由孫文圈定的革命委員會，迅即在黃埔軍校成立，接管政權。革命委員會的六名成員，包括許崇智、蔣介石、汪精衛、廖仲愷、陳友仁和譚平山，孫文自任會長，鮑羅廷為顧問。11日，孫文致電胡漢民：“請立即宣布戒嚴，並將政府全權付托於革命委員會，以對付此非常之變，由之便宜行事以戡亂，則小醜不足平也。”
10月13日淩晨，1500名警衛軍乘坐20輛鐵甲車，迅速向省城挺進；東江前線的軍隊也調回省城。14日，胡漢民以大本營總參議的身份，代理革命委員會會長，下令解散商團。警衛軍、工團軍、農民自衛軍、飛機隊、甲車隊、兵工廠衛隊、陸軍講武學校、滇軍幹部學校，統歸蔣介石指揮。
關於軍隊鎮壓的消息，已在坊間哄傳，謠言如浮雲，蔽日不使照，廣州成了一座危疑震懼之城。孫文致電家鄉香山縣縣長：“如有煽動罷市之人，即行槍決；罷市之店即行充公，切勿姑息為要。” 這天，商團代表往見廖仲愷，力言廣州若有戰事，損失必然慘重。廖仲愷厲聲嗬斥：“廣州剩回二成人已夠！” ③
空氣裏，已是殺氣騰騰，血腥彌漫。10月15日淩晨，夕景欲沉，曉霧將合，城市尚在酣睡之中。參與鎮壓的軍隊，都已荷槍實彈，各就各位。胡漢民因怕殃及池魚，早早在寓所門外，掛起了日本太陽旗，此刻正在微風中緩緩飄揚。街道上一片死寂。
4時，隻聽民團統率長李福林一聲令下，李福林的福軍、吳鐵城的警衛軍和許崇智的粵軍，兵分三路，攻入西關。一時炮聲隆隆，彈如雨下。理發工人在軍隊掩護下，沿街縱火。西關的民居，多屬磚木結構的騎樓，瞬間便火燒連營，整條街、整條街陷入火海。廣州的天空被染成一片血紅。天亮時，八麵威風的商團軍，已如雪逢湯，頃刻消融。軍隊在廣州商業最繁榮的槳欄路、楊巷、西堤二馬路、十七甫、第四甫、上九甫、太平路、龍津路一帶大肆焚掠。
大火從10月15日，直燒到17日才熄滅。西門口石街、第六甫、第八甫水腳、故衣街、裝帽街、普濟橋、回瀾橋、戲院前（東西從水塔腳至快活亭，南北從長壽新街至明聲裏）、西濠口一帶商鋪，被完全焚毀。第二甫宜民市、第六甫、錦榮裏、上九甫、槳欄街、同興街等處，亦受波及，焚毀泰半。總計大小街道約三十多條被焚，一千多商戶被洗劫，損失約五千萬港元以上。死傷人數約兩千人，大部分是非官非商的無辜市民，然距廖仲愷所說死八成人，相差尚遠。以上僅為官方公布的數字，實際損失，恐怕遠遠不止此數。
10月15日，孫文連下數令，凡加入商團者，為首者沒收財產，附從者處以罰金，由數百至萬元，作北伐軍費。“必將商團店戶、貨物、財產，悉行充公”。10月16日，孫文再下令沒收西濠口大新公司充公。
後來，有記者問孫文，是否下過火燒西關的命令，孫文幹脆地回答說，的確下過。因為商團多次拒絕服從政府，“這就有必要燒一下以摧毀他們的抵抗”。
一場轟轟烈烈的官商博弈，不能為中國民主製度開一新篇章，卻落得如此收場，真出乎時人的意料之外，亦出乎後人的意料之外。麵對著頹垣敗壁，觸目淒涼的家園，曆史學家，縱有風雷老將之心，也覺無詞說斷腸了。
商團的武器，最後大部分如願落到了黃埔軍校的手裏。蔣介石說：“黃埔軍校就利用這批槍械，成立了一個教導團。” ③這個教導團，後來在戰場上，發揮了大作用。
經此一役，作為中產階級第一梯隊的粵商，元氣大傷，社團被徹底瓦解，大量財產被充公，從社會主流地位被逐到社會邊緣，成為大革命時代被打倒的第一批人——地主、工廠資本家還排在他們後麵——政治上從此一蹶不振。
商團事件，為接踵而來的暴風驟雨般的群眾運動，做好了預演和鋪墊。
“泥腿子”們站起來
孫文一生對群眾運動都沒有什麼興趣。在漫長的反清革命中，他基本上是依靠少數人的冒險，暴動，失敗，再暴動，再失敗，直至勝利。在民國時代，也隻對軍隊感興趣，有槍才有地盤，有地盤才有本錢。雖然“以俄為師”之後，經過蘇聯人的不斷灌輸，他也開始把“扶助農工”作為一項政策，要求國民黨去關注了，但他自己卻仍然一門心思隻關注軍事。
孫文的土地政策，從同盟會時代定下的“平均地權”，終其一生迄無改變。廣東沒有大地主，都是小地主。人民分為士農工商四大界別，幾乎都有小地主背景，因此，他們都是人民成員，並非對敵立的階級。
怎樣才能平均地權呢？在國家方麵，可以根據地價抽重稅，或付款贖買土地，以此調節土地的占有與使用；在農民方麵，組織起來，以自身力量維護自身的利益。最終實現“讓農民可以得利益，地主不受損失”的雙贏結局。
但在鮑羅廷的字典裏，沒有雙贏這個詞，隻有“我贏”。在他看來，孫文的土地政策過於保守，屬右派觀點。鮑羅廷給出的定義，“凡是讚成解決土地問題的，都是左派。” 左派解決土地問題的方法很幹脆，就是直接剝奪地主土地，建立國家的土地儲備，分配給無地農民。