明朝自從文官帶兵以來，以他們這種成熟的培養體製，造就了大批戰功卓越的文官。但是明朝最終的滅亡，也和這種培養體製被破壞大有關係。萬曆中後期開始，明朝黨爭越演越烈，這種爭鬥也涉及到文官帶兵層麵，黨爭的參與者都知道，哪個派係的人擔負了軍事大權，哪個派係話語權就越大。如此一來，許多軍事才能卓越的文官，其實就成了黨爭的犧牲品，典型如萬曆晚期擔任遼東經略的熊廷弼。在努爾哈赤崛起，遼東明軍節節敗退的危急局勢下，熊廷弼臨危受命，很快為明軍穩住了戰局，可就在局麵剛有轉機時，萬曆皇帝駕崩，朝中話語權最大的派係，就是大名鼎鼎的東林黨，可偏巧戰功卓越的熊廷弼是楚黨，如此一來，熊廷弼備受攻擊，黯然去職，接替他的，是以清廉著稱，軍事常識卻堪稱白癡的袁應泰，結果不到一年，遼東局麵逆轉，重鎮沈陽淪陷，並成了後金的都城盛京。而後熊廷弼雖然再度複職，但是卻依然受到東林黨掣肘，名為遼東經略，其實毫無實權成了擺設。最終隨著遼陽淪陷，他成了魏忠賢閹黨爭權的犧牲品，被魏忠賢羅織罪名殺害，並借機大肆捕殺東林黨。正是這種已經嚴重扭曲的黨爭，才使得晚明大批毫無軍事才能的文官，靠著派係的佑護執掌方麵大權，並很快丟盔棄甲。
而明朝文官帶兵體係，在晚明遭到了另一個重創，就是文官帶兵本身這個“三位一體”模式的被破壞，這個相互製衡的體係，在打仗的時候，是一個自身獨立的係統，必須保證獨立的運轉，才能發揮最大效用。這點上連三十年不上朝的明神宗都是明白人，明神宗一輩子幹了很多荒唐事，但惟獨沒幹過的，就是幹涉前線軍事主官的自主權。明神宗執政時期的幾位名將，包括打抗倭援朝戰爭的李如鬆，平定扯立克叛亂的鄭洛，甚至經略遼東的熊廷弼，在統兵打仗期間，遭受的非議都頗多，每一個作戰計劃甚至每一場戰鬥，都會招來外界撲天口水。而明神宗的作法卻是力挺，不管外人怎麼說，隻要認定的將領，就給予百分百支持。比如對熊廷弼，外界罵熊廷弼的奏折，他都留中不發，而熊廷弼更被授予密折專奏權，他的每一分奏報，素來以懶惰著稱的明神宗，都親自批閱並回複。正是這種推心置腹的信任，才成就了這些將領的成功。萬曆之前，明朝曆次戰爭雖然也多是文官帶兵，各部門相互掣肘，但在相互製約中，通過給予專征文官統一的事權，還能保證權責統一。而到了晚明，這種指揮方式的權力分配本身，也遭受影響，經常在重大戰爭中，碰到自己軍隊到底誰說了算的問題，熊廷弼的悲劇就是其中之一，身為遼東經略，卻毫無實權，聽憑巡撫王化貞瞎搞，最終葬送戰局，並一起陪綁。等到崇禎滅了魏忠賢後，這種局麵不但沒有改變，反而越演越烈，猜忌心極重的崇禎根本不相信任何人，放在具體戰爭中，就是他不會給任何人絕對統一的事權，反而樂得聽憑下屬臣子相互爭鬥爭權。正是這種猜忌，令明朝軍隊在戰場上付出了慘重代價。比如清朝修《明史》中公認的第一抗清名將孫承宗，《明史》中認為，如果明朝絕對信任孫承宗，也許他不能恢複遼東，但守住明朝現有國土，是絕對沒有問題的，這是一個來自敵人的至高評價。可得到至高評價的孫承宗，並未得到至高的信任，他接替袁崇煥回任遼東經略後，立刻碰上了後金皇太極發動的大淩河之戰，此戰中後金軍以重兵圍困大淩河，危急局麵下，孫承宗決心救援，然而當時他的精銳部隊，都被崇禎調入了關內，而他的直接下屬遼東巡撫邱禾嘉，更仗著崇禎的寵信不服調度，甚至在作戰方略上和孫承宗頂牛，眼看後金已經把大淩河圍的像鐵桶般，救援的最佳時機早就錯過，遼東的第一和第二號軍事首腦，卻還在為救還是不救扯皮，最終大淩河淪陷，孫承宗丟官，明朝，也因此失去了最富將略的遼東統帥。而這樣的悲劇也不止一例。崇禎年間以重創農民軍而著稱的盧象升，在皇太極率清軍圍北京時受命救援，被任命統帥全國援軍，可他又開罪於宦官高起潛。結果他名為統帥，卻被高起潛暗中使壞，辦事處處掣肘搞鬼，而打了敗仗的黑鍋卻由他背，最後他名為統帥，卻其實隻能統帥了五千人駐守巨鹿，清軍攻打巨鹿時，他率領五千孤軍浴血奮戰，最終壯烈殉國，而在他身邊，數萬明朝精銳部隊在高起潛的指揮下按兵不動，眼睜睜的看著統帥殉難。他的死，不但讓明朝失去了一位卓越的軍事家，更讓明朝的大對頭李自成，少了最恐懼的克星。而按照明朝“三位一體”的指揮模式，身為統帥的他應該有絕對的實權，這種悲劇本不該發生。然而在崇禎年間，這種悲劇先發生在他身上，後來又發生在另一位名將孫傳庭身上，最後又發生在寧錦之戰的洪承疇身上，三位最卓越的文官統帥，兩個殉難一個投降清朝，明朝最後挽救滅亡的機會就這樣喪失，而直接製造了悲劇的崇禎，也最終隨著北京城破，在煤山上了結了自己苦命而困惑的一生。