程璧光對孫中山所知有限，直到跑到南方才發現，原來孫中山除了有個招牌，啥都沒有，要錢沒錢，要兵沒兵，他帶著這些艦隻跑到南方，難道喝西北風不成？程璧光跟孫中山本就關係平平，暗呼上當之後，自然也需考慮手下人的溫飽問題——當然，這就得跟桂係打交道了。程璧光主動跟桂係打交道，自然桂係求之不得，畢竟程璧光這些個軍艦也不是擺設，要能跟他搞好關係，勢必有益無害。桂係這幫人雖然都是土匪，但好在辦事做人都挺仗義，該給錢給錢，該給麵子給麵子，絕不含糊——比如陳炳焜跟朱慶瀾關於20個營的官司就是程璧光說和的，而陳炳焜在程璧光出麵之後，也確實作出了讓步。桂係待程璧光客客氣氣，有禮有節，雙方處得也不錯，當然，程璧光也就沒理由找桂係的晦氣。
在孫中山唆使兩艘軍艦炮擊觀音山之後，程璧光說實話心裏頭就不痛快——軍艦是他帶過來的，孫中山招呼都不打一聲，冒冒失失地就炮擊觀音山，還把他這個海軍總長放眼裏嗎？程璧光跑到南方，孫中山除了大元帥當著，牛逼吹著，口號喊著，給程璧光啥實際的沒有？程璧光來護法，那是給孫中山麵子，孫中山倒好，真把自己當大元帥了，拿著程璧光的家夥什跟人打架去了，孫中山也太把自己當回事了吧？因此，當程璧光聽說此事之後，處理辦法是命令軍艦“停止炮轟，開回省城”。
海軍不支持，那陸軍支不支持呢？其實也沒什麼懸念，新得了20個營警衛軍的陳炯明就很反感孫中山的舉動，認為其“冒險、輕率”，因此在海軍炮擊之時，按兵不動，隔岸觀火。本來孫中山還派人去活動滇軍的，但是滇軍能願意蹚這渾水嗎？於是遭到師長方生濤、旅長朱培德、張維新等人的強烈反對，而躑躅不前。至於其他部隊，那是桂係的親信力量了，更不能自己人打自己人了。於是，孫中山搞的這次所謂政變，其實似是而非，除了那兩個不上道的艦長，壓根就沒人搭理他。
孫中山搞個政變沒人支持，看莫榮新沒搭理他，就以為莫榮新怕了，自己得便宜了就敢跟桂係開條件了。孫中山開出了五個條件：一、承認軍政府為護法各省的最高領導機構；二、承認大元帥有統率軍隊的全權；三、承認廣東督軍由廣東人選任，必要時大元帥得加以任免；四、被捕民軍代表交軍政府處理；五、廣東外交人員由政府任命。莫榮新此人確實很是高明，以柔克剛，壓根就不跟孫中山鬧騰，對這五個條件也表示理解，但是前三個表示需請示陸榮廷，後兩個改為“需由軍政府同意”，雖說實際上說了等於沒說，但姿態很好，有禮有節，沒有瞎胡鬧。事畢之後，還到大元帥府向孫中山問疾道歉，並表示願意給大元帥衛兵月餉兩萬元，並尊孫中山之意，派羅誠為廣東交涉員，且受軍政府任命。
莫榮新事情辦到這樣，再說人不厚道，那就是自己不厚道了，這事說到根上是孫中山不對——要不也不會沒人支持，但是莫榮新息事寧人，主動讓步，算是給足了孫中山麵子，大家明白道理的，想必也不會再說桂係的不是了。但是還得說孫公臉皮厚，人家都給台階了，這事也就這麼著了唄，結果孫公還開了個發布會，極言自己打得好打得對，最後還稱“這次炮擊觀音山，莫督軍既未還擊，又能接受條件，軍政府有了生路也就不必苛求了”。說半天，合著還是他占理了，如此霸道的邏輯，不服行嗎？
莫榮新這麼幹當然不是認慫，而是以退為進，撈取同情分，進一步孤立孫中山，將柔字的妙用發揮到了極致。然後，桂係就開始反擊了，既然孫中山老炸刺，當然不能聽之任之——離了你我們還不活了？在1918年1月，桂係搞了個護法各省聯合會議，目的也很明確，就是取代軍政府，當然，此議最終作罷。2月，由岑春煊挑頭，策動國民黨政學係的議員如楊永泰等人，再聯合吳景濂、諸輔成等人，倡議改組軍政府，核心問題就是以七總裁取代大元帥，這回重量級的來了，居然程璧光也同意此議。最終的結果，2月26日龍燈會，程璧光在廣州海珠碼頭遇刺。程璧光被刺一直是近代史上的謎案，做得極為幹淨，至今沒有證據表明何人所為——當然，孫中山那邊的都說桂係幹的，大家思前想後，看看程璧光跟桂係的交往史，桂係可能幹掉他嗎？這漏洞百出的說法，還真能寫到曆史裏去。當然，沒有證據，誰也脫不了幹係，但是大家仔細想想，到底誰更有動機也有這個能力滴水不漏地幹掉程璧光啊？
北方有馮國璋倡言議和，南方有岑春煊居間策劃，本來北洋係還在湖南搞了場逆襲，但因為分贓不均，直係眾將退出，和議之聲再起，於是，護法戰爭就日漸成為了直係跟桂係的友情交誼會——此事在介紹滇係時已有詳述，不再贅言。到了4月，非常國會開了個會，討論軍政府改組問題，結果，桂係議員跟政學係的一合作，60席裏占了40多席，孫中山中華革命黨的擁躉們雖然不服，但少數服從多數，決議通過，不久後選出了七總裁。孫中山雖名列其間，但隻能負責外交，自然頗是不滿，終於5月4日辭職，後於21日離穗。自此，護法運動參與方桂係跟孫中山算是徹底一拍兩散，後世評價都說桂係不地道——但是，最先不地道的又是何人呢？