中央軍入川之後，參謀團當然更是有恃無恐，先前是對川軍施恩，現在就要立威了——而田頌堯很不幸，就成了靶子。田頌堯也算倒黴到了家，先是被紅四方麵軍占了老巢，爾後三路圍攻，又被徐向前破得幹幹淨淨，隨後參與劉湘的六路圍攻，依然是一敗塗地，中央紅軍入川後，田頌堯更是在閬中被擊潰，一敗再敗倒也罷了，問題是參謀團還盯上了他，想要拿他做榜樣，殺雞給猴看。參謀團將田頌堯以作戰不利為由革職查辦，可謂是震動川中，田頌堯在川軍中是個什麼位置，參謀團說拿下就將他拿下，那些本來還不太服帖的川軍將領還敢再廢話？當然，參謀團也不是為了立威而立威，立威的目的是平川，很快參謀團就開始著手整頓川軍，將其名額、軍餉都縮減三分之一，此後還成立了點驗委員會，核實川軍名額。本來這麼搞容易引起川軍反彈，但是，此前將田頌堯撤職的作用就體現出來了，現在誰還敢頂風作亂？
參謀團在四川僅僅存在了一年，但就是這一年起到了決定性作用，可以說，參謀團這一年所做的工作就足以將劉湘多年的經營毀於一旦，此後劉湘盡管依然不願束手，也通過各種手段與中央對抗——包括強化省政府控製，秘密聯結反蔣勢力，組織武德勵進會，改編保安團，但終究是蚍蜉撼樹。老蔣控製四川，同時也為抗戰做好了準備——重慶成為陪都，四川成為抗戰中心，八年抗戰終能獲勝，與楊永泰這平川之策密不可分。可惜楊永泰未得善終，終在派係之爭中遇刺身亡，一代奇才如此下場，也不免令人唏噓。
當然，中央入主四川，也宣告了川係這樣一個民國曆史上極具典型意義的地方軍閥的終結。
川係眾將的結局
熊克武——在川中失勢後，被譚延闓利用，險些與趙恒錫開戰；後被胡漢民以北伐為名調入廣東，被蔣介石剝奪兵權；其後正式退出主流軍界。中華人民共和國成立後棄暗投明，因為老部下劉伯承和賀龍的關係，得以善終。1970年，熊克武病逝於北京，終年85歲。
劉存厚——失勢後在老家寓居多年，後於1949年赴台，任“總統府”國策顧問。1962年在台灣病逝，終年81歲。
劉湘——抗戰爆發後，劉湘率川軍出川作戰。後涉嫌與韓複榘密謀阻止中央軍入川，事泄後，在1938年1月20日病上加病，在漢口憂懼而亡。（當然，與韓複榘密謀一事是與其有隙的範紹增告發，是否確有其事，目前尚無定論。）
劉文輝——爭霸戰爭失利後，劉文輝在西康省落腳。1939年，西康省成立，劉文輝就任西康省主席長達十年時間，人稱“西南王”。爾後在解放戰爭中投效中國共產黨。1976年6月24日病逝於北京，時年82歲。
楊森——抗戰爆發後，率軍參加淞滬會戰，後任第二十七集團軍總司令兼第二十軍軍長、重慶衛戍總司令等職。解放戰爭後，前赴台灣。1977年3月病逝於台北，時年96歲。
鄧錫侯——鄧錫侯部川軍是抗戰時期最為驍勇的一支川軍部隊，參加了徐州會戰和武漢會戰多次戰役，屢建功勳。劉湘逝世後，返回四川執掌四川軍務。解放戰爭中受蔣排擠，被擼奪軍權，而後在1949年率部投誠。1964年3月病逝於成都，時年75歲。
田頌堯——失勢後寓居成都。1949年追隨鄧錫侯參加彭縣起義。1975年病逝於成都，時年87歲。
賴心輝——失勢後病逝於抗戰時期。
最後不得不提的是：四川是抗戰中貢獻最大的省份——重慶是戰時陪都，四川是經濟中心，負擔了抗戰時30%的稅務和10%的兵源。