一個省出了兩個軍政府，以中國人天無二日、國無二君的路子，自然就得有個正統，革命黨人自然認為自己創立的重慶軍政府是正統，並對成都公開打擂台頗是不憤，也就有了西征的念頭。結果還沒等重慶方麵發兵，成都方麵就自己出了問題，立憲派控製不住局麵，尤其軍隊不服從，在12月8日，蒲殿俊和朱慶瀾正在東校場閱兵，軍隊突然嘩變，這倆猝不及防，居然就腳底抹油，於是，成都就亂了。正、副都督都開溜了，成都也得有個管事的，於是軍政部部長尹昌衡挺身而出，跑到城外，找了軍隊，彈壓了這次叛亂。尹昌衡平亂有功，因而接任都督之職，而尹昌衡也比那倆開溜的有手段，略施手腕，穩定了局麵。
尹昌衡是士官生，為人豪爽仗義，喜歡結交袍哥，有些江湖氣，他上台後主要幹了兩件事，一是重組軍政府，將原先被排擠在外的革命黨人吸納其中，為統一四川作準備；二是捕殺趙爾豐。趙爾豐之所以跟立憲派妥協後不離開成都，顯然是不甘心失敗，他也一直借著成都內亂的機會在搞小動作，想要東山再起。尹昌衡意識到留著趙爾豐是個禍害，於是先下手為強，捕殺趙爾豐。趙爾豐一死，川渝震動，都明白了尹昌衡是個鐵腕人物，招惹不得，於是也就樹立了權威。與之同時，尹昌衡也在尋求與重慶方麵的和解，由於成都軍政府的開放態度，重慶方麵對其敵意銳減，也就有了和談的基礎。1912年1月，雙方達成了一致，兩個政府合並，重慶方麵承認成都軍政府的正統地位，而成都方麵也抬高了重慶地位，在重慶設鎮撫府，最終尹昌衡任都督，張培爵為副，夏之時任重慶鎮撫總長。
軍閥軍閥，有軍有地謂之閥，因此，要控製川係將來的發展，就得從軍隊著手。就在4月，尹昌衡整編了川軍5個師，各師頭腦分別為第一師師長周駿，第二師師長彭光烈，第三師師長孫兆鸞，第四師師長劉存厚，第五師師長熊克武。以後四川不管亂成啥樣，那些大佬也不可能出了這五個師的圈兒。
滇黔入主
在川軍這五個師當中，最特別的是熊克武師，其他四個師的首腦都是四川武備學堂畢業，根正苗紅的四川地方派，而熊克武不屬於這個主流的武備軍係，是同盟會出身。地方派自有其獨特的行事邏輯，他們沒有確定的政治傾向，基本是誰嗓門大聽誰的，牆頭草，隨風倒。而熊克武不一樣，他是革命黨人，他的部眾也基本都是革命黨，因此，不管外麵風向如何，他都是走一個方向——不管頂風還是順風。因此，如今四川要出事，焦點人物就必定是熊克武，木秀於林風必摧之。
果然，不久之後由於刺宋案發，熊克武就被推上了風口浪尖。當然出了這麼大事，要表態也還輪不著熊克武，怎麼也得是老大先發話，但現在問題是，原先的老大尹昌衡前一陣去西藏平亂，這陣還待在川西沒回來；而袁世凱則怕尹昌衡跟革命黨一個鼻孔出氣，直接任命了軍政部部長胡景伊當都督。胡景伊是尹昌衡一手提拔起來的，都是武備係出身，不過從軍界地位來講，尹昌衡還是要壓胡景伊一頭，如今胡景伊跟袁世凱沆瀣一氣，革命黨人自然是得先找尹昌衡回來。尹昌衡倒是在7月初回來了，而搶了他位置的胡景伊自知無顏相見，選擇避讓，但尹昌衡反複權衡，最後還是覺得反袁沒戲，最後讓袁世凱一催，又在7月底回去了。革命黨人原本對尹昌衡寄予厚望，認為他加入了國民黨，理應扛起反袁的大旗，沒想到尹昌衡其實是個中間派，對中央的紛爭一點興趣沒有，既不想得罪袁世凱，又不想得罪孫中山，幹脆選擇不聞不問，回川西躲事去了。尹昌衡這一躲，自然革命黨的全部希望就在熊克武身上了，所以，熊克武就被逼上了梁山。
熊克武剛開始也對反袁心有惴惴，一方麵外省的反袁形勢很不利，二次革命已逞崩盤之象；另一方麵省內胡景伊手握四個師，眼見就是袁世凱的人，熊克武隻要有動作，就會馬上遭遇圍攻。但是，熊克武就算自己拿不定主意，別人也會幫他拿主意，胡景伊就對他很不放心，就想先下手為強，意圖編遣他的第五師，胡景伊心懷鬼胎，而第五師部眾則是群情激憤，要求熊克武盡速起兵，熊克武被一內一外這麼一逼，也覺得不管是死是活，反袁是必須的了。於是，就在其他省份的亂子幾乎被袁世凱全麵彈壓之際，重慶才後知後覺地舉起了反袁大旗。
熊克武麵臨的形勢叫十麵埋伏，不但省內有四個師瞄著他，袁世凱還分別命令鄂督黎元洪、陝督張鳳翽、滇督蔡鍔、黔督唐繼堯派兵合攻重慶。熊克武才多少兵力，哪經得起被人這麼圍毆，於是三板斧一打完，形勢急轉直下，熊克武也就將將撿了條命罷了。熊克武遭遇這種情況也不是第一次了，想必也習慣了，當年反清比這還慘，這次好歹還能有個三板斧，以前反清起義能正常發動就已經求之不得了。熊克武在反清時期是亂黨，別人是官兵，這回民國了，沒想到他又成了亂黨，又遭遇了官兵圍毆。