一年之後，沙弗爾加入了納粹黨衛軍。當時，這個組織看似是一個麵向專業人士的精英組織。因為大量的猶太精英逃離了德國，納粹黨衛軍試圖吸引年輕的醫生、律師和科學家來填補他們的位置。沙弗爾後來說，他是被迫加入這個組織的，但卻提不出證據。在他父親一個朋友的資助下，同時，無疑也出於自己職業前途的考慮，他成了一名德軍少尉。這是最低級別的現役軍官，相當於澳大利亞和英國軍隊的中尉。
遠征之前的一場悲劇
1935年，沙弗爾和多蘭再次到中國西藏探險。這一次，他們走得更加深入，抵達了西藏的北部邊界地區，接近阿尼瑪青這座聖潔的“神山”。當時，他們不時陷入恐懼之中，擔心遭到控製這一地區的遊牧人群——羅倮人的襲擊。由於一直處在沙弗爾在他的遊記中記錄的所謂“神經緊張”之中，多蘭這位“男孩探險家”扔下了沙弗爾和其他同伴，把自己打扮成一名西藏的商人，逃離了大山。一段艱難的行程之後，沙弗爾也成功地走出那片區域。他沿著長江漂流到上海，內心發誓再也不相信多蘭了。
回到德國之後，沙弗爾被奉為資深西藏探險家。他還出版了一本關於自己探險經曆的書：《未知的西藏》。在這本書中，他呼籲德國組織一支科學遠征隊遠赴西藏考察。在前言中，他寫道：“我們的任務是讓科學成為振奮德國民族精神的強大媒介。因此，我們不僅僅要提倡客觀的科學研究，還要成為德意誌精神自信的衛士。”
《未知的西藏》出版的同時，報紙也發表了不少文章，報道他的探險經曆。沙弗爾因此受到了海因裏希·希姆萊的重視。1936年夏天，當德國正準備奧運會的時候，希姆萊在自己柏林的辦公室會見了沙弗爾。這次會見中，他們就德國派出一支科學遠征隊赴西藏考察一事達成了協議。這支遠征隊將由“聖遺物”組織資助，由納粹黨衛軍的科學家組成。沙弗爾的工作是組織這次遠征。同時，在希姆萊的同意下，他還組建了一支科學家隊伍。
希姆萊和沙弗爾都沒有確切記錄他們此次會談說了些什麼。但是，1945年，他在慕尼黑被盟軍逮捕之後，告訴美國的審訊人員，在會談中，希姆萊表示，他堅信地球上存在雅利安人種。他認為，這一人種或許起源於天堂，或許是由於天上的雷電衝擊喜馬拉雅山而從冰層深處融化出來。沙弗爾告訴審訊者說，他覺得這種想法很可笑，不過可以確定，他沒有當著希姆萊的麵笑。盡管沙弗爾可能不相信希姆萊和其他人這個再牽強附會不過的人種概念，但他確實相信，一個民族可以做到自我提升。經由希姆萊同意，組建一支由清一色的、忠實的德國科學家組成的隊伍，在沙弗爾的帶領下赴西藏考察，將提高沙弗爾在納粹層級體製中的地位。另一個好處是，他可以利用這個機會，探訪他未曾涉足過的西藏大片區域，搜集新的動物標本。此外，他還可以到聖城拉薩去看看。這對於歐洲人來說，實在是機會難得。
在極度的興奮之中，沙弗爾開始了遠征之前的準備工作。有趣的是，當沙弗爾為這次行程申請大約60000馬克的資助時，他發現，“聖遺物”組織拿不出這筆錢，納粹黨衛軍也不提供。或許，狡猾的希姆萊打算，萬一事情出了差錯，他可以在希特勒麵前推卸自己對此次遠征所負的責任。
沙弗爾克服了失望情緒之後，發現自己其實是因禍得福。希姆萊原本要求沙弗爾帶上一些沙弗爾本人認為不合適的人一道去西藏遠征，包括一名叫埃德蒙·科斯的性格怪異的納粹黨衛軍官員兼作家。此人寫過一部關於消失的亞特蘭蒂斯城的小說。由於希姆萊未能支付這次遠征的費用，沙弗爾認為，自己有理由拒絕他推薦的人選。此後，沙弗爾經常和這位納粹領導人較勁。
沙弗爾設法自己籌措這次遠征的費用，很快就如願以償，一部分是因為他父親在生意場上的關係，另一部分是因為他自己當時交遊甚廣。甚至，美國的布魯克·多蘭也注資4000美元，或許是因為他對自己在上次一起遠征的途中丟下沙弗爾感到內疚。
沙弗爾接著開始物色隨行的科學家。所有人都是納粹黨衛軍成員。他們是植物學家和昆蟲學家恩斯特·克勞斯，他兼任此行的攝影師；卡爾·維納特，一名地理學家，測量地球磁場的專家；埃德蒙·基爾，遠征隊的總管；人類學家布魯諾·貝格爾；這支隊伍當中，最受爭議的人選是貝格爾。他是漢斯·昆特的信徒。在寫給沙弗爾的一份建議中，貝格爾聲稱，自己對這次遠征隊的貢獻將是“通過測量、特性考察、拍照和製作模具，研究當前人種人類學的形勢。……搜集這一地區遊牧人群的比例、起源、意義和發展的資料”。沙弗爾喜歡把此次遠征說成是一個純粹的科學考察，未受納粹國家社會主義的玷汙。但是，貝格爾的工作成了他此次遠征的汙點。部分原因是，貝格爾在西藏進行的“人種科學”考察最終和奧斯維辛集中營有著令人不安的直接聯係。
