有龍雲前例，盧漢知道自己這個位子想必也是坐不長的，說不好哪天老蔣找到了個更乖更服從、又能打理雲南的，就把他給幹下去了，於是，盧漢也在找後路。當然，盧漢不能明目張膽，得明修棧道暗度陳倉，老蔣讓他出兵東北，他不能違逆，讓曾澤生帶60軍和盧浚泉帶93軍組成第6軍團，由孫渡帶領去東北參戰。孫渡對老蔣倒是忠心耿耿，老蔣念他忠誠，還在1948年任他為熱河省省主席，以示嘉獎——當然，也就是個空銜。不過，孫渡居然為此感激涕零，著實為老蔣奮戰到了最後一刻，直至1952年在昆明被捕。盧漢當然沒那麼傻，狡兔三窟，犯不著在老蔣這邊吊死。
剛開始盧漢當然沒想過要接近共產黨，隻是覺得得饒人處且饒人，犯不上為了老蔣跟共產黨結下什麼深仇大恨。早在抗戰時期，共產黨就已經在滇軍內部搞滲透了，盧漢當時是方麵長官，如果說他什麼都不知道，那叫瞎掰，盧漢對共產黨的活動就算談不上門清，至少也是略有耳聞，但是盧漢什麼都沒做，聽之任之。最典型的就是朱家璧一事，此公的族叔是朱旭——就是那個參與倒龍的四師長之一，1940年在抗日軍政大學畢業後，去雲南搞統戰。盧漢當然知道朱家璧什麼背景，就算有朱旭這層關係，他也犯不上為朱家璧行方便，最多不管他就成了，但是盧漢呢？他給朱家璧當保鏢。朱家璧回雲南之後，盧漢就安排他擔任要職，從營長一直幹到特務團團長，後來朱家璧之事泄露，老蔣讓盧漢查辦，盧漢支支吾吾，最後讓朱家璧保外就醫去了。朱家璧在雲南翻雲覆雨，到最後恨不能是個上台麵的都知道他的身份，但是，在盧漢等人的掩護下，國民黨特務愣是不敢拿朱家璧怎麼樣。盧漢辦事辦到這個份上，當然就不單單是為了跟朱旭的交情，事實上，盧漢是在有意識地跟共產黨處好關係，以備不時之需。
不時之需總是有的，當前往東北的滇軍全數瓦解——盧浚泉的93軍在1948年被全殲，曾澤生率部投降，國民黨在輸完了三大戰役風雨飄搖之後，盧漢就已經意識到國民黨的時代可能要到頭了，而他可能也將不得不改頭換麵。此時龍雲已經在香港打起了擁共的大旗，並跟盧漢多方接洽，勸其投誠。盧漢見大局如此，便開始準備起來，打通跟中共地下黨的聯係；跟西康劉文輝、四川鄧錫侯等聯絡，相約共同舉事反蔣；略微開放昆明報禁，允許出現中共的文章，尤其是《正義報》刊登毛澤東的《論人民民主專政》；抵製中央軍及桂係軍隊入滇，停止為國民黨中央提供經濟援助。總之，萬事具備，隻欠東風。
8月14日，龍雲在香港正式跟國民黨劃清界限，宣布“雲南起義”。一石激起千層浪，閻錫山、李宗仁紛紛拉攏盧漢，甚至李宗仁要派桂軍入滇以示震懾。老蔣當時已在台灣，但要想留下一絲反攻大陸的火種，西南不容有失，便飛赴重慶，要求麵見盧漢。盧漢猶豫再三，最終還是去了重慶，結果老蔣對他一改往日態度，表示支持盧漢主滇，撥款撥械，隻是要他抓幾個人，封幾個報社，盧漢見此，也有些激動，便應允了。當然，盧漢的應允是陽奉陰違，到雲南之後，他便暗示中共地下黨轉移，然而軍統還是逮捕了數百名可疑人士，經過審判，或殺或囚，盧漢沒有中毛人鳳借刀殺人之計，以人數太多需要重審為由，拒絕簽字。然後趁著李宗仁赴滇，盧漢要求對這些人從寬處理，李宗仁拉攏盧漢還來不及，哪會說個不字？於是，這些人就都被盧漢給放了。11月，中共進軍大西南，貴州、重慶相繼解放，盧漢見時機成熟，於12月9日晚宣布雲南起義。
自此，滇係軍閥作為民國一個重要的地方派係，徹底走向終結。