這個月，赤眉焚燒西京的宮室，挖掘園陵，搶掠關中。大司徒鄧禹進入長安，派司徒府官吏護送西漢十一帝的神主，放入高廟。
真定王劉楊、臨邑侯劉讓謀反，先帝派遣前將軍耿純殺了他們。二月十六日，先帝駕臨修武。大司空王梁被免除職務。十九日，先帝以太中大夫宋弘為大司空。派遣驃騎大將軍景丹率領征虜將軍祭遵等二位將軍進攻弘農賊，打敗了他們，因而派遣祭遵圍攻蠻中賊人張滿。漁陽太守彭寵造反，攻打幽州牧朱浮於薊縣。延岑自稱在漢中武安王。某一天，先帝從修武返回到洛陽。
三月某一天，大赦天下，詔書說：“近來獄中有很多冤屈的人，用刑嚴酷，朕非常憐憫他們。孔子說：‘刑罰不得當，那麼百姓的手腳就慌得不知所措。’和中二千石、諸大夫、博士、議郎商議削減修改刑法。”
先帝派遣執金吾賈複率領二位將軍進攻更始郾王尹遵，打敗並降服了他。驍騎將軍劉植進攻密縣賊，戰死。派遣虎牙大將軍蓋延率領四位將軍討伐劉永。夏四月，軍隊包圍劉永於睢陽。更始將領蘇茂殺死淮陽太守潘蹇而依附劉永。
四月二日，先帝封叔父劉良為廣陽王，兄子劉章為太原王，劉章弟劉興為魯王，舂陵侯正妻之子劉祉為城陽王。
五月十九日，先帝封更始元氏劉歙為泗水王，原真定王劉楊之子劉得為真定王，周朝後代姬常為周承休公。二十二日，他下詔書說：“百姓有被迫嫁出的女兒，被賣掉的兒子想回到父母身邊的，任憑他們選擇。敢於扣留不放的，按法律論處。”
六月七日，先帝立貴人郭氏為皇後，兒子劉強為皇太子，大赦天下。增加郎、謁者、從官的官階各一等。十五日，封宗子劉終為淄川王。
秋八月，光武帝親自率軍征伐五校。二十六日，先帝駕臨內黃，大敗五校於羛陽，降服了他們。又派遣遊擊將軍鄧隆救援朱浮，與彭寵交戰於潞縣，鄧隆戰敗。蓋延奪取睢陽，劉永逃到譙縣。破虜將軍鄧奉占據淯陽反叛。
九月二日，先帝從內黃返回京師。驃騎大將軍景丹死了。延岑大敗赤眉於杜陵。關中饑荒，百姓互相殺食。
冬十一月，以廷尉岑彭為征南大將軍，率領八位將軍討伐鄧奉於堵鄉。銅馬、青犢、尤來剩餘賊軍共同於上郡擁立孫登為天子。孫登將領樂玄殺死孫登，率領他的部下五萬餘人投降。派遣偏將軍馮異代替鄧禹討伐赤眉。讓太中大夫伏隆持節安集青、徐二州，招撫張步歸順。
十二月三十日，下詔書說：“宗室列侯被王莽所廢黜，先祖靈魂無所歸依，朕十分哀憐。一並恢複他們的故國。如果列侯已經身亡，所在郡縣將他的子孫的名字上報到尚書那裏，予以封拜。”
這一年，蓋延等大敗劉永於沛縣之西。剛開始，王莽末年，天下鬧旱災、蝗災，黃金一斤換小米一斛；到這時野穀叢生，麻和菽尤其多，野蠶結繭，覆蓋在山崗之上，百姓從中得到好處。
三年春天正月初六，以偏將軍馮異為征西大將軍，杜茂為驃騎大將軍。大司徒鄧禹和馮異與赤眉戰於回溪，鄧禹、馮異被打敗。征虜將軍祭遵攻破蠻中，殺了張滿。二十三日，立皇父南頓君以上四廟。二十四日，大赦天下。閏月十八日，大司徒鄧禹被免職。
馮異與赤眉於崤底開戰，大敗赤眉，赤眉殘部向南逃往宜陽，光武帝親自率軍征討他們。十二日，他駕臨宜陽。十七日，便親自統轄六軍，大量布置兵馬，大司馬吳漢的精兵排列於前，中軍在其後，驍騎、武衛分列左右。赤眉看見後震驚恐怖，派出使者請投降。十九日，赤眉君臣反綁雙臂，獻上高皇帝璽印綬帶，光武命令交給城門校尉。二十一日，先帝從宜陽回到洛陽。二十二日，詔書說：“群盜縱橫，殘害百姓，劉盆子竊據尊號，擾亂迷惑天下。朕出兵征伐，立刻土崩瓦解，十餘萬人束手投降。先帝的璽印歸於王府。這都是仰仗祖宗之靈，士人之力，朕怎麼配有此榮耀！”光武帝選擇吉日祭祀高廟，賞賜天下長子並將成為父親後嗣的人以爵位，每人一級。”
二月二日，祭祀高廟，先帝接受傳國璽。劉永立董憲為海西王，張步為齊王。張步殺死光祿大夫伏隆而造反，駕臨懷縣。派遣吳漢率領二位將軍攻擊青犢在軹縣西部，大敗並降服了他們。
三月十六日，先帝以大司徒司直伏湛為大司徒。彭寵攻陷薊城，自立為燕王。光武帝親自率兵征伐鄧奉，抵達堵陽。夏四月，大敗鄧奉於小長安，殺了他。馮異與延岑戰於上林，擊破了他。吳漢率領七位將軍與劉永將領蘇茂戰於廣樂，大敗茂軍。虎牙大將軍蓋延圍困劉永於睢陽。
五月二十四日，先帝車駕回官。三十日，這一天有日食。
六月七日，先帝大赦天下。耿弇與延岑戰於穰縣，大敗岑軍。
秋七月，征南大將軍岑彭率三位將軍討伐秦豐，戰於黎丘，大敗豐軍，俘獲他的將領蔡宏。
八月二十六日，詔書說：“官吏不滿六百石，往下至墨綬縣長、國相，有罪需要處置必先請示。男子八十歲以上，十歲以下，隻要不是犯了不道德的罪，或下詔具名特捕的人，都不許囚禁。應當查問的立即接受查問。女犯出錢的可以放回家。”
蓋延攻占睢陽，俘獲劉永，而蘇茂、周建擁立劉永的兒子劉紆為梁王。
冬天，十月十九日，光武帝駕臨舂陵，祭祀陵園祖廟，因而在舊住宅擺酒，廣招故友和父老聚會。十一月十二日，光武帝從舂陵返京。涿郡太守張豐造反。