這一年，李憲自稱天子。西州大將軍隗囂上書。建義大將軍朱祐率祭遵與延岑交戰於東陽，斬殺延岑的將領張成。
四年春天元月二日，光武帝大赦天下。
二月初一，光武帝駕臨懷縣。二十一日從懷縣抵京師。派遣右將軍鄧禹率領二位將軍與延岑戰於武當，打敗了延岑。
夏天四月七日，光武帝駕臨鄴城。十九日，又駕臨臨平。派遣大司馬吳漢進攻五校賊於箕山，大敗五校。
五月，光武帝駕臨元氏。初一，駕臨盧奴。派遣征虜將軍祭遵率領四位將軍討伐張豐於涿郡，殺了張豐。
六月二日，先帝起駕還洛陽宮。
七月八日，光武帝駕臨譙縣，派遣捕虜將軍馬武、偏將軍王霸圍攻劉紆於垂惠。
董憲將領賁休以蘭陵城歸降，董憲圍困了該城。虎牙大將軍蓋延率平狄將軍龐萌援救賁休，沒有成功，蘭陵被董憲所攻陷。
秋天八月十日，光武帝駕臨壽春。太中大夫徐惲擅自殺死臨淮太守劉度，徐惲因此被處死。派遣揚武將軍馬成率領三位將軍討伐李憲。九月，李憲被圍困於舒城。
冬天十月七日，先帝起駕回到洛陽宮中。太傅卓茂死了。
十一月十九日，光武帝駕臨宛城。派遣建義大將軍朱祐率二位將軍圍攻秦豐於黎丘。十二月二十日，光武帝駕臨黎丘。
這一年，征西大將軍馮異與公孫述的將領程焉交戰於陳倉，馮異打敗了他。
五年春天正月十七日，先帝起駕回到洛陽宮中。二月初一，大赦天下。後來捕虜將軍馬武、偏將軍王霸攻取垂惠。二十日，光武帝駕臨魏郡。二十七日，光武帝封殷朝後人孔安為殷紹嘉公。
彭寵被他的蒼頭奴所殺死，後來，漁陽平定。
大司馬吳漢率建威大將軍耿弇進攻富平，獲索賊等於平原郡，大敗並降服他們。又派耿弇率領二位將軍征討張步。
三月八日，光武帝改封廣陽王劉良為趙王，開始前往封國。平狄將軍龐萌造反，殺死楚郡太守孫萌而東去投靠董憲。派遣征南大將軍岑彭率領二位將軍在津鄉討伐田戎，大敗田戎。
四月，天氣幹旱，有蝗災。河西大將軍竇融開始派遣使者進貢。
五月二日，光武帝詔書說：“久旱傷害麥子，秋糧未能下種，朕十分憂慮。是因為將領殘暴，官吏不勝任，獄中多有冤枉之人，百姓既愁又恨，而引起節氣失調嗎？命令中都官、三輔、郡、國釋放關押的囚犯，不是犯應死之罪的人一概不再追究，現有的囚徒免罪為百姓。務必選用和柔賢良的人為官吏，斥退貪婪殘暴的官吏，各自處理好政事。”
六月，建義大將軍朱祐攻取黎丘，俘獲秦豐；而龐萌、蘇茂圍困了桃城。光武帝當時駕臨蒙縣，因而親自率兵征討龐蔭等。先在任城整頓兵馬，才進而援救桃城，大敗龐萌等軍隊。
秋天七月四日，光武帝駕臨沛縣，祭祀高祖原廟，下詔修複西京的園陵。進而駕臨湖陵，征討董憲。又駕臨蕃縣，於是進攻董憲於昌慮，大敗董憲。
八月六日，光武帝進而駕臨郯縣，留吳漢攻打劉紆、董憲等人，車駕轉而攻取彭城、下邳。吳漢攻占郯縣，俘獲劉紆；吳漢進而圍攻董憲、龐萌於朐縣。
冬十月，光武帝開始回京，駕臨魯國，派大司空祭祀孔子。
耿弇等與張步開戰於臨淄，大敗張步。光武帝駕臨臨淄，進而駕臨劇縣。張步殺蘇茂來投降，齊地平定。
光武帝初建太學。車駕回到洛陽宮中，駕臨太學，賞賜各個博士弟子。
十一月初一，大司徒伏湛被免職，尚書令侯霸為大司徒。
十二月，盧芳在九原自稱天子。西州大將軍隗囂派遣兒子隗恂入侍。交阯牧鄧讓率領七郡太守派遣使者進貢。下詔書免除濟陽二年的徭役。這一年，野生穀物逐漸減少，田地更加廣泛開墾出來。
六年春天，正月十六日，改舂陵鄉為章陵縣。世世代代免除徭役，如同豐、沛一樣，沒有差遣。二十一日，下詔書說：“去年水、旱、蝗蟲為災，糧價飛漲，民用物品缺乏。朕因百姓沒有東西養活自己，憂傷地憐憫他們。命令郡國有糧食的，分發給年事已高的人，鰥夫、寡婦、孤兒、沒有後代的老人和有惡疾或殘廢的人，無家可歸貧困不能自謀生存的人，按《律》所規定的辦理。二千石官員要盡力加以撫慰，不要出現失職現象。”揚武將軍馬成等人攻取舒城，俘獲李憲。
二月，大司馬吳漢奪取朐城，俘獲董憲、龐萌，山東地區全部平定。眾將軍領回到京師，安排酒宴並頒行賞賜。
三月，公孫述派遣將軍任滿侵犯南郡。
夏天四月八日，光武帝駕臨長安，首次拜謁高廟，於是逐個祭祀十一陵。又派遣虎牙大將軍蓋延等七位將軍從隴道討伐公孫述。
五月二十一日，光武帝從長安回到洛陽。
隗囂反叛，蓋延等因此與隗囂交戰於隴阺，眾將領被打敗。
某一天，詔書說：“天水，隴西、安定、北地各郡官吏百姓被隗囂引入歧途的人，又三輔遭赤眉之難時，犯有不道德罪的人，從殊死罪以下，全部予以赦免。”