在出發前夕，沙弗爾生活過得十分愜意。然而，就在此時，一個意外事件發生了。這件事對他餘生的影響相當大。當時，沙弗爾的支持者希姆萊邀請他加入了納粹黨衛軍的核心圈子。他經常到一些傳說中希特勒精英圈子的私人獵場去打獵。1937年11月8日，在一個偏遠的湖邊森林住所外麵，沙弗爾和一群納粹黨衛軍官員及他們的妻子一起捕獵野鴨。陪同沙弗爾的是他的妻子赫莎·沃爾茨·沙弗爾——一個高挑、美麗的金發女郎。他們是1936年結的婚。那天下午，在一艘船上，沙弗爾起身射擊一排在天上飛翔的野鴨。由於沒站穩而跌倒，他的步槍掉到劃手的座位後，自行走火。赫莎的頭部被射中，一小時後死亡。盡管在場的每一個人都證明，這純粹是意外，但沙弗爾自此陷入深深的自責之中，再也沒有恢複常態。
開始遠征
1936年11月，阿道夫·希特勒和日本簽訂了一項反對蘇聯的條約。沙弗爾的遠征隊正準備啟程期間，日本發動了對中國的侵略戰爭。因此，德國的探險者在中國不是特別受歡迎。沙弗爾無法通過前兩次遠征所走的路線進入西藏，隻能取道印度。這需要取得英國的同意。1938年3月，“二戰”臨近的時候，沙弗爾來到倫敦，試圖說服英國外交部批準他取道印度進入西藏的申請。
他給英國外交部寫了一封信，極其狡猾地聲稱，他隻想在西藏幾個邊境地區進行一項科學考察。他說：“也許，我可以讓一名土地測繪員加入這次對印度的考察。他既可以擔任我們的翻譯，還可以為這塊鮮為人知的土地繪製地圖。我相信，印度政府對此一定會高度重視。”
對於英國來說，中國的西藏地區是一個至關重要的緩衝地帶。盡管英國沒有控製西藏地區，但卻控製著它西部的通道。他們不歡迎德國人進入這一區域，特別是或多或少被他們認定是間諜的人。因此，沙弗爾的申請雖然未遭到正式拒絕，卻被暫時擱置了起來。但是，沙弗爾也絕非輕易就善罷甘休的人。“二戰”之前，英國國內存在一些支持納粹德國的派別，沙弗爾在裏麵有很多朋友。其中的一個人建議他，直截了當去印度，然後偷偷溜過邊界，進入西藏。沙弗爾真的這麼做了。
1938年7月，他們一行人到達了印度的加爾各答。碰巧，此時英國內部強大的納粹支持者在外交部占了上風，他們批準了德國赴西藏遠征隊進入錫金的申請。錫金是坐落於喜馬拉雅山腳下的一個袖珍國家。英國人和沙弗爾都很清楚，從這兒穿過一個叫“乃堆拉”的山口，可以進入西藏禁地。
沙弗爾、隨行的納粹黨衛軍官員以及搬運工人一行大約共20人穿過地勢險峻的錫金時，這一地區正處於季風季節。大雨滂沱，泥石流頻發，使原本就險惡的環境變得更加可怕。炭疽、牛瘟，還有一種叫做黑瘟疫的、會引起類似瘧疾症狀的怪病正在流行。在山的陽麵，許許多多漫天飛舞的大蝴蝶讓人眼花繚亂，這讓恩斯特·克勞斯非常開心。同時，這兒還有大量的獵物，沙弗爾就射中了一隻禿鷲和一隻老鷹。
布魯諾·貝格爾立馬著手測量錫金人的臉部特征，試圖發現有可能是昔日威嚴尊貴的雅利安人種的痕跡：藍色的眼睛、直挺挺的鼻子、堅毅的下巴。他甚至還動手製作當地人臉部的模型。不幸的是，他的第一批測量對象中，有一個頭部已經受了重傷的夏爾巴人。當濕漉漉的石膏覆蓋到他臉部的時候，他的癲癇病發作了。貝格爾忘了在他的鼻孔裏插上一根導管，讓他保持呼吸順暢。在貝格爾把模型打開之前，他不停地抽搐，險些喪命。
在接下來的幾個月裏，沙弗爾和遠征隊人員在錫金緩慢地行進，最終到達了高聳入雲的喜馬拉雅山山腳下。這裏離中國的西藏邊境隻有25公裏。當時已是秋天，當他們在離一個高山湖泊不遠的、海拔3600米的地方駐紮的時候，天氣已經格外的寒冷。沙弗爾在這裏打獵，製作標本，準備帶回德國。他花了一周的時間，在白雪皚皚的野地尋找傳說中的夏皮（Shapi）。這是一種黑色的、有點像山羊的動物，被當地的喜馬拉雅山地部落當做神來祭拜。很幸運的是，他成了捕獵到夏皮的第一個白人（這隻夏皮後來被製成了標本，和他的其他許多標本一道，在柏林自然曆史博物館展覽）。然而，沙弗爾無論如何也不能讓打獵耽擱太長時間，隨著天氣變得越來越寒冷，他溜過邊境，進入西藏的計劃必須啟動了。