，官民們知道張步叛變，內心不會歸附他。希望陛下及時進軍，不要顧念臣。臣如果能活著回到朝廷，被有司誅殺，這是臣最大的願望。假如臣死於叛賊之手，就把父母兄弟長期托付給陛下。祝陛下和皇後、太子永遠享受萬國的擁戴，同上天一樣無窮無盡！”光武帝得到伏隆的上書，召見他的父親伏湛，流著眼淚把上書拿給他看，並說：“我恨不能暫且許諾封張步為王，馬上求得伏隆返回！”後來，張步終於殺了伏隆。由於光武帝擔心北方的漁陽，又擔心南方的梁國、楚國，所以張步能夠獨霸齊地，占據十二個郡。
光武帝巡幸懷縣。
吳漢率領耿弇、蓋延在軹縣西部攻打青犢軍，大敗對方，並使之歸降。
三月，司直伏湛升任大司徒。
涿郡太守張豐反叛，自稱無上大將軍．和彭寵的軍隊聯合起來。朱浮因為光武帝不親自討伐彭寵，就上書求援。光武帝下詔回答：“去年赤眉軍在長安飛揚跋扈，我判定他們在沒有糧食的時候一定東返，後來他們果然前來歸順。現在估計這班叛逆，勢必不能長期保全，他們內部一定會出現相互殘殺的情況。現在我軍的軍事物資不充足，所以要等到小麥收割以後才行。”朱浮所在的薊城糧食吃盡，出現了人吃人的慘狀，正趕上耿況派騎兵來救援，朱浮才能夠脫身逃跑，薊城則向彭寵投降。彭寵自稱燕王，攻取了右北平、上穀兩軍？的幾個縣。他還賄賂北方的匈奴，向匈奴借兵作為援軍；又向南結交張步及富平、獲索各路兵馬，與他們全都建立了聯係。
光武帝親自率軍討伐鄧奉，抵達堵陽。鄧奉逃回淯陽，董投降。四月，光武帝追擊鄧奉到小長安，大敗對方。通過朱祜從中斡旋，鄧奉袒露臂膀投降。光武帝憐惜鄧奉是功臣故舊，而且反叛是因吳漢所逼，想要保全寬恕他。岑彭、耿弇進諫說：“鄧奉忘恩負義，起兵叛變，一連幾年殘暴擄掠。陛下親征，他不知悔過從善，反而親自上陣和陛下交戰，打敗了才被迫投降。如果不殺鄧奉，就不能懲辦邪惡。”光武帝於是斬殺鄧奉，並恢複朱祜的官職。
延岑打敗赤眉軍以後，即刻任命州牧、郡守等官職，打算占據關中。當時關中地區各路兵馬勢力還很大：延岑占據藍田，王歆占據下邽，芳丹占據新豐，蔣震占據霸陵，張邯占據長安，公孫守占據長陵，楊周占據穀口，呂鮪占據陳倉，角閎占據汧，駱延占據盩厔，任良占據雩阝，汝章占據槐裏；他們各稱將軍，擁有的士兵多有一萬餘人，少的有幾幹人，各軍之間互相攻擊。馮異一邊作戰，一邊前進，軍隊屯駐於上林苑中。延岑聯合張邯、任良一起攻打馮異，馮異迎擊，大敗聯軍，歸附延岑的營壘都來投降馮異，延岑隻好從武關向南陽逃跑。當時百姓饑餓，用一斤黃金才換五升豆子。道路斷絕，運送的糧食不能到達，馮異的士兵都以果實充饑。光武帝下詔任命南陽人趙匡為右扶風，率軍協助馮異，並運送絹帛和糧食。馮異的軍隊逐漸強盛，糧食漸漸充足，於是逐步打擊那些不服從命令的豪強，褒揚獎賞那些歸降和立功的人，把各營寨的首領全都送到洛陽，遣散普通部眾，讓他們放下兵器，重新拿起農具。馮異因此威振關中。隻有呂鮪、張邯、蔣震派出使者投降西蜀的公孫述，其餘全部平定。