門閥士族憑借政治、經濟特權，把握朝政，獨享高官厚祿，排斥寒門庶族，甚至欲分享皇權，這就加劇了士族與庶族、皇權的矛盾，這也是魏晉南北朝時期社會動蕩不安的原因。這些大族們憑借門第，平步青雲，他們無需才能與作為，很快便步入權力中樞。他們胡作非為，無所事事，隻關心家族利益和爭權奪勢，對治理國家淡漠處之。這就使掌握朝政的統治集團迅速腐化、墮落，成為一個特權的寄生階層。經濟上，門閥大族的瘋狂掠奪土地和人口，使得大批自耕農破產，成為門閥世族的各類依附人口，從而形成一種自給自足的以宗族鄉裏為紐帶的世族豪強集團。他們不僅擁有強大的經濟實力，而且還擁有私人武裝，形成一個個小範圍的地方割據勢力，與中央統一政權相抗衡，這也是西晉政權迅速四分五裂及以後長期分裂割據的重要原因。
晉武帝一麵放縱門閥士族，一麵又擔心司馬氏政權被異姓所篡奪，便錯誤地大批分封同姓宗室王，並且不斷擴大宗室諸王的經濟、軍事權力。這些宗室王如同一顆顆定時炸彈，隨時都可能將西晉王朝化為灰燼。這些宗室王血管中流淌的都是司馬氏之血，隻要有機遇，他們都可能成為九五至尊，過把皇帝癮。所以，他們都瞪圓雙眼，盯視著皇位。
公元290年（太熙元年），晉武帝終因荒淫過度，成了風流之鬼。然而，他卻把無窮的禍患留給了後代。當時朝廷所麵臨的局麵是癡君、悍後，諸侯王虎視眈眈，各種矛盾猶如一座火山，隨時都可能爆發。就在晉武帝屍骨未寒時，便由外戚黨爭引發了曆史上規模最大、曆時最長的統治階級內部皇權爭奪戰——“八王之亂”。這場戰爭長達十六年之久，戰場遍及洛陽、長安及黃河南北。其人口死亡之多，破壞性之強，是曆史上所罕見的。從三國以來逐漸恢複的北方經濟再次被摧毀殆盡，無論是城市還是鄉村，老百姓都無法生存下去。他們或死於戰亂，或死於饑餓，殘存下的人也隻好背井離鄉，到南方討條活路。所以，形成西晉末年流民狂潮。
八王之亂給西晉王朝以致命打擊，它在內耗中走向自我毀滅，很快便結束了它年輕的生命。由於統治階級內部的相互廝殺，自壞藩籬，失去了對早已遷入中原地區少數民族的控製能力，胡族軍事貴族乘機揭竿而起，稱孤道寡，形成一個個胡族軍事貴族的割據政權。匈奴族軍事貴族劉淵首舉大旗，建立匈奴漢國。胡族軍事貴族的鐵騎踏碎了西晉王朝的宗廟和神器，使西晉王朝成為曆史。存活下的司馬氏宗室及門閥大族們紛紛避難南逃，在江左建立起偏安政權——東晉。北方成為少數民族的天下，北方的曆史進入了一個新的時期，即五胡十六國時期。
十六國時期長達一百二十年，其民族不隻是匈奴、鮮卑、羯、氐、羌五個，政權也不隻十六個。其間隻有氐人的前秦政權曇花一現地建立過統一國家，絕大部分時間北方都處於混戰狀態。從西晉末年至南北朝時期，是繼春秋戰國之後，中國曆史上第二次大分裂時期，亦是繼春秋戰國之後第二次民族大融合時期。在這時期，許多少數民族離開原來居住地，進入漢族文化發達地區。他們紛紛登上曆史大舞台，建立起自己的民族政權，並且在雜居、混戰中完成了各個民族的封建化和漢化，融入漢民族大家庭之中。這是那一時代的主旋律，也是那個動蕩時代的曙光和希望。
西晉滅亡後，司馬睿在琅玡王氏的支持下，在建康建立起僑寓的偏安政權，即東晉。東晉是西晉政權的繼續，是以北方大族為主體，南北大族的聯合政權。因北方大族有翼助之功，在政權中占主導地位。無論北方大族，還是南方巨姓，在東晉政權中都得到了充分的發展，門閥政治成為東晉政權的政治特色。門閥士族的權限發展到了頂峰，出現了所謂的“王與馬，共天下”的局麵。司馬氏表麵上仍為天下之主，實際上政權已由司馬氏獨攬轉變為司馬氏與門閥大族共有，並隨時間推移，門閥世族的權限大於皇權，淩駕於皇權之上。終東晉一朝，琅玡王氏、潁川庾氏、譙國桓氏、陳郡謝氏這些北方大族輪流坐莊，執掌朝政。這種現象一直和東晉王朝相終始，這在中國古代是極為罕見的曆史現象。
北南大族共同支撐的東晉政權從建立之日起，就在盤根錯節的矛盾包圍之下，小心翼翼地生息殘喘。從外部來看，與它僅有一水之隔的北方胡族政權虎視眈眈，不斷擾其北邊，時刻準備將鐵蹄踏到江南，民族矛盾成為當時社會的主要矛盾。這就使當政者迫於形勢，不得不分出部分精力做好防範，或反擊，甚至出師北伐，出現了從祖逖到桓溫及劉裕的多次不同目的的北伐和保衛江南的淝水之戰。在政權內部，由於政治權力與經濟利益分配不公，各種勢力的矛盾鬥爭十分激烈，如南北大族間的矛盾、大族與皇權間的矛盾、北方大族渡江先後間的矛盾、士族與庶族間的矛盾等等。諸種矛盾此起彼伏，先後出現過江南大族周氏叛亂，北方大族王敦、桓玄叛亂，及庶族出身的蘇峻叛亂等，貫穿於東晉王朝的始終。處於權力峰巔的門閥大族成為曆次鬥爭的對象和中心，他們的勢力在內耗中消損，不論是北方大姓王、庾、桓、謝，還是南方大族周、沈，都在一次次戰亂中受到衝擊，使他們逐步退出曆史舞台。門閥士族亦喪失昔日獨攬朝政之輝煌，隨著東晉政權的衰亡，走向衰落，寒門素族開始崛起。