3月18日，第58特混編隊到達距九州東南約90海裏處，並從淩晨開始即出動艦載機對九州各機場進行突擊。日本海軍第5航空艦隊司令宇垣纏海軍中將雖然接到待美軍登陸編隊出現時再出擊的命令，但他認為如果此時不進行反擊，任憑美軍轟炸的話，他的航空兵力都將被消滅在地麵上，因此仍下令出擊。
雙方的飛機在空中交錯而過。美軍飛機在九州上空隻遭到了輕微抵抗，但因機場上基本沒有飛機，所以戰果很小。而在美軍攻擊日軍機場的同時，193架日機也對美軍艦隊發起了攻擊。“企業”號航母中彈一枚；一架日軍自殺機在“勇猛”號航母舷側被擊中爆炸，碎片落到航母的機庫甲板，引起大火，艦上水兵死2人，傷43人；“約克城”號航母也被擊傷，艦體被炸開2個缺口，水兵死5人，傷26人。所幸，三艦傷勢都還不重，而193架日機則損失了161架。
3月19日，第58特混編隊又出動了近千架艦載機對吳港、大阪和神戶的飛機製造廠和九州、四國等地的機場進行轟炸。在18、19日兩天的突擊中，美軍在空中和地麵上共消滅日機528架，炸沉炸傷日艦22艘，並對九州地區的飛機製造廠和航空基地造成了較大的破壞，使九州地區的日軍航空兵在此後的兩周時間裏無力組織大規模行動。美軍損失艦載機116架，有1艘航母遭到重創，4艘航母和1艘驅逐艦被擊傷。
在日軍第5航空艦隊的反擊中，美軍的“大黃蜂”號艦母中彈數枚，燃起大火，損管人員拚死搏鬥，才將大火撲滅，艦員死101人，傷269人。
但更大的災難還在後麵。7時許，“富蘭克林”號艦母正在組織艦載機起飛，一架日軍的“彗星”轟炸機借助雲層掩護，突然俯衝而下，在30米高度投下2枚重250公斤炸彈，一枚在機庫板爆炸，另一枚落在艦尾，穿透兩層甲板在軍官艙附近爆炸。在機庫爆炸的炸彈危害特別嚴重，因為航母正在組織艦載機起飛，機庫裏全是加滿油、掛滿炸彈的飛機，炸彈爆炸後立即引起了可怕的連續爆炸，火勢迅速蔓延，爆炸此起彼伏，大火引起的濃煙直衝雲天，航母上幾十架飛機都被炸毀，甲板上遍布飛機殘骸，上層建築麵目全非滿是彈洞，艦員傷亡已經多達數百人。爆炸和大火持續不斷，並逐漸波及到機艙和後甲板的彈藥堆，引起了更大的爆炸，煙柱高達600米。
“富蘭克林”號所在的第二大隊司令戴維森海軍少將見航母傷勢嚴重，通知艦長蓋爾斯上校下令棄艦。但蓋爾斯認為隻要提供必要的海空支援和掩護，還能挽救“富蘭克林”號。戴維森同意了他的計劃，立即調動第二大隊的其他軍艦前來救援。“聖非”號輕巡洋艦用鋼纜拖住“富蘭克林”號以阻止其傾覆沉沒，同時接走部分受傷艦員。艦長蓋爾斯首先下令向彈藥艙注水，以避免更大的爆炸，但注水後航母開始右傾。9時30分，“富蘭克林”號的鍋爐停止了工作，艦體右傾加劇，右側甲板幾乎碰到了海麵。“聖非”號眼看無力控製其傾斜，擔心被航母巨大的艦體拖翻，隻得砍斷鋼纜，放棄救助。“匹茲堡”號重巡洋艦接著趕來，布置鋼纜阻止“富蘭克林”號傾斜，經過不懈的努力，終於製止了航母的傾斜，“聖非”號再度靠近航母，將鋼纜係上航母的前主炮，協同“匹茲堡”號一起矯正航母的傾斜。
航母上的官兵在艦長的指揮下全力搶救，盡管零星爆炸還不時發生，火勢還很猛，但傾覆的危險總算被解除了，第二大隊的5艘驅逐艦在航母四周一邊搭救落水艦員，一邊為航母提供掩護。由於航母所在海域距離日軍航空基地還不足100海裏，日機空襲的危險隨時存在。因此，搶救工作非常急迫。
航母上很多艦員在極其危險的情況下，表現出了非凡的勇敢和崇高的互助精神。水兵唐納德·加裏和300餘水兵被困在第5層甲板下的一個艙室裏，在與外界聯係全部中斷的情況下，加裏獨自一人冒著嗆人的濃煙，從一個狹窄的通風道找到了逃生的道路，他隨即返回艙室，帶領同伴逃生，總共往返3次將這300餘人全部帶出了絕境。艦上的牧帥約瑟夫·卡拉漢不顧四下橫飛的彈片在飛行甲板上安慰傷員，並為死去的官兵進行簡短的祈禱，最後還加入了滅火工作，他的行動感染、鼓舞了很多人。