甲午戰爭結束後，中國的半殖民地化和民族危機也進一步加深。1898年，光緒帝根據楊深秀、徐致靖、康有為等人的奏章和條陳，決定變法，史稱“戊戌變法”或“百日維新”。康有為利用專折奏事的特殊待遇，經常提出許多新政建議。在百日維新期間，光緒帝根據康有為等人的建議，相繼頒布了100多道改革詔令。6月上旬以前，主要集中在經濟、軍事、文教方麵的改革。6月上旬以後，新政由經濟、文教、軍事方麵延伸到政治方麵。除了湖南巡撫陳寶箴認真執行之外，別的地方督撫大多等待慈禧的表態，變法詔書不過是一紙空文。
維新派的政治製度改革觸動了以慈禧太後為首的滿洲貴族和傳統勢力的利益，守舊派開始對光緒帝率領的維新派發動反擊。光緒帝表示要重用袁世凱，袁世凱卻出賣了維新派。慈禧太後發動政變，將光緒帝囚於中南海的瀛台，而維新派的代表人物譚嗣同等6人被殺害於北京菜市口，史稱“戊戌六君子”。
13.義和團運動和八國聯軍
19世紀末爆發的義和團運動，是帝國主義侵略加深、民族矛盾空前激化的產物，也是甲午中日戰爭後，中國人民反侵略、反壓迫鬥爭的英勇表現。雖然義和團運動最終在中外反動勢力聯合絞殺下失敗，但是，中國人民所表現的愛國氣節為後人所傳頌。
義和團原名義和拳，是山東、河南、直隸一帶的民間秘密組織。義和團的主要成員是貧苦農民，還有手工業者、城市貧民、小商販和運輸工人等。平原大捷以後，義和拳改名義和團，提出“扶清滅洋”的口號。1900年夏，義和團的勢力發展到京畿地區。慈禧太後利用義和團抵抗外國侵略者，以達到同時削弱雙方實力的目的。清政府承認義和團為合法團體，義和團紛紛擁進北京、天津，北京和天津一時被義和團控製。北京東交民巷使館區一帶被義和團的支持者包圍，很多教徒和傳教士被殺，義和團猛烈圍攻外國使館和西什庫教堂。北京的外國傳教士公然組織教民對抗義和團。北京東交民巷各國使館的衛兵也不斷槍殺義和團軍民。
1900年6月，英、美、俄、日、法、德、意、奧八國侵略聯軍2000多人，由英國海軍司令西摩爾率領，從大沽經天津向北京進犯。侵略軍被義和團打得喪魂落魄，西摩爾率領殘兵敗將狼狽逃回天津。
八國聯軍從大沽登陸後，陸續開往紫竹林地區的外國租界並在此集結。7月中旬，八國聯軍攻陷天津。8月中旬，八國聯軍攻入北京。慈禧太後帶領光緒帝倉皇逃跑。在逃跑途中，慈禧太後轉而命令清軍斬殺義和團，並請求八國聯軍“助剿”。
八國聯軍侵占北京以後，燒殺搶掠。八國聯軍統帥瓦德西在給德皇的報告中承認曾特許軍隊公開搶劫三日。重要圖書、珍貴文物和國寶奇珍，遭到八國聯軍的洗劫。戶部的錢庫被日本侵略軍盜劫一空。
八國聯軍還任意淩辱擄獲的婦女。在八國聯軍進攻天津的時候，俄國出動軍警把居住在海蘭泡的中國居民押解到黑龍江邊，刀砍斧劈殺死不少人後，把幾千居民趕入波濤洶湧的黑龍江，製造了駭人聽聞的海蘭泡大慘案。俄國軍隊強占中國江東六十四屯，殘酷屠殺當地居民。
在李鴻章的主持下，中國被迫同英、法、美、俄、德、日、意、奧等國，簽訂了喪權辱國的《辛醜條約》。主要內容包括：
清政府賠款白銀4.5億兩，以海關等稅收作保；清政府保證嚴禁人民參加反帝活動；清政府拆毀大沽炮台，允許帝國主義國家派兵駐紮北京到山海關鐵路沿線要地；劃定北京東交民巷為“使館界”，允許各國駐兵保護，不準中國人居住。《辛醜條約》嚴重損害了中國的主權，自此中國完全陷入半殖民地半封建社會的深淵。