透過窗戶，裏爾企業家比戈先生在自己的辦公室裏看院中工作人員卸貨。比戈先生看到卸貨工作大體結束，正準備下班回家，這時，工廠守門人通過傳聲筒告訴他，巴斯德先生應邀前來，正在會客室等他。
裏爾會客室裏，一名差役已經點燃了球形煤氣燈，暗綠色的微光使處在幽暗中的笨重家具顯得輪廓分明，那些銅飾品和整齊擺放在餐具櫥上的獎杯、獎牌在熠熠閃光，它們是比戈釀酒廠半個世紀以來獲得榮譽的見證。比戈先生在這間會客室裏，專門向巴斯德請教甜菜根製取酒精的問題，並聘請巴斯德擔任工廠的科學顧問。他向巴斯德提供一間裝有先進顯微鏡的實驗室，供巴斯德研究使用。
實驗室是一座光線明亮的玻璃房，在一座四層樓上。在房內的實驗桌上，放著一台德國造的顯微鏡，一個條狀玻璃板下封著幾個小瓶子，分別裝著釀酒各階段中提取出來的樣品。比戈父子曾經企圖找到使甜菜酒變質的原因，阻止由於發酵引起的糖分和酒精在正常情況下的分離，然而他們的嚐試沒有成功。
釀酒業是裏爾地區的主要產業，比戈的工廠生產的香檳酒更馳名歐洲。然而各個酒廠經常發生莫名其妙的事：本來香醇芬芳的葡萄酒、啤酒突然變酸，不能飲用，工廠因此蒙受巨大的損失，酒廠老板一致推舉巴斯德來解決這一難題。
從此，每個星期有好幾次可以見到一位戴著夾鼻眼鏡，穿著白色羊毛護身大褂的先生出入於比戈工廠的車間。這位先生十分細心地了解從原料洗滌機開始，經過切割機切製，最後將甜汁送入神秘的發酵罐中進行發酵的釀酒全過程。他一會兒走到這兒，一會跑到那邊，不時地抽取酒樣品，然後把酒樣倒進幾隻貼著標簽的小瓶裏，再把這些小瓶交給小比戈。
了解了釀酒的全過程，提取了需要的酒樣品，巴斯德先生便一頭紮進實驗室裏去了。他用顯微鏡觀察各種過程中的酒，特別是把變酸的酒和未變酸的酒進行反複的比較，最後發現了問題。
巴斯德發現，當發酵正常時，酵母菌是圓的，但是發酵異常時，酵母菌就變長了。酒變質時，會發覺小球體消失了，出現了一些杆狀體，巴斯德把這種導致酒變酸的細菌叫做乳酸杆菌，並斷定酒變酸是乳酸杆菌汙染的結果。
酵母菌讓酒變酸的真凶找到了，那麼怎麼消滅這個凶手呢？巴斯德為此發明了加熱滅菌法。巴斯德告訴比戈和酒廠老板們，必須對剛釀好的酒緩緩加熱到55℃，隻有這樣才能殺死酒中的乳酸杆菌，然後塞緊瓶塞，保證酒不再變質發酸。“巴斯德消毒法”使比戈及裏爾的釀酒業消滅了“意外事故”，釀酒的成本大大降低。
在解決了酒變酸的問題之後，巴斯德又應蠶農們的要求解決了養蠶業的蠶病問題。
不斷的成功讓巴斯德成為了一位聞名遐邇的大化學家，但巴斯德前進的腳步並未停止，他仍然在思考著其他問題。巴斯德由酒變酸和蠶病都是微生物所致聯想到，威脅著千百萬人生命的狂犬病、斑疹傷寒、霍亂、黃熱病以及禽畜的瘟疫等可能也是細菌等微生物作祟的結果。巴斯德把研究細菌致人生病作為自己的研究目標，然而，真正促使他走上為人體治療疾病的道路的是他終生難忘的那兩件事情，這兩件事情改變了巴斯德的一生。
在阿萊斯治療蠶病的某天夜裏，一個種葡萄的人敲響他的家門，正打算就寢的巴斯德在磚石鋪地的前廳接待了他。
巴斯德治好的病蠶“我的女兒病了，而且病得很嚴重。巴斯德先生，您能不能去看她一下？”
“可我並不是醫生啊！”
“等我去城裏請到醫生，我的女兒大約要死了，她喘得厲害……”
“先生，我沒有權力給您的孩子治病，因為我隻是一名化學家。”
“您不是治好了我們的病蠶嗎？”
由於巴斯德治好了法國南部加爾省的蠶病，在蠶病重災區阿萊斯，巴斯德已成為一位傳奇式人物，人們把他看做一位高明的醫師，一位像魔術師一樣能夠改變一切的能人。