弘治十年（1497）二月，孝宗屢遊後苑，侍講王鏊給皇上講文王不敢盤於遊畋。孝宗醒悟，並召中官李廣說，今天講官所指，就是你們這幫人。令其好自為之。停止了遊覽後苑。六月，兵部尚書馬文升請修武備。八月，外戚張氏有河間賜地400頃，還想並吞近旁民田千餘頃，同時請求每畝加稅銀二分。戶部尚書周經認為，河間之地多低窪，因為久旱，農民就占用幹涸河灘地去耕種，一旦雨澇就馬上被淹沒，如果對這種地加稅，將會留下無窮的弊害。疏上三四次，孝宗聽其言。後有雄縣退灘地，獻給東宮做莊田，孝宗根據周經前奏，把占民灘田者都判了罪。一時貴戚近倬類似的陳請，一律依法判罪；此後，貴戚近俸們稍有收斂，不再瘋狂占奪民田。
弘治十一年（1498）十月，太監李廣因左道見寵任，權傾中外。後來幼公主出痘死亡，太皇太後歸罪於李廣。李廣畏罪飲鴆而亡。孝宗下令搜查李廣家，得到李廣納賄簿一本，其中有，某送黃米幾百石，某送白米幾千石。孝宗問左右，李廣有多大肚子，能吃多少，為什麼一送就如此之多？左右回答說，黃米是指金子，白米是指銀子。孝宗大怒，下詔抄家治罪。十一月，議修清寧宮，兵部尚書馬文升請求調撥宮廷銀庫錢，不要為此征派百姓，同時停止到四川采伐木材。孝宗同意。六月，刑部侍郎屠勳上告壽寧侯奪占河間地區民田，上奏中說，食祿之家不言利，況且河間又是太後誕毓之鄉，而與小民爭尺寸之地，很不妥。孝宗非常滿意屠勳敢於直言切諫的精神，采納了他的建議，清退所占民田。
弘治十四年（1501）正月，陝西延安、慶陽二府連日地震，有聲如雷，壓死人畜無算。於是兵部尚書馬文升認為，陝西與敵為鄰，延、慶二府又近河套，今地震不已，可能為外寇所乘。小王子部落，有精兵數萬，他們的酋長和碩是狡黠梟雄，往往以詐計敗官軍，為患非小。他認為當時“海內民困財竭，兵衰將懦，文恬武嬉，法令不振，正安內攘外之時，修德弭炎之日”。他請求朝廷要“行仁政以養民，講武備以固圉，節財用，停齋蘸，止傳奉冗官，禁奏乞閑田，撤還陝西織造內臣，振恤被災之家”⑤。孝宗聽從了他的建議。八月，小王子、和碩等在邊境攻城陷堡襲擊官軍，形勢十分緊張，孝宗認為軍興缺餉，屢次在朝廷與諸臣論議解決之法。大學士劉健等認為：“天下之財，其生有限。今光祿歲供增數十倍，諸方織作，務為新巧，齋蘸日費數萬，太倉所儲不足餉戰士，而內府取人動輒四五十萬，宗藩、貴戚之求土田奪鹽利者亦數千萬計。土木日興，科斂不已。傳奉冗官之俸薪，內府工匠之餼廩，歲增月積，無有窮期，財安得不匱！願陛下絕無益之費，躬行節儉，為中外倡，天下幸甚！”⑥孝宗又一次虛心納諫。兵部尚書馬文升勸孝宗積金帛以備緩急，罷齋蘸以省浪費。終止傳奉官下各地索貢，嚴禁宗藩貴戚奏討占地，撤回陝西織造內臣，以蘇軍民之困。孝宗對他的諫議大加表彰。十月，改馬文升為吏部尚書。
弘治十五年（1502）正月，朝廷對全國官吏進行一次大考察。孝宗對馬文升說：全國主管人事的官都集合到京城，你要用心對他們進行采訪，既不能寬縱也不要枉罰，彰明朝廷賞罰升遷。馬文升說，陛下圖治如此，這是社稷宗廟的大福，他怎敢不盡心盡職！從此，淘汰了不稱職者二千餘人，都罰如其分，天下吏治為之整肅。先是，劉大夏在廣東、廣西掌軍務。一歲後求解甲歸田，不許。當劉大夏廷謝時，孝宗在帷殿召見，孝宗說，我素來重用你，而你卻多次辭疾，原因如何？劉大夏答以老病，且民窮財盡，萬一不虞，責在兵部。劉大夏認為自度力不足辦，所以‘謝職。幾日後，又問，朝廷征斂很有分寸，何至於民窮財盡？劉大夏認為光是宮廷常貢鐸木，香藥等，就已花費钜萬：孝宗說，如果你早報，早已停止常貢了。其他征斂也都可以一一議革。一天孝宗又問，兩廣各衛所戰士是否強勇可用？劉大夏回答，以往他隻是說民窮，其實士卒也苦不堪言，如何談銳勇！孝宗又問，士卒在衛有軍糧，戍征有行糧，何以言窮？回答：江南漕糧運轉困難，江北京城團練供應緊張，其他困難又何止於這幾項？況且所謂月糧、行糧，一半由軍隊將帥共同消耗享用，所餘能不窮嗎？孝宗聽後，大為感慨，說：“朕在位久不能知，何稱為人主！”⑦於是令九卿大臣，各以其職言軍民弊政，有選擇地進行改革。十月，孝宗想在近畿地方團操人馬，做左右掖。問劉大夏，劉大夏認為京西保定可團操人馬。於是把保定兩班軍一萬人，發回衛團操。於是有飛語貼在宮門，誣罵劉大夏。孝宗召劉大夏給他看。並說，宮門外人怎能到達？一定是內臣得不到私自役使軍隊的機會，因此貼飛語誣人。又問劉大夏，兵餉何以經常匱乏？劉大夏回答說，我在兩廣之時，大城的撫、按、總兵三司所費，不能敵一中貴人，兵餉如何不乏？孝宗認為中貴監軍是祖製，不宜遽削，而必會廉如鄧原，麥秀者充補，否則就暫且缺額。孝宗再次與大夏談，諸司都已詳盡說到所存弊政，恐怕哪一司也趕不上禦馬監、光祿寺。劉大夏說，皇上知弊詳盡，很好，要想除弊興利，唯在獨斷立行而已。最初，光祿供奉內府，自有常額。成化以來，內員漸多，常供不足，於是責成京城邸店操辦，逼索甚苦。劉大夏此時揭露光祿寺每日操辦用度煩費，殺牲數百，既損民財，又失愛物之仁。孝宗得悉，惻然憐憫小民之苦，立即敕兵部侍郎，同給事禦史清理裁革。光祿卿艾璞讚揚劉大夏說：“劉東山此奏歲省光祿金錢八十餘萬。古稱仁人之言其利溥，此之謂與！”⑧然而中官愈側目劉大夏。