憲宗成化二十三年（1487）九月，皇太子朱祐樘即位，是為孝宗。弘治元年（1488），將妖僧繼曉發原籍為民。妖人（專事宗教迷信的人）壹孜省伏誅。太常卿道人趙玉芝、鄧常恩戍邊，番僧國師領占竹等悉革職。斥佞豎梁芳、陳喜等往孝陵司香。先朝佞臣，放斥殆盡。十月，召兵部尚書王恕為吏部尚書。恕至京，庶吉士鄒智對王恕說，過去，大臣見不到君王，所以事事苟且，你應該先求見皇帝，就時政之弊，曆陳上前，也許對過去的失誤有所補救。王恕很同意他的建議。當時王恕在家鄉很負眾望，他在家鄉做官時，把弊政都一一釐正過來。十一月，憲宗時大學士萬安被削職。先是萬安勾結萬貴妃進奸僧繼曉，討憲宗歡心，以鞏固他的寵幸。又與李孜牧結納，表裏為奸。孝宗做太子時，多聞萬安的惡跡，此時，孝宗在宮中找到一個篋子，都是密術，署名“臣安進”。孝宗遣人拿到萬安跟前說：“是大臣所為乎？”①萬安慚愧流汗，不能出一語。不久，上下都交章議論抨擊，於是罷免了萬安。禮部右侍郎丘溶進著《大學衍義補》，被提拔為禮部尚書。丘溶以真西山《大學衍義》有資治道，而缺治國平天下的部分，丘溶就采取經、傳、子、史有關治國平天下的內容，分類彙集，附以己意，名《大學衍義補》，書成，呈上，孝宗覽後十分高興，批答道：“卿所纂書，考據精詳，論述該博，有輔政治，朕甚嘉之。”②乃命禮部刊行。
孝宗弘治元年（1488）正月，召南京兵部尚書馬文升為左都禦史，孝宗為東宮太子時，素知其名，至是，文升感殊遇，奮勵效命，知無不言。二月，孝宗行耕籍田禮完畢，與群臣饗宴，教坊以雜伎承應，有時說一些粗野語言。馬文升厲色說：“新登極的天子應知稼穡艱難，豈能用這些俚俗之物瀆亂宸聰！”立即把他們斥退。禦史因一般冒犯被下獄。馬文升認為皇帝即位之初，不宜罪言官。於是禦史得釋。時論一致讚揚這件事。先是，張吉、王純、丁璣、敖毓元、李文祥均以直言被遠謫，南京吏部主事儲瑾上言：“這五人，即以直言獲罪，必不變節辱身。現在五人都被拋棄到嶺南，毒霧瘴氣，與死為難，情實可憫。請皇上將五人置之於社會風氣良好之地，那麼他們的言論風采必有可觀，與其現在尋求敢諫之人，不若先起用這五人。”孝宗皇帝命吏部一律起用。
吏部尚書王恕說：“正統以來，每日隻上朝一次，臣下進見，隻不過片刻即止，皇帝再聰明，怎能把天下所有事都察清楚，隻不過把真情寄托於左右近侍，左右之人與大臣相見不多，又怎能識大臣賢否。有的聽到有毀譽之言，有的出於自己好惡之私，要想得知真情，必須陛下每天去便殿，宣召諸大臣詳論治道，共同謀議政事，或者讓他就某事專門發表看法，或者親自看看他的奏章。這樣做不但能知大臣賢否，還可以隨材任用，也可以從他們那裏受到啟發，變得更加高明。”馬文升條陳時政十五事：選舉廉潔有才能的人擔任監察刑法之官；禁止占奪公物和懲戒貪官汙吏；選擇鐵麵無私之人掌審判量刑；申明立法意圖來管理國之常務；驅逐術士妖人以防止迷信煽惑；要求效率以革除奸弊；選擇好的地方郡守縣令來鞏固邦國社稷之根本，嚴格考核以示獎賞；禁示公罰以砥礪士風；廣泛儲備和積蓄以滿足國用；撫恤士人以防止後患；清查僧道以杜絕遊食之人；廣布恩德以安定四裔；節製浪費以緩解人民負擔；加強軍備建設以抵禦外侮。孝宗非常高興，完全采納，逐條責令施行。特別是節約用度一條，馬文升特加上批注：“一應供應之物，陛下量減一分，則民受一分之賜。”③言語尤其深切感人。六月，王恕建議皇帝禁止文人不合情理起用私人，孝宗聽從。五月，以刑部侍郎彭韶為吏部左侍郎。王恕做尚書，得彭韶為輔佐，可以完全做到為政不避權貴，求情妄法的路子悉被杜絕。六月京城及通州久雨成災，廬舍倒塌，死者甚眾，詔求直言。馬文升上疏請求禁奇巧、卻珍貴、慎毀譽、重谘詢、抑外戚、開言路。詔下所司議論執行。
弘治三年（1490）三月，內廷宦官求建鷹坊、牧馬場，求撥地千頃。戶部尚書李敏阻止說，牧馬場、鷹坊至多二百頃，其餘都是民田，怎可以奪耕種之地為飛走之所！孝宗聽從諫議。十一月，詔大臣極言時政得失。吏部侍郎彭韶說，近侍要整頓，任官要慎重，發展農業生產，減輕苛捐雜稅。孝宗認為很好。禮部尚書耿裕上時政七事疏，孝宗認為有防微杜漸之意。左侍郎仉嶽認為，當今民日貧，財日匱，應把節儉作為頭等大事抓。要節儉必須減少齋蘸、停止對皇宮特殊供應、減少營繕工程。孝宗都采納。
弘治五年（1492）三月，巡撫保定都禦史史琳奏，宦官外戚借宮廷供應之名奪占百姓園田，孝宗下詔立即退還民園。四月，大學士丘睿言時政之弊，擬為二十二條，極言朝廷應抑遏奸言，杜塞希求，節財用，重名器等，共萬餘言，孝宗覽奏甚悅，以為切中時弊。太監李廣認為城垣完工，功績甚大，請求量加內官俸級，王恕力持不可，停止加內官俸級。五月，遣廷臣持內帑銀，賑杭、嘉、湖水災。十一月停止生員用錢買官的條例。王恕針對此條上奏說：“永樂、宣德、正統間，天下亦有災傷，各邊亦有軍馬，當時未有開納事例，糧不聞不足，軍民不聞困弊。近年以來，遂以此例為長策。既以財進身，豈能以廉律己，欲他日不貪財害民，何由得乎？”④弘治六年（1493）八月，中官李廣以左道受寵，謝遷，徐溥等力言其邪妄，引唐憲宗、宋徽宗為戒，勸止燒煉齋蘸，孝宗納諫俱止之。