馬皇後平時很注意對後宮的教育，她時常向宮人們講述古代宮幃製度。為了教育後宮，她特令女史官輯錄宋朝賢後事跡，作為楷模，朝夕省覽。有人說宋朝過於仁厚，馬皇後說：“過仁厚，不愈於刻薄乎？”一日，她問女史官：“黃老何教也，而竇太後好之？”女史回答說：“清淨無為為本。若絕仁棄義，民複孝慈，是其教矣。”馬後說：“孝慈即仁義也，詎有絕仁義而為孝慈者哉。”有明一代，宮壺肅清，馬皇後領導後宮，勤於內治，起了相當的作用。
洪武三年（1370），諸將擊敗殘元勢力，攻克元都，將元室珍寶貢獻至京師，舉朝祝賀。馬後問：“得元府庫何物？”朱元璋答：“寶貨耳。”馬氏道：“元氏（元朝）有是寶何以不能守而失之？蓋貨財非可寶，抑帝王自有寶也。”朱元璋會心地說：“皇後之意，朕知之矣，但謂得賢為寶耳！”馬後稱謝說：“誠如聖言，妾每見人產業厚則驕至，時命順則逸生。家、國不同，其理無二，人之常情，所當深戒。妾與陛下同處窮約，今富貴如此，恒恐驕縱生於奢侈，危亡起於忽微。故世傳‘技巧為喪國斧斤，珠玉為蕩心酰毒’，誠哉是言。但得賢才朝夕啟沃，共保天下，即大寶也，顯名萬世，即大寶也，而豈在乎物乎。”
朱元璋稱帝後，為防止大臣功高震主，樹立自已至高無上的權威，保證朱家子孫世代帝王之業，用極殘酷的手段製造冤獄，株連大批功臣宿將。洪武十三年（1380）丞相胡惟庸“謀反”一案，牽連被殺的功臣達三萬餘人，就是一個典型事例。馬皇後對朱元璋的這一做法很不滿意，她一向主張對下屬不宜過於嚴苛，而“宜赦小過以全其人”。據《明史·孝慈高皇後傳》記載：“帝前殿決事，或震怒，後伺帝還宮，輒隨事微諫。雖帝性嚴，然為緩刑戮者數矣。”李文忠守嚴州，楊憲誣告他有不法行為，朱元璋要立刻召回。馬皇後說：“嚴（州），敵境（與敵人接境）也，輕易將不宜。且文忠素賢，憲言詎可信？”朱元璋乃罷。文忠後來果然立了大功。致仕學士宋濂之孫宋慎，被告參與丞相胡惟庸“謀反”，列為“胡黨”，宋濂因此被連坐要處死刑。馬皇後為他求情說：“民家為子弟延師，尚以禮全終始，況天子乎？且濂家居，必不知情。”朱元璋不許。到用餐時，發覺皇後既不飲酒，也不吃肉，朱元璋驚問其故。馬後回答說：“妾為宋先生作福事也’。帝惻然，投箸起。明日赦濂，安置茂州（今四川茂縣）。”吳興富民沈秀（萬三）多年在海外經商，為全國第一富戶，被迫捐獻家財助修都城城牆的三分之一，後又被迫出資犒勞軍隊。事情被朱元璋聞知，不料觸犯了忌諱，大怒說：“匹夫犒天子軍，亂民也，宜誅。”高皇後勸諫說：“妾聞法者，誅不法也，非以誅不祥。民富敵國，民自不祥。不祥之民，天將災之，陛下何誅焉。”經馬皇後勸說，沈萬三才得免去死罪，遣戍雲南。
朱元璋即位後，吸取元朝覆亡的教訓，主張以猛治國，經常法外用刑，對臣民隨意治罪。馬後針對這種情況，諫朱元璋說：“法屢更必弊，法弊則奸生；民數擾必困，民困則亂生。”朱元璋譽為至理名言，命女史記錄下來，以為鑒戒。一次，朱元璋怒責宮人，馬皇後也假意發怒，令人把宮人執付宮正司（管理宮女的機構）議罪。朱元璋問為何這樣做？馬皇後說：“帝王不以喜怒加刑賞。當陛下怒時，恐有畸重。付宮正，則酌其平矣。即陛下論人罪亦詔有司耳。”朱元璋曾下令讓犯了重罪的囚犯去築城贖死。馬皇後聽說後，向朱元璋進言說：“贖罪罰役，國家至恩。但疲囚加役，恐仍不免死亡。”朱元璋因而赦免了這些重囚築城的勞役。