當時，刺史除參與地方郡縣種種事務外，另一最為突出的表現是，此時刺史已成為地方武裝的主要官員，並且帶有相當數量的州郡兵。在除割據，保邊陲，平內叛，捕賊盜的戰鬥中發揮了主力軍的作用。
除割據，保邊陲。西漢末綠林赤眉起義失敗後，先後出現了十餘支軍閥割據一方，不服從劉秀政權。麵對這種狀況，劉秀首先借用西漢末王莽以各州牧將兵鎮壓農民起義的辦法，使各州牧都成為擁有較大實力的武裝集團，再利用這些州牧為東漢政權統一全國掃除割據。如郭亻及“王莽時為上穀大尹，遷並州牧……世祖即位，拜雍州牧……光武建武十一年（35年），省朔方刺史屬並州。帝以盧芳據北土，乃調亻及為並州牧……是時朝廷多舉亻及可為大司空，帝以並部尚有盧芳之儆，且匈奴未安，欲使久於其事，故不召”。其餘如朱浮，光武拜其為大將軍、幽州牧，“守薊城，遂討定北邊。”岑彭，建武十一年（35年），與吳漢等伐蜀……“詔彭守益州牧，所下郡，輒行太守事”。
平內叛，捕盜賊。東漢王朝建立之後，曆時十二年統一全國。但統一不久，在少數民族地區先後發生了接連不斷的反叛。以南蠻西南夷為例，最早是建武十六年（40年），在交？所發生的“二征王”叛亂，與這個叛亂相呼應的是日南、九真、合浦諸蠻叛亂。東漢政府曆時三年方才平息。之後，曆和、安、順、桓、靈諸帝，交？地區又發生了六次反叛。在南蠻所居住的今湖南、湖北地區，自建武二十三年（47年）開始，武陵蠻精夫相單程首先反漢，直到靈帝時期，氵婁中、澧中、長沙、零陵諸蠻共有十二次反漢。在西南地區的夷人，自建武十八年（42年）西南夷渠帥棟蠶諸種反叛開始，整個巴郡、南郡、板螲、哀牢邛都，？都諸夷，群起反漢的叛亂共有十八起。這就是說，整個後漢一朝，在南蠻和西南夷地區，共有三十六次少數民族叛亂。在平息這些叛亂中，州刺史都發揮了重大的作用。順帝永和二年（137年），“日南、象林徼外蠻夷區憐等數千人攻象林縣，燒城寺，殺長吏，交？刺史樊演發交？、九真二郡兵萬餘人救之，兵士憚遠役，遂反”。因而叛勢轉熾。朝議遣將發荊、揚、兗、豫等州四萬人赴征。當時大將軍從事中郎李固，力排眾議，堅持靠州刺史消彌叛亂。後哀帝拜前並州刺史祝良為九真太守，張喬為交？刺史。“喬至，開示慰誘，並皆降散。”順帝建康元年（144年），日南蠻夷千餘人複攻燒縣邑，煽動九真，勢相連接。“交？刺史九江夏方開恩招誘，賊皆降服。”桓帝延熹三年（160年），詔複拜夏方為交？刺史。方威惠素著，日南宿賊聞之，二萬餘人相率詣方降。同年冬，武陵蠻六千人寇江陵，荊州刺史劉度，謁者馬睦，南郡太守李肅皆奔走。“於是以右校令度尚為荊州刺史，討長沙賊，平之……至靈帝中平三年（186年），武陵蠻複叛，寇郡界，州郡擊破之。”