除了訓練苦外，戚家軍更要命的是他的懲罰製度嚴格。戚繼光的懲罰方式，除了犯下罪大惡極的罪過要殺頭外，其他的罪過，主要就是罰款和打板子，但規矩極其多，比如不許在軍中賭博，不許奸淫擄掠，不許泄露機密，作戰的時候，聽到號令不敢前進呢，戰後也要秋後算賬受罰，沒接到命令就擅自衝鋒的，就算立了功照樣要受罰，當然也有比較寬容的一麵，如果士兵是犯的小錯，而且又是初犯，可以免於初犯，但一旦再犯，就要加重處罰，不過有五項過錯，就算是初犯，也絕對要重罰的——賭博，奸盜，泄密，殺人，謀反。一個紀律不好的士兵，如果放在戚家軍中，就算沒死在戰場上，罰也能被罰死。
當然，為了士兵不被罰死，在選兵上，戚繼光也有嚴格的規矩，有可能被罰死的士兵，在選拔的環節裏，大多都被淘汰了：在衙門裏做過事的人不要，性格暴躁的不要，相貌油滑的不要。甚至有城市戶口的，在城裏打過工的也統統不要。戚家軍招人的時候最容易麵試通過的，是那些性格憨厚，身體強壯的農民。所以如果穿越到明朝，想要入選戚家軍，這些條件一定要牢記。
當然，僅靠嚴格的懲罰，是不足以讓戚家軍橫掃天下的，其實仔細研究一下戚家軍的製度就會發現，隻要好好幹，在戚家軍裏不但發財容易，升官也是大有希望的。
戚家軍最被後人稱道的，就是他的獎勵製度，獎金最豐厚的獎勵項目，就是戚家軍每年正月，四月，七月，十月的初二，是戚家軍搞大比武的日子，也就是所有的士兵在每年的這四天，都要接受軍事技能的考核，而且還要根據考核的成績排出名次，差的扣錢，好的獎勵，如果你能在考核中表現突出，不但可以拿到大筆的獎金，而且還能成為軍官的培養對象。更值得一提的是，每次考核中排名第一的士兵，會拿到這次考核最高的獎金：五百兩白銀，如果一個士兵，可以在每年的四次考核中全都拿到第一，那麼獲得“大滿貫”的他，總獎金高達兩千兩，按照彙率換算成人民幣，相當於今天一百二十萬快。考試考的好，在戚家軍裏混成百萬富翁絕不是神話。當然戚家軍也不止重考試，打仗的時候，如果你殺死一個敵人，就可以獎勵三十兩白銀，折合人民幣一萬八千塊。如果作戰的時候，在衝鋒命令下達後你衝鋒勇敢，也可以獲得十兩白銀的獎勵。另外每次打完仗後，繳獲的戰利品，也都折合成白銀由士兵們平分，隻要打勝仗多，獎金也就多。懲罰嚴格的戚家軍，其實發財機會多多。升官的機會也同樣多，戚繼光是極重士兵提拔的，每次戰鬥後，都要把作戰勇敢的士兵統計在冊，隻要能夠持續表現良好，很快就能獲得升遷。看看明朝中後期的將領名目就可以看到，萬曆年間的武將，由士兵身份成為將軍的人，戚家軍出身的占了很高比例。比如抗倭名將吳惟忠正是此例。
而這也正是戚家軍強大的原因，嚴明的軍紀，公平的賞罰，嚴格的管理，另外還有一條，就是堅定的信仰，戚繼光極其重視思想教育，不但把忠君思想，編成文盲都能聽得懂的歌謠，在軍營裏傳唱，同時每支部隊都設立了戰旗，戰旗上繪有不同內容的圖騰，作為軍隊的標誌，把忠君的思想，幾乎滲透進士兵的骨髓。他的這些帶兵奧妙，都寫入了他自己的軍事著作《練兵紀實》中，晚清軍事家曾國藩等人練兵時，也從中受益頗深。在明朝當時，這套新軍事製度也產生了巨大的效用，嘉靖後的隆慶，萬曆兩代，由於張居正改革實現了國家的富庶，明朝有了更多的資金來進行募兵，同時考成法的推行，增加了官場效率遏製了貪汙腐敗，因為明軍的武備也為之一振，著名的“萬曆三大征”時代，明軍可以獲得全線大捷，軍力強大正是基礎。
而在嚐到募兵的甜頭後，從明朝嘉靖年間開始，明朝募兵的比重越來越大，傳統衛所製下的士兵，越來越多的都棄之不用，尤其是北方邊防重鎮，基本都用募兵來鎮守，雖然明朝嚴格的監管體製，有效杜絕了募兵製可能造成的將領專權，但另一個問題又浮出水麵：募兵的效果打了折扣，監管過多，所選士兵的質量也就下降，除非是遇上戚繼光，俞大猷這樣的名將，否則如果攤上一般的將領，那可以說白花錢。晚明麵臨遼東後金和農民軍起義的重大壓力，募兵的比重也大為增加，可也經常出現這樣的笑話，經常是士兵招募起來，拿了賞錢後立刻一哄而散，等於是被白坑錢，之所以會有這種現象，還是因為明朝嚴格的募兵監管，與明朝政治體製的清明程度息息相關，如果遇到政治嚴重腐敗，效率極其低下的情況，募兵的結果，也基本是無用功的。因為募兵由中央派員主持，派來的如果是庸才，自然招不到好兵，募兵的錢是由國家發放，如果攤上層層克扣，最後拿到士兵手裏的杯水車薪，當然沒人買賬。即使賞錢豐厚，如果執行募兵工作的人收黑錢，招進來的全是酒囊飯袋，那花了錢等於去送死。而更大的隱患卻是，募兵越來越多，軍費開支自然越來越大，等到了國家經濟難以承受的時候，國家必然破產完蛋。明朝晚期，國家軍費開支每年高達近五百萬兩，即使如此，軍餉還經常拖欠，就算是遼東這種身負抗擊後金重任的前線，軍餉也不能保證按時發放，一般都是過幾個月補齊，像其他地方自不用說，拿不到工資的士兵，在求告無門的情況下，也隻能幹一件事——造反，最終滅亡了明王朝的李自成起義，其百萬起義軍中，相當一大部分都是原明朝軍隊的士兵，好多都是因為拿不到工資走上了造反的道路。而且隨著明朝募兵越來越多，許多募兵的軍種，其實也越發失去了效用，反而成了財政負擔，晚明也曾多次裁減軍隊，減輕負擔，但裁減的結果，也是把這些士兵，在生計無著的情況下逼上了造反的道路。親手把明朝送上死路的李自成，其本人就是被裁撤的驛卒。明朝最後的滅亡，或者可以這麼說：是被本來擔負保衛他的軍人反水，最終送上了絕路。