我國古代推崇“事死如事生”的禮製。古人認為，人死了，靈魂還在，還和生前一樣，有飲食起居等各種需求，因而，帝王的陵寢建築一般也多反映其生前所居宮室的某些形式和特點。定陵玄宮五室的布局方式也同樣反映了明代皇宮，特別是皇宮內廷的布局方式。其中，前、中、後三室，象征帝後生前所居住的乾清宮、交泰殿、坤寧宮，左右側室象征妃嬪所居的東六宮和西六宮。不過陵墓有陵墓的自身特點，對生前居住的宮室隻是象征而不是原樣照搬，因此，前、中、後三室中，以後室（明代稱為“皇堂”）為主，內設棺床，安葬帝後棺槨。左右側室因象征妃嬪所居，也設有棺床。
按照這種解釋，地宮左右側室是妃嬪所居，但定陵地宮左右側室卻是空的，這又作何解釋呢？這不但使現代人頗為疑惑，就是古人也有誤解和猜疑。由於玄宮後室和左右配室都有為停放棺槨而設的棺床，明代明英宗的錢皇後又是從裕陵寶頂左側的隧道葬入左配殿的，因此，從古時候起，就有人誤認為，左右配殿是為皇後準備的。如明朝末年談遷在《棗林雜俎》中記載：定陵掌管工程巡視的人說，壽宮五室，中三間留給皇上用的，房子四周用鐵索圍起來，用大銅缸注油。左右室通門，等待中宮和即位的皇帝的生母。但定陵發掘的事實證明，帝後的葬處均在後殿。萬曆二十五年三月，敬妃李氏病故，神宗還打算把李氏葬入定陵玄宮右配殿，內閣大臣張位、沈一貫提出反對意見。他們認為壽宮是國家萬年儲祥吉壤，靈氣萃鍾，不應該隨便打開使靈氣外瀉，在祖宗時，也沒有妃嬪死後埋入地宮的先例；同時認為，玄堂的旁邊，製設左右側室，推算最初的本意，或者是用來給各妃做陵寢，但從來沒有這種陪葬製度，臣下不敢開此先例。顯然，張、沈二位大學士，並不是否認左右側室為妃嬪而設，而是基於“風水”觀念的考慮。如果一個敬妃李氏葬入配殿，其他妃子死後葬不葬？如果葬入，頻頻開啟玄宮，豈不泄漏山川靈氣？神宗覺得有理，最後決定把敬妃葬在了銀錢山腳下。這大概就是玄宮左右配殿沒有妃嬪入葬的原因。另外明穆宗時期的史料記載，禮部會議永陵一帝三後葬、祔情況時，也有“似當依次列祔”之說，說明按照明朝的禮製，帝後本應同葬一室。
由此可見，定陵玄宮的五室三隧製度，應是明代陵寢的基本製度。當然這些解釋和推測，一個最致命的弱點就是，它們都隻能建立在對定陵本身這惟一一座已經發掘的陵墓的資料上，也就是說是孤證，還需要其他證據來證明。因此在沒有發掘其他陵墓來證實之前，這所有的問題都隻能說是暫時的謎底。
“臥如北鬥”是明代皇帝特有的葬姿嗎
1956年，在考古學家夏鼐的主持下，新中國建國以來最重大的一次考古發掘在北京十三陵定陵開始。經過一年的艱苦努力，神宗皇帝的棺槨終於呈現在考古隊員麵前。在揭除了11層衣物被服後，神宗皇帝真容畢露。這具遺骸並不像人們通常見到的那樣仰麵朝天地躺著，而是呈現出一種前所未有的右側姿態：頭部稍向右偏，左臂下垂，手壓在腹部，右臂向上彎曲，手放在頭部右側。脊柱上部也向右彎曲，左腿伸直，右腿微屈，兩腳向外撇開。
與此同時，在定陵中發現的神宗皇帝兩個皇妃的埋葬姿勢也是側向右邊。據考古專家解釋，在古代夫妻合葬墓中，婦女屈肢側葬並不少見，這反映了父權製統治下，婦女屈從丈夫的不平等待遇。但是像定陵這樣皇帝皇後無一例外地側向右臥，則顯然不可用通常的男尊女卑來解釋。
半個世紀過去了，但是神宗皇帝的葬式為何采用“仰麵朝天，右手扶著自己的麵頰”的怪異姿勢，一直是個未解之謎。