內憂外患使清王朝處於生死存亡的時刻。為了自身的存在和發展，晚清統治集團不能不正視現實、痛定思痛，尋求新對策。對外，不惜以最大代價盡快結束戰爭，換取暫時的和平。麵對殘暴的侵略者，晚清統治集團深感無力抗衡，不得不屈從於列強的無理要求，不惜出賣大量權益進行妥協，迅速簽訂《北京條約》，以此為代價換取了中外關係的暫時緩和，使清王朝得到喘息。對內，盡可能維護和加強封建君主專製體製，維係封建統治集團內部的關係，鞏固和加強國家機器的統治，由此導致了晚清政局的變化。
（一）總理衙門的建立
鴉片戰爭前，清政府認為同外國關係僅是“理藩而已，無所謂外交也”。外國使臣來華，都由理藩院或禮部接待。鴉片戰爭後，由兩廣總督專辦與歐美國家的交涉，並賜予欽差大臣頭銜，稱為“五口通商大臣”。《天津條約》和《北京條約》相繼簽訂後，各國相繼在中國設立使館、派駐使節。他們為控製清政府，不願意以“蠻夷”的身份同帶有封建衙門習氣的清政府的外交機構“理藩院”打交道，同時認為地方總督無權處理涉外事務，多次要求建立專門機構。而清政府與英、法等國簽訂《北京條約》後，對外交涉事務增多。恭親王奕、大學士桂良、戶部左侍郎文祥等聯名奏請在京師設立總理各國事務衙門，接管以往禮部和理藩院所執掌的對外事務。1861年1月20日鹹豐帝批準成立總理各國事務衙門，簡稱“總理衙門”。
總理衙門是清政府為辦洋務及外交事務而特設的中央機構。由親王或軍機大臣統領，並按軍機處體例，設大臣、章京兩級職官。總理衙門剛設立時，奕、桂良、文祥三人為大臣，此後人數略有增加，從七八人至十多人不等，其中奕任職時間長達28年之久。總理衙門主管外交、通商及其他洋務事宜，它下設英國、法國、俄國、美國、海防五股，同文館和海關總稅務司署是其附屬機構。還管轄南洋通商大臣和北洋通商大臣，選派出國公使等，也有自己的銀庫。其中，英國股主辦與英國、奧地利兩國交涉事務，兼辦各口通商及各關稅事務等事；法國股主辦與法國、荷蘭、西班牙、巴西四國交涉事務，兼辦管理保護教民及招用華工等事；俄國股主辦與俄國、日本兩國交涉事務，兼辦陸路通商、邊防疆界、外交禮儀、本衙門官員的考試任免、經費開支等事；美國股主辦與美國、德國、秘魯、意大利、瑞典、挪威、比利時、丹麥、葡萄牙交涉事務，兼管海防設埔、保護華工等事；海防股主辦南北洋海防，包括長江水師 、北洋海軍、沿海炮台、船廠以及購置輪船、槍械、製造機器和置辦電線、鐵路、礦務等事。中日甲午戰爭後改名日本股。總理衙門最初主持外交與通商事務，後來涉及外交及與外國有關的財政、關稅、軍事、教育、礦務、交通、郵電、同文館等，無不歸該衙門管轄。總理衙門存在了40年，直到公元1901年光緒（二十七年），據清政府與列強簽訂的《辛醜條約》規定，總理衙門改為外務部，但在六部中地位仍是最高的。
總理衙門記錄了19世紀末日薄西山的大清帝國與歐美各列強進行外交周旋的全部過程。特別是改名為外交部後，其具體職責基本相同，但已經成為晚清政府最重要的決策機構之一。在總理衙門之下，分設北洋、南洋通商大臣，南北洋大臣為專職，在業務上是相對獨立的，與總理衙門的關係是平行的，兼辦海防和其他洋務。在遇到疑難問題時，可與總理衙門協商，由總理衙門備顧問並代奏朝廷。隨後，正式成立總稅司署，由英國人李泰國為總稅務司。總稅務司掌管了中國海關的業務和人事大權。1863年李泰國離任回國，由英人赫德繼任達40多年。從某種程度上講，總理衙門的成立是洋務運動開始的更重要標誌。此後，列強從自身利益出發，改變對華策略，由“打”變“拉”——有的饋贈洋槍洋炮，有的願派教官幫助訓練清軍，有的甚至要主動出師幫助清廷剿殺太平軍，企圖用各種手段扶持這個搖搖欲墜的反動政權以使剛剛簽訂的條約盡快得到兌現。清王朝則批準由奕代表總理衙門提出的“外敦信睦而隱示羈縻”的方針，力圖“以和好為權宜，戰守為實事”，利用暫時和緩的國際環境加強抵禦外侮的力量。