太平天國的內訌當然是此後太平軍失敗和曾國藩成功的一個決定原因，但太平軍後期的陳玉成、李秀成兩個健將，並未使曾國藩得到順利的成功。一八五九年十一月減豐九年十月）曾國藩定四路攻安黴計劃，曾國藩、曾國荃任第一路攻安慶。太平軍安黴主將陳玉成驍勇善戰，聯絡撚軍，一八五八年十一月（鹹豐八年十月），三河鎮大戰，玉成擊斃李續賓、曾國華，羅澤南舊部全軍殲滅，曾國藩畏懼陳玉成，出全力對抗，才能支持。一八六〇年五月（鹹豐十年閏三月），李秀成、陳玉成合攻江南大營，和春、張國梁敗死，大營潰散。秀成軍攻取蘇州，直入浙江境。滿清朝廷感到生命危險，發生空前所未有的慌亂，第一次給曾國藩地方政權，叫他署兩江總督，帶兵親往援救，“保全東南大局”江南大營（向榮自廣西率綠營兵尾隨太平軍到南京，駐兵孝陵衛，號江南大營）統帥向榮死後，即用旗人和春為統帥。照鹹豐帝的看法，滿洲統帥與漢人曾國藩對立，綠營兵與湘勇對立，湘軍在外圍戰勝太平軍，滿洲統帥就近取南京居首功，可以保持滿洲統治者的威信。大營潰散，鹹豐帝的計劃失敗了，曾國藩取得兩江總督，表示湘軍勢力大進了一步。不過曾國藩並未應命赴援，他認為安慶城圍一撤，全局敗壞，不可收拾，堅決不離開安黴。當時滿清的形勢確是異常危急，江浙迫於李秀成，鄂豫皖困於陳玉成、張洛行，江西又為李世賢、黃文金所攻入，這種局麵，迫使曾國藩也不得不壓抑一下曾係湘軍獨占戰功的思想，保薦左宗棠幫辦軍務，當自己的助手（實際是胡林翼保薦，鹹豐帝重用左，分曾軍權），保薦沈葆楨(林則徐女婿，不滿意穆彰阿派的曾國藩)守江西，保薦李鴻章辦淮軍。他對李鴻章特別重視，說“該員勁氣內斂，才大心細”，挑選長江水師打仗得力的將弁，交李鴻章使用，從此出現了左係湘軍和李係淮軍。
正在這時，又發生了一件震動全國的大事，使滿清的統治更見危急，也使曾國藩的毫無民族立場的漢奸本質更見發展。這就是英法聯軍之占天津、攻北京，直接威脅到清室與整個中國的生存。照常理說，這是滿清立國以來的空前巨變，忠於皇室、忠於聖道的曾國藩應該火速去抵抗了，但是事實卻完全相反。曾國藩仍舊堅持他的軍事計劃，自己專攻安慶，江西交給左宗棠，準備從江西入浙江，對英法侵略者方麵則預定投降、喪辱，悉所不計。他在《湊複勝保請飛召外援折》裏說：“俟該夷就撫。”勝保的所謂外援自然是指湘軍，但這個外援這時卻不是鹹豐帝的外援，而是英法的內應了！形式上他是說要英法就鹹豐帝之撫，但這顯然隻是要鹹豐帝就英法之撫的阿Q式的說法罷了！當時鹹豐帝調湘軍上諭說：“情形萬分危急，勿得藉詞延宕，坐視君國之急。曾國藩卻拒絕調兵，直截提出“撫”的辦法。他知道對英法侵略者接仗，隻能喪失兵力，破壞反革命的內戰計劃，不如投降妥協較為便宜。滿清昏聵賣國，曾國藩精明賣國，他的才幹勝任反革命的內戰首魁，因之他也勝任賣國能手。
當英法反動派聯合的軍隊火燒圓明園，鹹豐帝逃往熱河，清政府訂城下之盟《北京條約》的時候，曾國藩正在江西、安黴埋頭作反革命的內戰，連打敗仗。中、英、法和議成功，法國、俄國的反動派要求出兵助攻太平軍，美國反動派要求從海道運漕米到天津，曾國藩讚成“目前資夷力以助剿濟運，得紓一時之憂”。法國剛把他的“皇上”驅逐出北京，還不曾回來，也要“獎而允之，許其來助”以反對太平天國（《複陳洋人助剿及采米運律折》）。他的頭腦裏，確是除了反對革命的人民以外，再沒有別的思想。《北京條約》後，英法與滿清的勾結進了一步。一八六一年六月減豐十一年五月），幫助滿清的英人赫德⑩（管理中國海關）建議進口鴉片每箱加課新稅，用稅款買外國小火輪及槍炮，法國也願出賣槍炮並派人傳授製造法，鹹豐帝很滿意，征詢曾國藩意見。曾國藩完全讚成，認為“我皇上聖慮周詳，安內攘外之至意”（《複陳購買外洋船炮折》）。他要求鹹豐帝訂購洋船未到前，馬上先撥給兩隻從美國租來的破舊輪船使用。在利用外國人力物力以屠殺人民時，曾國藩就全然不管什麼中國文明與外國文明的界限了，相反地，把外國侵略者當作救命王，把本國人民當作唯一的仇敵，假“安內攘外”之名，行“安內讓外”之實，假尊孔複古之名，行亡國滅種之實，這正是曾國藩傳給後來統治階級的“不朽”衣缽！
三戰勝太平軍（一八六一年——一八六四年）
鹹豐帝死去後，西太後當權。她知道要滅太平軍必須依仗曾國藩，又知道曾國藩是一個十足可靠的大奴才。她大膽交給他兩江總督節製江蘇、安黴、江西、浙江四省的大權減豐十一年十月）。他獲得漢員空前未有的信任和權力，在這一時期中，高度發揮了他的反革命才能，尤其在對外關係上，他善於把封建勢力與外國侵略勢力相配合，依賴外國來取得反革命內戰的勝利。