五大寺中以福國寺建立最早，該寺為土司木氏所建，寺中現存碑文《麗江府芝山福國禪林紀勝記》敘寺之沿革雲：
……雪山自西綿亙，層出疊拱而秀異特鍾者芝山也。當山之腹，孕為勝地，延長數裏，鬆陰千重，盤桓夾崖，是為解脫林。林中梵刹’名樓飛觀，繪椽薄櫨金碧輝映者為福國寺。寺舊名安樂，因隱公為太淑人遣使詣闕，以請龍藏’天子嘉其孝也，禦賜今額。隱公為誰累晉中大夫致仕參政木侯諱增號生白是也。
由此可見，福國寺遠在木增時期（1587—1646）以前即已存在。又該寺現存雍正十三年（1735年）造的“麗江各寺觀田地頃畝清冊”，冊中記載福國寺最早一項寺產置於嘉靖四十一年（1562年），該寺之建當不晚於是年。大概福國寺原糸木氏之家廟，後來才改為喇嘛寺的。該寺不僅建立最早，且規模亦最大，最盛時喇嘛達兩百人。
指雲寺的建立年代亦較早，光緒《麗江府誌》記載：
指雲寺……雍正五年（1727年），知府元展成捐助喇嘛僧立相等募建。
然上述“麗江各寺觀田地頃畝清冊”有雲：
康熙四十九年（1710年）九月十六日住持僧立相募置常住田壹分……
可見該寺之建不始於雍正五年，誌書記載不確。該寺的建寺曆史據雲是這樣：某年西藏的大寶法王來麗江倡議修一喇嘛寺，手指山後白雲深處曰：“在此可以建寺。”於是，就建立了指雲寺指雲”兩字即因此而得名。該寺創建者名羅僧，麗江喇嘛寺曆史上著名的喇嘛。
五大寺中其他三個寺都是後來由福國寺、指雲寺中劃分出來的。由福國寺分出了玉峰寺，由指雲寺分出了文峰寺和普濟寺。
玉峰寺建自康熙年間（見光緒《麗江府誌》），原亦為木氏所修，後毀於戰爭，乾隆年間又重修。該寺現存乾隆二十一年（1756年）建寺執照對此事言之甚詳：
麗江白沙有雪山，為一郡之來龍，從前土府培植風水，建有玉峰寺於雪（山）之右麓，繼因兵燹，迨後父老……久懷興複之切念。查有喇嘛明菊魯一僧，戒行清潔，原為福國寺首座，眾僧師表，今緣足疾退辭，眾等招徒央伊在寺住持……
據此明菊魯原為福國寺喇嘛，後另組玉峰寺。大概這就是玉峰寺由福國寺分出之由來。
文峰寺建於乾隆四年（1739年），建寺之執照亦有保存。其文有雲：
查此山原古刹傾環，乾麽四年二月有西藏喇嘛到寺，懇請本府倡修，工程浩大，急難完峻。茲據該僧稟請給照，以便掌管。右牌給喇嘛僧明具準此。
可見創建者名明具。此寺是在來自西藏之紅教領袖倡議下修建的。
普濟寺為乾隆三十六年建立，事見《麗江府誌》。傳說該寺活佛為指雲寺羅僧之侄兒轉化，可見普濟、指雲兩寺關係之密切。
到了清道光三年（1823年），在來自西藏的一位法王倡議——下修了“靜坐堂”（又名“安樂吉祥林”），位於文筆峰之巔。此寺供滇西北十三大寺所有喇嘛“靜坐”之用，它不屬於那一個寺，本身也不算一個獨立的寺院，由五大寺共同管理。
（二）喇嘛的等級、職位和來源
五大寺內部組織是一致的。喇嘛中有不同的等級，並設有各種職位。茲綜述如下：